[日本語] English
万見
- PDB-4qbb: Structure of the foot-and-mouth disease virus leader proteinase i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qbb
タイトルStructure of the foot-and-mouth disease virus leader proteinase in complex with inhibitor (N~2~-[(3S)-4-({(2R)-1-[(4-CARBAMIMIDAMIDOBUTYL)AMINO]-4-METHYL-1-OXOPENTAN-2-YL}AMINO)-3-HYDROXY-4-OXOBUTANOYL]-L-ARGINYL-L-PROLINAMIDE)
要素Leader protease
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Papain-like cysteine proteinase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / suppression by virus of host type I interferon production / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...L-peptidase / suppression by virus of host type I interferon production / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E69 / : / PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Steinberger, J. / Cencic, R. / Juliano, M.A. / Juliano, L. / Skern, T.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: Foot-and-mouth disease virus leader proteinase: Structural insights into the mechanism of intermolecular cleavage.
著者: Steinberger, J. / Grishkovskaya, I. / Cencic, R. / Juliano, L. / Juliano, M.A. / Skern, T.
履歴
登録2014年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Leader protease
B: Leader protease
C: Leader protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1358
ポリマ－57,1663
非ポリマー1,9695
水6,774376
1
A: Leader protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7063
ポリマ－19,0551
非ポリマー6512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leader protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6672
ポリマ－19,0551
非ポリマー6121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leader protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7623
ポリマ－19,0551
非ポリマー7072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.808, 110.682, 56.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Leader protease / Genome polyprotein


分子量: 19055.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
株: O1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03305, L-peptidase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-E69 / N~2~-[(3S)-4-({(2R)-1-[(4-carbamimidamidobutyl)amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-arginyl-L-prolinamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 611.737 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H49N11O6
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.9M monosodium phosphate, 1.2M dipotassium phosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→56.205 Å / Num. all: 72906 / Num. obs: 72906 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 20.51 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.692.90.1744.529409102320.17495
1.69-1.7930.1136.830544100680.11399.6
1.79-1.913.10.08952989295250.08999.5
1.91-2.073.70.0984.93268488110.09899.4
2.07-2.264.70.0896.43817281450.08999.3
2.26-2.536.40.0768.44738573730.07699.9
2.53-2.927.90.05611.95174265310.056100
2.92-3.588.10.03320.24485455510.033100
3.58-5.067.90.02229.23400742810.022100
5.06-45.3497.50.02227.91784523890.02299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
REFMACv5.5.0110位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→45.349 Å / FOM work R set: 0.8779 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 3679 5.05 %
Rwork0.1697 --
obs0.1713 72868 98.93 %
all-72868 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.54 Å2 / Biso mean: 25.94 Å2 / Biso min: 11.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 135 376 4306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3995782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.561526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6001-1.62110.26431320.21152358249087
1.6211-1.64330.27321400.20312487262794
1.6433-1.66680.18311460.195926652811100
1.6668-1.69170.25641490.196326952844100
1.6917-1.71810.22441430.190226152758100
1.7181-1.74630.22951700.19492651282199
1.7463-1.77640.23111430.191226932836100
1.7764-1.80870.22061390.188526512790100
1.8087-1.84350.23911400.17862685282599
1.8435-1.88110.22971410.186126822823100
1.8811-1.92210.2291440.18372622276699
1.9221-1.96680.25371340.18622701283599
1.9668-2.01590.21441270.184826852812100
2.0159-2.07050.22831490.172226692818100
2.0705-2.13140.21151440.17212643278799
2.1314-2.20020.18971250.17472699282499
2.2002-2.27880.19021320.17242695282799
2.2788-2.370.18611450.171926562801100
2.37-2.47790.20431340.175826982832100
2.4779-2.60850.22381420.181826922834100
2.6085-2.77190.1941430.188126952838100
2.7719-2.98590.21531680.178726762844100
2.9859-3.28630.20461480.17726842832100
3.2863-3.76170.17691200.154427412861100
3.7617-4.73850.15361320.135927132845100
4.7385-45.36680.19451490.155327382887100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る