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万見
- PDB-4q24: Crystal structure of Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q24
タイトルCrystal structure of Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase
要素Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Rossmann fold / cyclodipeptide synthase / aminoacyl-tRNA / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase / aminoacyltransferase activity / antibacterial peptide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XVE / Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces noursei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Moutiez, M. / Schmitt, E. / Seguin, J. / Thai, R. / Favry, E. / Mechulam, Y. / Gondry, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Unravelling the mechanism of non-ribosomal peptide synthesis by cyclodipeptide synthases.
著者: Moutiez, M. / Schmitt, E. / Seguin, J. / Thai, R. / Favry, E. / Belin, P. / Mechulam, Y. / Gondry, M.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2332
ポリマ－27,9011
非ポリマー3321
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.968, 86.968, 70.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase / Cyclodipeptide synthase / CDPS


分子量: 27901.449 Da / 分子数: 1 / 変異: SC37 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces noursei (バクテリア)
遺伝子: albC / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GED7, cyclo(L-leucyl-L-phenylalanyl) synthase
#2: 化合物 ChemComp-XVE / PHENYLMETHYL N-[(2S)-4-CHLORO-3-OXO-1-PHENYL-BUTAN-2-YL]CARBAMATE / ZPCK


分子量: 331.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18ClNO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10%PEG8000, 50mM KCl, 50mM Na cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月13日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→37.7 Å / Num. all: 7023 / Num. obs: 7023 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.71 % / Biso Wilson estimate: 80.89 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.45
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 2.72 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique all: 1109 / Rsym value: 0.606 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3OQV

3oqv


解像度: 2.9→37.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9355 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 350 5 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2034 7001 98.3 %-
all-7001 --
原子変位パラメータBiso mean: 71.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0403 Å20 Å20 Å2
2--0.0403 Å20 Å2
3----0.0807 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.486 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→37.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1779 0 22 3 1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091832HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.072468HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d673SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes278HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1832HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.11
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion229SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2097SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 98 4.99 %
Rwork0.2302 1867 -
all0.2315 1965 -
obs--98.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.8594 Å / Origin y: -8.3482 Å / Origin z: -2.9409 Å
111213212223313233
T0.0083 Å2-0.0673 Å2-0.0412 Å2--0.1504 Å2-0.0611 Å2---0.0932 Å2
L2.6181 °20.3377 °2-0.0724 °2-5.0501 °20.3477 °2--4.063 °2
S-0.0465 Å °0.1788 Å °-0.0116 Å °-0.115 Å °-0.1802 Å °0.1757 Å °0.1409 Å °-0.3093 Å °0.2267 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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