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- PDB-4py9: Crystal structure of an exopolyphosphatase-related protein from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4py9
タイトルCrystal structure of an exopolyphosphatase-related protein from Bacteroides Fragilis. Northeast Structural Genomics target BFR192
要素Putative exopolyphosphatase-related protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / EXOPOLYPHOSPHATASE-RELATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll ...inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Putative exopolyphosphatase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an exopolyphosphatase-related protein from Bacteroides Fragilis. Northeast Structural Genomics target BFR192
著者: Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast ...著者: Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年6月25日ID: 3DMA
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative exopolyphosphatase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2449
ポリマ－39,7721
非ポリマー4728
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative exopolyphosphatase-related protein
ヘテロ分子

A: Putative exopolyphosphatase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,48718
ポリマ－79,5432
非ポリマー94416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5840 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.892, 90.892, 107.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative exopolyphosphatase-related protein


分子量: 39771.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: BF3900 / プラスミド: PET 21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64PD9
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 320 MM KACETATE, 100 MM NAACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月4日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 47146 / Num. obs: 40928 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 17 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→45.45 Å / SU B: 6.366 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26354 2105 9.3 %RANDOM
Rwork0.23149 ---
obs0.23457 20515 90.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å21.65 Å2-0 Å2
2--1.65 Å2-0 Å2
3----5.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 24 109 2858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2181.9813771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68836081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1355338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75724.154130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11815471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9851514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02639
LS精密化 シェル解像度: 2.252→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 133 -
Rwork0.264 1304 -
obs--79.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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