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- PDB-4q6x: Structure of phospholipase D Beta1B1i from Sicarius terrosus veno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q6x
タイトルStructure of phospholipase D Beta1B1i from Sicarius terrosus venom at 2.14 A resolution
要素Phospholipase D StSicTox-betaIC1
キーワードLYASE / TIM Barrel / Venom gland secretion of Sicarius terrosus
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / toxin activity / killing of cells of another organism / lyase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
類似検索 - 構成要素
生物種Sicarius terrosus (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Lajoie, D.M. / Roberts, S.A. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J. / Cordes, M.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Variable Substrate Preference among Phospholipase D Toxins from Sicariid Spiders.
著者: Lajoie, D.M. / Roberts, S.A. / Zobel-Thropp, P.A. / Delahaye, J.L. / Bandarian, V. / Binford, G.J. / Cordes, M.H.
履歴
登録2014年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase D StSicTox-betaIC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3112
ポリマ－34,2861
非ポリマー241
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.222, 49.222, 90.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase D StSicTox-betaIC1 / PLD / Dermonecrotic toxin / Sphingomyelin phosphodiesterase D / SMD / SMase D / Sphingomyelinase D


分子量: 34286.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sicarius terrosus (クモ) / 遺伝子: StSicTox-betaIC1i / プラスミド: pHis8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D4WV12*PLUS, cyclic pyranopterin monophosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3 mg/ml protein, 12% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.1M magnesium chloride , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月24日
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→38.56 Å / Num. all: 13352 / Num. obs: 13352 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.14→2.25 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1828 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RLH

3rlh


解像度: 2.14→38.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.06 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22069 651 4.9 %RANDOM
Rwork0.16415 ---
all0.16689 13325 --
obs0.16689 12674 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.34 Å2-0 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----1.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 1 122 2363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.9563097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7663.0024900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6925277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93623.448116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.83715397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9331521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6792.8211111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6792.8211110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5474.2271387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5464.2271388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9643.0271178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9643.0271178
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1424.4491710
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.45422.7612732
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.41622.722711
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.139→2.194 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 47 -
Rwork0.212 795 -
obs--91.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.075 Å / Origin y: 42 Å / Origin z: 0.646 Å
111213212223313233
T0.0733 Å20.0625 Å2-0.0003 Å2-0.0594 Å2-0.0022 Å2--0.0272 Å2
L1.4395 °2-0.2176 °2-0.3139 °2-0.966 °2-0.0401 °2--0.7754 °2
S0.0827 Å °0.0202 Å °-0.0117 Å °-0.0707 Å °-0.0298 Å °0.0033 Å °-0.0228 Å °-0.0505 Å °-0.053 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A401 - 522
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1A1 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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