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万見
- PDB-4q7g: 1.7 Angstrom Crystal Structure of leukotoxin LukD from Staphyloco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q7g
タイトル1.7 Angstrom Crystal Structure of leukotoxin LukD from Staphylococcus aureus.
要素Leucotoxin LukDv
キーワードTOXIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Leukocidin-like / Distorted Sandwich / Leukocidin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / cytolysis in another organism / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukotoxin LukD / Leucotoxin LukDv
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the components of the Staphylococcus aureus leukotoxin ED.
著者: Nocadello, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Sabini, E. / Bagnoli, F. / Grandi, G. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucotoxin LukDv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0832
ポリマ－36,8731
非ポリマー2091
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.740, 49.944, 134.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leucotoxin LukDv / Variant of LukD


分子量: 36873.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: hlgB, lukD, lukDv, SAS1748 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRXpGro7 / 参照: UniProt: Q6G8A9, UniProt: A0A0H2WX25*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 2.6mG/mL, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL buffer, 0.5mM TCEP; Screen: Classics II (G7), 0.2M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS, 25% (w/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 2.6mG/mL, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL buffer, 0.5mM TCEP; Screen: Classics II (G7), 0.2M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS, 25% (w/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 37802 / Num. obs: 37802 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1897 / Rsym value: 0.615 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1PVL

1pvl


解像度: 1.7→27.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.988 / SU ML: 0.068
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19599 1876 5 %RANDOM
Rwork0.16747 ---
obs0.16891 35860 99.77 %-
all-35860 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2408 0 14 381 2803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9253667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67235614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7785344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86925.612139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.95315459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.487159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5371.7071316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5041.7021315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4642.5581680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4712.5611681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0181.911370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0181.911370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0872.7711988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.20216.0383319
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.90414.7493105
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 117 -
Rwork0.257 2605 -
obs-1876 99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79-0.1645-0.5141.62610.05616.7217-0.0072-0.19030.1894-0.0439-0.01250.1192-0.1213-0.25570.01970.01790.0210.00310.04420.00350.072445.303156.79150.051
21.01010.0311.55020.22270.19392.5730.1164-0.089-0.02260.0658-0.0441-0.02320.2076-0.1631-0.07230.054-0.0263-0.00180.01650.00410.035158.844252.130514.1173
31.53830.25391.54760.5892-0.09422.9320.05340.09760.05750.0519-0.0693-0.01170.07770.15910.01590.02220.0055-0.00080.02610.00140.029563.348654.29688.4802
40.9317-0.09041.33680.12440.11872.59570.086-0.0012-0.0190.0839-0.0271-0.02040.2842-0.0078-0.05890.1056-0.0283-0.01790.02670.00970.04767.763752.040224.678
53.71150.54184.32020.58130.62565.84580.291-0.4701-0.08110.1498-0.1140.03310.5824-0.6562-0.1770.1454-0.08180.01110.10790.02450.055856.581947.946725.2256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3A156 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4A184 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5A284 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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