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- PDB-4pzl: The crystal structure of adenylate kinase from Francisella tulare... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pzl
タイトルThe crystal structure of adenylate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Dis eases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of adenylate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,68413
ポリマ-109,1304
非ポリマー5559
5,188288
1
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7896
ポリマ-54,5652
非ポリマー2244
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
2
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8957
ポリマ-54,5652
非ポリマー3305
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.022, 65.022, 214.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細It is predicted that the chain A and B, the chain C and D form dimers respectively.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase


分子量: 27282.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
: SCHU S4 / 遺伝子: adk, FTT_1161 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BK21(DE)magic / 参照: UniProt: Q5NFR4, adenylate kinase

-
非ポリマー , 5種, 297分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris, 20% (w/v) PEG4000., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924, 0.97938
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979381
反射解像度: 2.1→34.5 Å / Num. all: 59141 / Num. obs: 59141 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2896 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.148 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 2985 5.05 %random
Rwork0.1913 ---
all0.1936 59075 --
obs0.1936 59075 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6800 0 33 288 7121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0899374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3592574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0992-2.13360.37261490.28012642X-RAY DIFFRACTION100
2.1336-2.17040.29621340.26172718X-RAY DIFFRACTION100
2.1704-2.20980.31711430.24522636X-RAY DIFFRACTION100
2.2098-2.25230.30971540.2382715X-RAY DIFFRACTION100
2.2523-2.29830.26231310.2192661X-RAY DIFFRACTION100
2.2983-2.34820.29011410.22492668X-RAY DIFFRACTION100
2.3482-2.40280.25121370.22462716X-RAY DIFFRACTION100
2.4028-2.46290.25141270.21762686X-RAY DIFFRACTION100
2.4629-2.52950.2941450.2262667X-RAY DIFFRACTION100
2.5295-2.60390.28691440.22982714X-RAY DIFFRACTION100
2.6039-2.68790.29281520.23512658X-RAY DIFFRACTION100
2.6879-2.78390.28661380.23372656X-RAY DIFFRACTION100
2.7839-2.89530.27281290.22292727X-RAY DIFFRACTION100
2.8953-3.0270.26061610.22032660X-RAY DIFFRACTION100
3.027-3.18650.25541510.21682670X-RAY DIFFRACTION100
3.1865-3.3860.26431440.20832695X-RAY DIFFRACTION100
3.386-3.64720.24781450.19072665X-RAY DIFFRACTION100
3.6472-4.01370.22031300.16882689X-RAY DIFFRACTION100
4.0137-4.59330.19681460.14992688X-RAY DIFFRACTION100
4.5933-5.78250.20361560.16012652X-RAY DIFFRACTION100
5.7825-34.15290.1941280.17422507X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1153-1.62610.40417.0565-2.38392.75730.1063-0.0418-0.08450.62790.3660.3757-0.0651-0.3063-0.46880.320.03530.04050.40460.00990.312961.308227.103714.9731
22.84460.63051.80233.71382.68636.54750.41931.2546-0.2219-0.25390.3408-0.767-0.16670.1965-0.73970.44390.0319-0.09430.8330.01440.437158.961325.5606-7.6561
33.5278-1.2008-1.60633.7691-0.35312.20180.42440.55-0.0844-0.2626-0.29610.5341-0.0164-0.8678-0.12630.30870.0344-0.02840.68640.05790.524551.340226.98564.0841
43.7574-0.3628-3.38131.5022-1.14364.2145-0.0389-0.5822-0.29280.31190.35650.8668-0.3227-0.0612-0.31790.66560.17150.24540.51230.1320.512869.465853.209-2.6405
52.57882.3672-1.32643.3094-2.79982.8650.46320.41860.28990.44980.38610.7826-0.5841-0.7628-0.56640.47260.24970.16060.74560.28651.093546.528142.8784.1152
64.48211.10571.55457.52020.85263.41490.1317-0.38340.69080.49640.1481.6923-0.1817-0.9094-0.45330.51930.10920.18960.69750.07180.741447.34234.073715.3568
76.22071.5624-0.23092.078-0.10696.96280.5368-0.88330.48971.23070.2363-0.3445-0.7150.156-0.55950.57250.180.04550.4191-0.11730.491859.885937.425722.0465
83.63860.5996-1.56141.5796-1.1294.9320.1133-0.1784-0.23440.081-0.23130.12060.4649-0.51240.12020.3799-0.0653-0.01410.2105-0.07320.295172.416317.31736.3305
93.49161.18021.70183.01690.08882.9301-0.0366-0.19920.76740.3683-0.18010.0962-0.5970.21180.24230.4516-0.0552-0.04690.249-0.05890.397480.063937.430911.4439
109.1035-2.0727-4.13612.6859-0.51366.77790.1486-0.22080.3634-0.08390.1807-0.1689-0.24590.4364-0.39460.3376-0.0436-0.0130.2154-0.05930.307877.868924.98659.4856
114.1342-2.0647-1.42244.433-2.61524.60590.141-0.56690.17210.318-0.1677-0.56870.24650.35290.08220.27160.0043-0.02640.169-0.01970.373286.933721.77366.0977
126.9525-4.7576-2.45953.33381.49691.87950.69020.3872-0.3982-1.4471-0.59510.5544-0.0347-0.3278-0.01370.59350.15670.01020.5643-0.0390.503973.574835.2836-16.6793
