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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pzl | ||||||
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タイトル | The crystal structure of adenylate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Dis eases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of adenylate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pzl.cif.gz | 360.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pzl.ent.gz | 308 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/4pzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/4pzl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | It is predicted that the chain A and B, the chain C and D form dimers respectively. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 27282.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: adk, FTT_1161 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BK21(DE)magic / 参照: UniProt: Q5NFR4, adenylate kinase |
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-非ポリマー , 5種, 297分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris, 20% (w/v) PEG4000., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924, 0.97938 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日 / 詳細: mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→34.5 Å / Num. all: 59141 / Num. obs: 59141 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 30.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2896 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.148 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.148 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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