PDB-4q2s: Crystal Structure of S. pombe Pdc1 Ge1 Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q2s

タイトル

Crystal Structure of S. pombe Pdc1 Ge1 Domain

要素

PDC1 GE1 DOMAIN

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Ge1 domain / P-body assembly

機能・相同性

deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / P-body / cytoplasmic stress granule / molecular adaptor activity / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / cytoplasm / Uncharacterized protein C20G4.08

機能・相同性情報

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / after obtaining initial molecular replacement model by S-SAD / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Noeldeke, E.R. / Neu, A. / Zocher, G. / Sprangers, R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: In vitro reconstitution of a cellular phase-transition process that involves the mRNA decapping machinery.
著者: Fromm, S.A. / Kamenz, J. / Noldeke, E.R. / Neu, A. / Zocher, G. / Sprangers, R.

履歴

登録	2014年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q2s.cif.gz	69.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q2s.ent.gz	51.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q2s_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q2s_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	4q2s_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	4q2s_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1a6g-d 1yoh-d 5xl0-d 4fwx-d 5b84-d 6z4r-d 4pqb-d 3sdn-d 4mxk-d 1ajg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PDC1 GE1 DOMAIN

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.330, 77.840, 36.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PDC1 GE1 DOMAIN / UNCHARACTERIZED PROTEIN C20G4.08 分子量: 16241.898 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 932-1070 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAC20G4.08, SPAC4F10.01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13892
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M HEPES, 25% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→40.4 Å / Num. all: 30393 / Num. obs: 30287 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -2
反射シェル	解像度: 1.35→1.39 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: after obtaining initial molecular replacement model by S-SAD
解像度: 1.35→40.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.516 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21164	2120	7 %	RANDOM
R_work	0.18476	-	-	-
obs	0.18675	28166	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→40.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1067	0	0	70	1137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.984	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	3	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.749	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.569	22.766	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.827	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.152	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.343	1.793	557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.335	1.791	556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.76	2.705	699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.761	2.707	700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.958	2.089	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.95	2.081	552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.643	3.014	812
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.862	15.35	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.762	15.116	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.587	3	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	32.778	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.1	5	2228

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	154	-
R_work	0.29	2056	-
obs	-	-	99.95 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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