PDB-4q9h: P-glycoprotein at 3.4 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q9h

タイトル

P-glycoprotein at 3.4 A resolution

要素

Multidrug resistance protein 1A

キーワード

HYDROLASE / membrane protein / transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone transport / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain ...hormone transport / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / regulation of intestinal absorption / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus / response to antineoplastic agent / Prednisone ADME / terpenoid transport / ceramide floppase activity / establishment of blood-retinal barrier / response to glycoside / protein localization to bicellular tight junction / ceramide translocation / floppase activity / ABC-family proteins mediated transport / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / cellular response to L-glutamate / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intercellular canaliculus / response to vitamin D / export across plasma membrane / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter / response to alcohol / response to vitamin A / response to glucagon / intestinal absorption / ABC-type xenobiotic transporter activity / cellular response to antibiotic / phospholipid translocation / cellular hyperosmotic salinity response / cellular response to alkaloid / maintenance of blood-brain barrier / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / lactation / cellular response to dexamethasone stimulus / response to progesterone / female pregnancy / placenta development / cellular response to estradiol stimulus / brush border membrane / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

McGrath, A.P. / Szewczyk, P. / Chang, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Snapshots of ligand entry, malleable binding and induced helical movement in P-glycoprotein.
著者: Szewczyk, P. / Tao, H. / McGrath, A.P. / Villaluz, M. / Rees, S.D. / Lee, S.C. / Doshi, R. / Urbatsch, I.L. / Zhang, Q. / Chang, G.

履歴

登録	2014年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q9h.cif.gz	473.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q9h.ent.gz	391.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q9h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q9iC 4q9jC 4q9kC 4q9lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ujn-d 5kpj-d 4q9j-d 6ujp-d 4xwk-d 4ksb-d 4q9l-d 4f4c-d 4q9i-d 4ksc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (14) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug resistance protein 1A

142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.950, 139.180, 186.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3 分子量: 141919.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / プラスミド: pPICZ / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: P21447, EC: 3.6.3.44

#1: タンパク質

Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3

分子量: 141919.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / プラスミド: pPICZ / 発現宿主:

Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: P21447, EC: 3.6.3.44

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.34 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG 600, Li2O4S, HEPES, EDTA, pH 7, vapor diffusion, temperature 277.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.4→77.335 Å / Num. all: 31984 / Num. obs: 31984 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 132.78 Å² / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.095 / R_sym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 4.658 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 150254

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.4-3.58	4.6	0.73	1	21342	4616	0.383	0.73	1.8	100
3.58-3.8	4.7	0.418	1.7	20750	4389	0.217	0.418	2.8	100
3.8-4.06	4.7	0.246	2.8	19560	4120	0.127	0.246	4.2	100
4.06-4.39	4.8	0.144	4.9	18623	3869	0.073	0.144	6.4	100
4.39-4.81	4.8	0.109	6	16925	3546	0.056	0.109	9.1	100
4.81-5.38	4.8	0.094	6.7	15458	3236	0.048	0.094	10.6	100
5.38-6.21	4.8	0.079	7.9	13821	2894	0.04	0.079	11.2	100
6.21-7.6	4.7	0.072	8.2	11479	2435	0.037	0.072	14.7	100
7.6-10.75	4.5	0.05	10.9	8809	1954	0.027	0.05	20.8	99.7
10.75-77.335	3.8	0.055	10.3	3487	925	0.032	0.055	20.8	82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→77.335 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 35.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2909	3064	5.09 %
R_work	0.2604	-	-
obs	0.262	-	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.7687 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→77.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9164	0	0	0	9164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9333
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.026	12615
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.908	3394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.4531	0.4731	165	0.4341	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4531-3.5097	0.4195	144	0.4446	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5097-3.5703	0.4411	125	0.3883	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5703-3.6352	0.4325	135	0.3728	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6352-3.7051	0.3969	154	0.3682	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7051-3.7807	0.3718	115	0.3524	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7807-3.8629	0.3883	147	0.3301	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8629-3.9528	0.4022	132	0.3431	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9528-4.0516	0.2969	144	0.2946	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0516-4.1612	0.3076	145	0.2822	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1612-4.2836	0.2941	133	0.2736	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2836-4.4219	0.3101	146	0.2499	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4219-4.5799	0.2511	92	0.2523	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5799-4.7632	0.3362	120	0.243	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7632-4.98	0.2437	129	0.2432	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-5.2425	0.2885	149	0.2444	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2425-5.5709	0.3105	147	0.2716	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5709-6.0008	0.2994	155	0.2739	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0008-6.6044	0.3485	141	0.2714	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6044-7.5594	0.2819	177	0.2387	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5594-9.5213	0.1958	148	0.1907	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
9.5213-77.3545	0.2426	121	0.2227	2293	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3835	-0.2243	1.2077	1.7845	0.5505	1.0096	0.4612	0.8448	0.0783	-0.2565	0.7064	-0.6082	0.2247	0.2464	0.7646	0.5947	-0.1926	0.63	0.792	-0.8413	0.5263	57.3881	-1.4007	6.0849
2	0.5236	0.5196	0.1233	0.3932	0.0254	0.4066	0.2054	0.1853	0.0566	-0.0023	0.195	-0.107	0.2784	-0.0016	-0.2272	0.7392	0.2233	0.1772	0.5142	-0.1076	0.683	44.8956	4.2693	30.2616
3	1.7548	0.4586	-0.808	2.4745	0.528	1.8987	0.1759	0.5251	1.0268	-0.7681	0.3494	0.3772	-0.9742	-0.334	-0.0951	1.2258	0.2254	0.5357	0.4059	0.0432	1.5177	17.3047	27.3368	39.7922
4	1.4335	0.1359	-0.839	0.9498	0.5504	0.746	0.2021	0.4395	0.2197	0.0911	-0.1204	-0.3469	-0.3628	-0.113	-0.8991	0.9492	-0.0169	0.1778	0.4897	-0.3932	0.8705	56.9118	17.3157	26.6759
5	0.02	-0.0125	-0.3358	0.0653	0.1463	0.1887	0.1062	0.4078	0.1541	-0.1198	0.25	-0.2325	-0.1215	-0.0028	-0.258	0.881	-0.1026	0.2448	0.8529	-0.1992	0.7469	63.5844	14.0307	5.1572
6	2.1693	-0.9788	-0.6038	2.0484	0.0058	1.2891	0.0016	-0.2864	-0.1464	0.0563	0.1843	-0.0066	0.2472	0.2027	-0.2447	0.5686	0.0266	0.1946	0.3745	-0.028	0.7158	72.7692	44.0113	53.8577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 265 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 266 through 479 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 480 through 592 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 593 through 740 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 741 through 1004 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1005 through 1273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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