PDB-4pwt: Crystal structure of peptidoglycan-associated outer membrane lipo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pwt

タイトル

Crystal structure of peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein from Yersinia pestis CO92

要素

Peptidoglycan-associated lipoprotein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein / alpha-beta fold / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / cell division
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.752 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein from Yersinia pestis CO92
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pwt.cif.gz	179.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pwt.ent.gz	145.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pwt_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pwt_full_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示
XML形式データ	4pwt_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	4pwt_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/4pwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/4pwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oapS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kr4-d 2lrg-d 5j6x-d 5yku-d 1vmj-d 6o2v-2 5g5d-2 3gm1-1 3lry-d 4cih-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00403

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan-associated lipoprotein

B: Peptidoglycan-associated lipoprotein

C: Peptidoglycan-associated lipoprotein

ヘテロ分子

44.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan-associated lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidoglycan-associated lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptidoglycan-associated lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.015, 65.015, 86.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Peptidoglycan-associated lipoprotein / Peptidoglycan-associated lipoprotein Pal 分子量: 14571.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: excC, pal, y3054, YPO1125, YP_1031 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q7CH55, UniProt: A0A380PP88*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 41239 / Num. obs: 41239 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.83 Å² / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2046 / R_sym value: 0.727 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1593)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OAP

1oap

解像度: 1.752→26.784 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	2076	5.05 %	random
R_work	0.168	-	-	-
all	0.17	41114	-	-
obs	0.17	41114	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.752→26.784 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2977	0	25	239	3241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	4563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.639	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	628

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.7521-1.7928	0.235	155	0.2001	2466	2621	97
1.7928-1.8376	0.2588	131	0.1982	2627	2758	100
1.8376-1.8873	0.2623	145	0.206	2582	2727	100
1.8873-1.9428	0.2382	142	0.2034	2591	2733	100
1.9428-2.0055	0.2809	130	0.1863	2680	2810	100
2.0055-2.0772	0.2133	111	0.1808	2604	2715	100
2.0772-2.1603	0.2219	136	0.177	2651	2787	100
2.1603-2.2586	0.2162	134	0.1655	2621	2755	100
2.2586-2.3776	0.197	128	0.1656	2600	2728	100
2.3776-2.5264	0.2172	156	0.1734	2613	2768	100
2.5264-2.7213	0.2391	137	0.1769	2631	2768	100
2.7213-2.9949	0.2046	158	0.1854	2578	2736	100
2.9949-3.4275	0.1981	141	0.1727	2615	2756	100
3.4275-4.3153	0.162	151	0.1379	2626	2777	100
4.3153-26.7871	0.1473	121	0.1453	2553	2674	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4284	2.126	-0.1946	5.111	-0.7409	3.5904	-0.0066	0.1055	1.2291	-0.0025	0.2423	0.0884	-0.1955	-0.6832	0.053	0.2523	-0.0794	0.0211	0.4475	0.006	0.3366	-19.991	41.8548	13.5368
2	6.9637	1.626	0.9375	2.2724	-0.1988	2.9963	-0.1189	0.154	-0.609	-0.0973	0.0888	-0.4524	0.7711	-0.4974	-0.0246	0.3327	-0.1735	-0.0172	0.3801	0.0155	0.0704	-14.0163	33.7903	17.9878
3	6.112	0.0916	0.5124	1.4904	-0.8778	2.35	-0.0555	0.0737	0.7608	0.0395	-0.003	0.0019	-0.1249	0.0987	0.037	0.12	0.0434	0.0191	0.147	-0.013	0.129	-4.2911	35.3436	32.5109
4	8.1829	-1.8039	-0.1567	1.5957	-0.502	1.8398	-0.0463	0.1407	-0.258	0.0114	0.0517	0.0486	0.3346	0.3827	-0.0216	0.1409	0.0751	0.0089	0.2052	-0.0135	0.113	0.313	26.0039	33.59
5	2.0838	-1.9243	-1.0346	2.8237	0.3235	2.0635	0.0811	0.3693	-0.2318	-0.1114	-0.1376	-0.1598	0.2979	0.2857	0.1172	0.1803	0.0949	0.0007	0.2639	0.0057	0.1042	2.1105	25.2691	28.1345
6	6.8885	3.9919	1.6174	6.1352	0.3948	3.7127	-0.0866	0.4852	0.321	-0.2248	-0.1292	-0.3139	0.0103	0.5143	0.1811	0.15	0.0557	0.0321	0.3158	0.0252	0.1464	5.7131	32.4226	27.3165
7	0.6339	1.7062	1.6961	4.6464	4.5009	4.485	-0.0618	0.5298	0.537	-0.287	-0.0784	-0.5056	-0.411	0.1832	0.203	0.1729	0.0149	-0.0283	0.2711	0.0144	0.4174	-12.0164	55.4088	45.223
8	6.2131	-0.182	6.0066	0.9718	-0.9241	6.3225	0.1199	-0.0397	0.1226	0.0451	-0.0679	-0.1366	0.3005	0.1222	0.0511	0.1499	0.0387	-0.0143	0.1753	-0.0292	0.1633	-21.9031	50.817	38.2122
9	5.4349	-0.3968	1.814	0.644	-0.0041	1.7232	-0.2239	0.0741	0.5346	-0.049	0.0856	-0.1091	-0.1633	0.1994	0.1341	0.1228	-0.0148	-0.0092	0.1559	0.0199	0.2022	-27.5934	51.5451	26.1555
10	7.4579	-0.8138	1.7073	0.7506	-0.1165	2.0817	0.0071	0.075	-0.2113	-0.0568	0.0336	0.0291	0.0139	0.0869	-0.056	0.113	0.0037	-0.0039	0.0962	0.0205	0.1204	-35.2426	45.4958	23.4842
11	6.098	-2.0964	-0.114	7.8439	-0.183	3.3285	-0.2588	-1.0114	0.4031	0.5239	0.0644	0.5545	-0.3481	-0.3682	0.0417	0.1912	0.0746	-0.0117	0.4029	-0.0494	0.2552	-46.4161	53.7812	32.185
12	2.4276	-3.521	2.0442	6.0031	-1.7596	3.8851	-0.1909	-0.4713	0.079	0.1621	0.0852	0.0683	-0.1236	-0.2342	0.2858	0.1129	0.031	-0.0322	0.1901	0.0319	0.1586	-33.9201	50.4402	31.1049
13	5.4616	2.6828	-0.6256	6.3995	0.3434	8.1009	0.5616	-0.2604	-0.3722	1.37	-0.3039	-0.4571	0.9449	-0.0689	-0.2227	0.4099	0.0087	-0.1013	0.2793	0.0045	0.2064	-30.1865	1.6479	35.4096
14	1.5228	1.3345	0.6256	5.1755	1.0983	2.2063	0.0641	-0.0722	-0.058	-0.0012	-0.0635	0.0883	0.2495	-0.1235	0.0152	0.1427	-0.0003	0.0153	0.0899	0.016	0.0966	-23.6656	16.3691	50.2076
15	4.4877	-0.4999	-0.2724	6.5081	-0.228	3.9343	-0.0903	0.1342	0.3299	-0.152	0.0915	-0.0695	-0.3263	0.1535	-0.0055	0.1402	-0.005	-0.013	0.1145	0.0125	0.106	-22.1049	28.1288	43.7132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 168 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -1 through 48 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 49 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 102 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 103 through 142 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 143 through 161 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 162 through 168 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 46 through 60 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 61 through 144 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 145 through 168 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)