PDB-4q86: YcaO with AMP Bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q86

タイトル

YcaO with AMP Bound

要素

Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

キーワード

PROTEIN BINDING / YcaO ATP Binding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP diphosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chekan, J.R. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Discovery of a new ATP-binding motif involved in peptidic azoline biosynthesis.
著者: Dunbar, K.L. / Chekan, J.R. / Cox, C.L. / Burkhart, B.J. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A.

履歴

登録	2014年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q86.cif.gz	936.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q86.ent.gz	771.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q86_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q86_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4q86_validation.xml.gz	177.4 KB	表示
CIF形式データ	4q86_validation.cif.gz	249.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q86	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q84C 4q85C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q85-1 4q85-2 4q85-3 4q84-d 4q85-4 3kd4-d 5dzt-d 3ztv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

B: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

C: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

D: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

E: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

F: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

G: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

H: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

529 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

B: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

D: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

F: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

H: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.254, 112.949, 132.886
Angle α, β, γ (deg.)	89.94, 73.51, 77.23
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ALA	ALA	A	A	2 - 582	2 - 582
2	1	THR	THR	ALA	ALA	B	B	2 - 582	2 - 582
1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	12 - 580	12 - 580
2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
1	3	THR	THR	PHE	PHE	A	A	2 - 583	2 - 583
2	3	THR	THR	PHE	PHE	D	D	2 - 583	2 - 583
1	4	THR	THR	LYS	LYS	A	A	4 - 580	4 - 580
2	4	THR	THR	LYS	LYS	E	E	4 - 580	4 - 580
1	5	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	8 - 580	8 - 580
2	5	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	8 - 580	8 - 580
1	6	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	7 - 580	7 - 580
2	6	PRO	PRO	LYS	LYS	G	G	7 - 580	7 - 580
1	7	THR	THR	ALA	ALA	A	A	2 - 582	2 - 582
2	7	THR	THR	ALA	ALA	H	H	2 - 582	2 - 582
1	8	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	12 - 580	12 - 580
2	8	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
1	9	THR	THR	ALA	ALA	B	B	2 - 582	2 - 582
2	9	THR	THR	ALA	ALA	D	D	2 - 582	2 - 582
1	10	THR	THR	LYS	LYS	B	B	4 - 580	4 - 580
2	10	THR	THR	LYS	LYS	E	E	4 - 580	4 - 580
1	11	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	8 - 580	8 - 580
2	11	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	8 - 580	8 - 580
1	12	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	7 - 580	7 - 580
2	12	PRO	PRO	LYS	LYS	G	G	7 - 580	7 - 580
1	13	THR	THR	TRP	TRP	B	B	2 - 584	2 - 584
2	13	THR	THR	TRP	TRP	H	H	2 - 584	2 - 584
1	14	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
2	14	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	12 - 580	12 - 580
1	15	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
2	15	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	12 - 580	12 - 580
1	16	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
2	16	ALA	ALA	LYS	LYS	F	F	12 - 580	12 - 580
1	17	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
2	17	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	12 - 580	12 - 580
1	18	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	12 - 580	12 - 580
2	18	ALA	ALA	LYS	LYS	H	H	12 - 580	12 - 580
1	19	THR	THR	LYS	LYS	D	D	4 - 580	4 - 580
2	19	THR	THR	LYS	LYS	E	E	4 - 580	4 - 580
1	20	GLY	GLY	LYS	LYS	D	D	8 - 580	8 - 580
2	20	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	8 - 580	8 - 580
1	21	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	7 - 580	7 - 580
2	21	PRO	PRO	LYS	LYS	G	G	7 - 580	7 - 580
1	22	THR	THR	ALA	ALA	D	D	2 - 582	2 - 582
2	22	THR	THR	ALA	ALA	H	H	2 - 582	2 - 582
1	23	GLY	GLY	LYS	LYS	E	E	8 - 580	8 - 580
2	23	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	8 - 580	8 - 580
1	24	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	7 - 580	7 - 580
2	24	PRO	PRO	LYS	LYS	G	G	7 - 580	7 - 580
1	25	THR	THR	LYS	LYS	E	E	4 - 580	4 - 580
2	25	THR	THR	LYS	LYS	H	H	4 - 580	4 - 580
1	26	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	8 - 580	8 - 580
2	26	GLY	GLY	LYS	LYS	G	G	8 - 580	8 - 580
1	27	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	8 - 580	8 - 580
2	27	GLY	GLY	LYS	LYS	H	H	8 - 580	8 - 580
1	28	PRO	PRO	LYS	LYS	G	G	7 - 580	7 - 580
2	28	PRO	PRO	LYS	LYS	H	H	7 - 580	7 - 580

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO 分子量: 65702.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ycaO, b0905, JW0888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75838
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 8,000 0.1 M magnesium acetate 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 8 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月18日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→127.14 Å / Num. all: 264918 / Num. obs: 264918 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.25→2.26 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1908 / R_sym value: 0.71 / % possible all: 66.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→127.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 7.856 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24999	13386	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21776	-	-	-
all	0.21937	270260	-	-
obs	0.21937	251531	93.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.417 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	1.12 Å²	-0.47 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0.28 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→127.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36574	0	182	1987	38743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	37656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	34197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.957	51250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.488	3	78711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.435	5	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.107	24.792	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.48	15	5889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.854	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	43524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	8913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.034	3.827	18500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.034	3.827	18499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.498	5.737	23111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.498	5.737	23112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.356	4.104	19156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.356	4.104	19157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.212	6.043	28140
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.581	31.059	45807
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.534	31.083	45090
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	35247	0.07
1	2	B	35247	0.07
2	1	A	34567	0.07
2	2	C	34567	0.07
3	1	A	35361	0.07
3	2	D	35361	0.07
4	1	A	35095	0.07
4	2	E	35095	0.07
5	1	A	34132	0.08
5	2	F	34132	0.08
6	1	A	34921	0.07
6	2	G	34921	0.07
7	1	A	34905	0.08
7	2	H	34905	0.08
8	1	B	34347	0.08
8	2	C	34347	0.08
9	1	B	35226	0.07
9	2	D	35226	0.07
10	1	B	34808	0.08
10	2	E	34808	0.08
11	1	B	33996	0.09
11	2	F	33996	0.09
12	1	B	34588	0.08
12	2	G	34588	0.08
13	1	B	35155	0.08
13	2	H	35155	0.08
14	1	C	34452	0.07
14	2	D	34452	0.07
15	1	C	34554	0.07
15	2	E	34554	0.07
16	1	C	33826	0.09
16	2	F	33826	0.09
17	1	C	34227	0.08
17	2	G	34227	0.08
18	1	C	34401	0.07
18	2	H	34401	0.07
19	1	D	34816	0.08
19	2	E	34816	0.08
20	1	D	33928	0.09
20	2	F	33928	0.09
21	1	D	34614	0.08
21	2	G	34614	0.08
22	1	D	34784	0.08
22	2	H	34784	0.08
23	1	E	34040	0.09
23	2	F	34040	0.09
24	1	E	34439	0.08
24	2	G	34439	0.08
25	1	E	34510	0.08
25	2	H	34510	0.08
26	1	F	33785	0.09
26	2	G	33785	0.09
27	1	F	33777	0.1
27	2	H	33777	0.1
28	1	G	34410	0.08
28	2	H	34410	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.255→2.313 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	802	-
R_work	0.307	14266	-
obs	-	-	71.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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