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- PDB-4qay: Crystal structure of TamA POTRA domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qay
タイトルCrystal structure of TamA POTRA domains
要素Translocation and assembly module TamA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / POLYPEPTIDE TRANSPORT-ASSOCIATED / AUTOTRANSPORTER BIOGENESIS / OUTER MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TAM protein secretion complex / protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain ...TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Translocation and assembly module subunit TamA
類似検索 - 構成要素
生物種human gut metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wojdyla, J.A. / Mosbahi, K. / Walker, D. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Recognition of autotransporter passenger domains by the TAM complex
著者: Josts, I. / Mosbahi, K. / Wojdyla, J.A. / Kelly, S. / Kleanthous, C. / Byron, O. / Smith, B.O. / Walker, D.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocation and assembly module TamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9313
ポリマ－31,7411
非ポリマー1902
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Translocation and assembly module TamA
ヘテロ分子

A: Translocation and assembly module TamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8626
ポリマ－63,4822
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_444-y-1,-x-1,-z-1/21
Buried area3140 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.455, 78.455, 152.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Translocation and assembly module TamA


分子量: 31740.877 Da / 分子数: 1 / 断片: TamA POTRA domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human gut metagenome (メタゲノム)
遺伝子: Q604_UNBC18528G0002, TamA / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W1WMC8
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0210.9795
シンクロトロンDiamond I0320.9795
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2012年7月4日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2012年5月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. all: 20576 / Num. obs: 20535 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.556 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26082 1048 5.1 %RANDOM
Rwork0.19774 ---
obs0.20099 19429 99.79 %-
all-19470 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 10 142 2109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.982750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4855253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65322.95998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97715350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1711522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211547
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 64 -
Rwork0.3 1219 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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