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- PDB-4q0g: Crystal structure of beta subunit of acyl-CoA carboxylase AccD1 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0g
タイトルCrystal structure of beta subunit of acyl-CoA carboxylase AccD1 from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
キーワードLIGASE / AccD1 / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase folding / acyl-CoA carboxylase beta subunit / AccA1 (Rv2501c)
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / propionyl-CoA carboxylase / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / propionyl-CoA carboxylase activity / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / L-leucine catabolic process / ligase activity / transferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biotin-dependent 3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase beta1 subunit / Propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Bie, H.Y. / Yin, J. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Beta subunit of acyl-CoA carboxylase AccD1 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Bie, H.Y. / Yin, J. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
B: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
C: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,8997
ポリマ－170,5313
非ポリマー3684
水10,323573
1
A: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
B: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
C: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
ヘテロ分子

A: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
B: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
C: Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,79814
ポリマ－341,0616
非ポリマー7378
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area39150 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area96320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.571, 221.253, 167.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Probable acetyl-/propionyl-CoA carboxylase (Beta subunit) AccD1 / Propionyl-CoA carboxylase / beta subunit


分子量: 56843.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pccB-3, accD1, MT2577, Rv2502c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O06165, UniProt: I6YDK7*PLUS, propionyl-CoA carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium HEPES pH 7.5 and 30% PEG300, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月5日
詳細: vertical focusing mirror: ultra-low expansion titanium silicate flat mirror with Pt, uncoated, and Pd strips.
放射モノクロメーター: double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.81 Å / Num. all: 116259 / Num. obs: 115910 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 12.93
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 11512 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U9R

3u9r


解像度: 2.31→48.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.405 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21325 5807 5 %RANDOM
Rwork0.18925 ---
obs0.19044 110021 99.32 %-
all-110352 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.54 Å20 Å2-0 Å2
2---1.67 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11687 0 24 573 12284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01911994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0151.96516277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.719326290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.33351544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83622.874522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32151874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.26915107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7442.7266182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7442.7266181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3344.0867724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3344.0867725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8062.8475812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8062.8475812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4164.2188554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.79921.85613800
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.79921.85613800
LS精密化 シェル解像度: 2.305→2.365 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 396 -
Rwork0.228 7771 -
obs--95.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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