PDB-4pvi: Crystal structure of GH62 hydrolase in complex with xylotriose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pvi

タイトル

Crystal structure of GH62 hydrolase in complex with xylotriose

要素

GH62 hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Arabinofuranosidase / arabinofuranohydrolase / GH62 hydrolase / fungal genomics / arabinoxylan / lignocellulose degradation / xylotriose

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Scytalidium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Nocek, B. / Kaur, A.P. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of GH62 hydrolase in complex with xylotriose
著者: Kaur, A.P. / Nocek, B. / Xu, X. / Lowden, M.J. / Leyva, J.F. / Stogios, P.J. / Cui, H. / Leo, R.D. / Powlowski, J. / Tsang, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2014年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pvi.cif.gz	158 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pvi.ent.gz	121.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pvi_validation.pdf.gz	718 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pvi_full_validation.pdf.gz	719.1 KB	表示
XML形式データ	4pvi_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	4pvi_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pvaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gtj-2 1eb1-d 3hlh-2 1awh-2 1b6g-d 2bxu-d 5glk-1 3p6z-1 3li3-d 2gvx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH62 hydrolase

ヘテロ分子

39.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.445, 72.445, 62.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

詳細

monomer

#1: タンパク質

GH62 hydrolase

分子量: 38964.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Scytalidium thermophilum (菌類) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059U759*PLUS

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.2M KH2PO4, 20% PEG3350, 2 mM CaCl2, 20 mM xylotriose , pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→23.713 Å / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PVA

4pva

解像度: 1.48→23.713 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 16.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1588	3444	5.04 %
R_work	0.1286	-	-
obs	0.1302	68294	86.12 %
all	-	71738	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→23.713 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2642	0	38	515	3195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2819
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.507	3876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.501	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.134	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	503

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4796-1.4999	0.2066	88	0.1994	1289	X-RAY DIFFRACTION	28
1.4999-1.5213	0.233	111	0.1954	1820	X-RAY DIFFRACTION	39
1.5213-1.544	0.2489	96	0.1913	2199	X-RAY DIFFRACTION	47
1.544-1.5681	0.2053	141	0.1844	2230	X-RAY DIFFRACTION	49
1.5681-1.5938	0.2032	120	0.1705	2323	X-RAY DIFFRACTION	49
1.5938-1.6213	0.1961	126	0.1599	2235	X-RAY DIFFRACTION	49
1.6213-1.6508	0.1615	104	0.1552	2342	X-RAY DIFFRACTION	49
1.6508-1.6825	0.1743	116	0.1538	2265	X-RAY DIFFRACTION	49
1.6825-1.7169	0.1863	114	0.152	2299	X-RAY DIFFRACTION	49
1.7169-1.7542	0.1732	101	0.1481	2324	X-RAY DIFFRACTION	49
1.7542-1.795	0.2132	126	0.1434	2277	X-RAY DIFFRACTION	49
1.795-1.8398	0.1847	119	0.1389	2282	X-RAY DIFFRACTION	49
1.8398-1.8896	0.1497	122	0.1369	2244	X-RAY DIFFRACTION	49
1.8896-1.9451	0.1761	146	0.1399	2367	X-RAY DIFFRACTION	51
1.9451-2.0079	0.1557	132	0.133	2412	X-RAY DIFFRACTION	53
2.0079-2.0796	0.1587	126	0.1335	2683	X-RAY DIFFRACTION	57
2.0796-2.1628	0.159	145	0.1266	2724	X-RAY DIFFRACTION	59
2.1628-2.2612	0.1616	147	0.1256	3042	X-RAY DIFFRACTION	65
2.2612-2.3803	0.163	157	0.1202	3285	X-RAY DIFFRACTION	71
2.3803-2.5293	0.1493	185	0.1229	3370	X-RAY DIFFRACTION	73
2.5293-2.7243	0.1643	187	0.1244	3485	X-RAY DIFFRACTION	74
2.7243-2.998	0.1584	208	0.1245	3376	X-RAY DIFFRACTION	74
2.998-3.4307	0.1674	191	0.1165	3330	X-RAY DIFFRACTION	72
3.4307-4.318	0.1397	123	0.1109	3297	X-RAY DIFFRACTION	70
4.318-23.7162	0.1238	213	0.1204	3350	X-RAY DIFFRACTION	73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1837	-0.1518	-0.0208	0.3515	0.0027	0.26	0.0045	0.0208	-0.0033	-0.1349	-0.004	-0.182	0.0206	0.0578	0.0825	0.1007	0.0091	0.0313	0.0774	-0.0077	0.1088	16.4337	-24.0659	-5.7023
2	0.2128	-0.0944	0.0111	0.3306	0.0755	0.1302	0.0392	-0.0271	0.0765	-0.0611	0.001	-0.0713	-0.0538	0.0074	0.0153	0.1168	-0.0062	0.0077	0.0782	-0.0009	0.1013	7.0476	-9.5938	-0.609
3	0.0971	0.017	-0.0583	0.3515	0.1474	0.0715	0.0233	-0.0137	0.0157	-0.0314	0.0085	0.0767	0.019	-0.0294	0.0168	0.0871	0.0005	-0.0089	0.0817	0.0066	0.0679	-3.5869	-16.489	5.0341
4	0.082	0.041	-0.1164	0.1696	-0.0048	0.103	-0.0501	-0.0105	-0.0922	0.0103	0.0542	0.0172	0.0457	-0.0012	-0.005	0.1059	0.0003	-0.0145	0.0857	0.0111	0.0922	-0.1168	-30.2715	5.3913
5	0.0344	0.0663	0.0169	0.047	-0.0006	0.0138	-0.0447	-0.0826	0.0022	0.0244	0.0894	0.0797	0.0233	-0.0313	0	0.1116	-0.0005	0.0027	0.0937	0.0132	0.1094	-4.0917	-31.0118	6.9807
6	0.015	0.0121	0.0065	0.0169	-0.0064	0.017	-0.0206	0.0742	-0.0115	-0.0669	0.125	-0.1798	0.11	0.0941	0	0.1249	0.0249	0.0077	0.1175	-0.0184	0.146	15.9203	-38.3432	3.1858
7	0.0186	0.0134	-0.0381	0.0031	-0.0298	0.032	0.0017	0.045	0.0349	-0.1278	0.0049	-0.0131	0.0268	0.0315	0.0031	0.158	0.0068	-0.0035	0.089	0.0005	0.0801	1.4817	-26.3637	-8.4198
8	0.0507	0.0413	-0.0805	0.0863	-0.0685	0.0726	0.0677	-0.0561	-0.1238	0.0294	-0.055	-0.1954	0.0537	0.0237	0	0.1113	0.0089	-0.0131	0.1144	0.0079	0.1429	18.1914	-28.9511	3.875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -7 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 207 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 208 through 237 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 238 through 257 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 258 through 273 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 274 through 294 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 295 through 321 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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