131.697-1.3713-1.11416.25031.47795.73891.11210.5059-0.2797-1.526-0.91450.6292-0.2617-0.6154-0.18310.84050.2314-0.15830.6426-0.05390.55369.796840.1841-20.3943
145.1529-3.41293.8136.0945-5.2144.66270.02960.51390.5466-0.5113-0.5556-1.07610.13841.09570.57220.36640.02940.09240.4049-0.00510.481690.238527.6113-6.2337
155.8418-1.39660.67436.1844-2.43745.83740.0233-0.1557-0.2227-0.2867-0.1791-0.19140.9780.10660.08130.40240.09150.0240.2218-0.07050.317281.028912.8754-0.3312
164.6746-0.43350.54145.4985-1.23491.58060.02820.2599-0.41180.01910.19840.30580.2688-0.5884-0.23040.2731-0.0483-0.0790.50.01960.228364.43761.336348.4396
171.0081-0.4403-1.59123.0499-3.75059.3377-0.0540.39880.2563-0.21250.20320.1096-0.3817-0.1686-0.18280.3767-0.084-0.08910.51910.05450.385266.116114.785432.1081
181.6302-1.0012-0.75433.1869-1.81462.3779-0.13290.25740.2646-0.47640.2018-0.0455-0.46820.1949-0.0960.3759-0.1325-0.05640.5219-0.03750.360272.288516.529837.0561
191.34490.11320.68533.82861.14823.95550.1085-0.2396-0.07250.032-0.0383-0.1639-0.15020.0826-0.08880.2064-0.01-0.05960.3496-0.01270.221572.12549.162747.5389
208.9574-2.3536.63931.5956-1.84634.8578-0.3469-0.86870.45580.23380.3019-0.54730.2465-0.85590.04490.5923-0.1018-0.11620.5744-0.15440.452668.2082-12.88230.2108
214.8011-0.91593.05932.76520.69655.15140.6574-0.904-0.1180.7236-0.2103-0.27110.34410.2645-0.33230.6616-0.2449-0.16460.6893-0.08190.472763.9757-16.37725.1335
220.89420.1554-0.65785.32744.52955.74140.06170.4852-0.8823-0.20050.4976-0.18840.38880.4418-0.44560.37770.0019-0.10650.6658-0.20630.619981.9347-1.872641.7668
232.40872.63521.28536.13713.1414.17010.1355-0.2429-0.39460.69920.2822-0.11370.62780.0409-0.39540.3876-0.0114-0.1370.46090.05590.341871.5092-0.499655.3028
244.89050.7712.25564.68090.27434.1273-0.1528-0.363-0.2778-0.13820.44590.4922-0.2373-0.9825-0.05960.2911-0.0203-0.11530.66980.14560.40649.200111.743637.0566
256.66980.78161.76653.1759-0.76512.92120.2959-0.4553-1.5063-0.25490.26720.27480.8909-0.6224-0.51790.5168-0.1983-0.18870.75430.21410.833547.5733-4.740541.3688
261.0320.1776-0.4721.86790.34871.1259-0.008-0.859-0.2938-0.1619-0.15761.08330.1295-1.0433-0.48130.2167-0.1873-0.32721.3860.4590.96437.47645.92837.4335
272.51670.55460.39342.69560.18962.057-0.23390.35770.134-0.96580.41570.0728-0.20790.1035-0.20010.7075-0.2691-0.07480.5335-0.0420.481561.91792.849213.9244
281.0052-0.3794-0.15721.1554-0.69020.62670.095-0.6768-0.4963-0.27720.25240.60760.518-1.13220.17710.4631-0.2997-0.45951.01520.23110.875738.48633.420923.7884
290.45381.21320.26843.09050.55792.0902-0.37550.27930.43280.09540.54481.1717-0.4739-1.47350.01050.5110.0658-0.1381.2020.26280.826936.540413.615435.0003
302.3356-2.1047-3.39038.4121.74918.6191-0.023-0.55391.0955-0.31940.80150.8303-1.2826-0.9957-0.57690.54430.1115-0.22830.7390.07990.771547.488822.158734.7764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -9 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 160 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 161 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 184 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 204 through 217 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -9 through 26 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 27 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 74 through 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 90 through 112 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 113 through 134 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 135 through 160 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 161 through 183 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 184 through 218 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid -1 through 26 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 27 through 54 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 55 through 73 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 74 through 112 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 113 through 131 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 132 through 160 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 161 through 183 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 184 through 217 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 0 through 26 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 27 through 89 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 90 through 112 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 113 through 160 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 161 through 183 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 184 through 203 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 204 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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