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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pxc | ||||||
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タイトル | The crystal structure of AtUAH in complex with (S)-hydroxyglycine | ||||||
![]() | Ureidoglycolate hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Amidase / Hydantoinase / Carbamoylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() ureidoglycolate amidohydrolase / ureide catabolic process / ureidoglycolate hydrolase activity / allantoin catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / purine nucleobase catabolic process / plastid / manganese ion binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shin, I. / Rhee, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase. 著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46270.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-476 / 変異: E183A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UAH, AAH2, At5g43600, K9D7.10 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % / Mosaicity: 0.289 ° / Mosaicity esd: 0.003 ° |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.893→50 Å / Num. obs: 83293 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.805 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.03 Å2 / Biso mean: 21.3508 Å2 / Biso min: 8.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.893→29.751 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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