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- PDB-4ppk: Crystal structure of eCGP123 T69V variant at pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ppk
タイトルCrystal structure of eCGP123 T69V variant at pH 7.5
要素Monomeric Azami Green
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP / chromophore / photoswitching
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Don Paul, C. / Traore, D.A.K. / Devenish, R.J. / Close, D. / Bell, T. / Bradbury, A. / Wilce, M.C.J. / Prescott, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: X-Ray Crystal Structure and Properties of Phanta, a Weakly Fluorescent Photochromic GFP-Like Protein.
著者: Don Paul, C. / Traore, D.A. / Olsen, S. / Devenish, R.J. / Close, D.W. / Bell, T.D. / Bradbury, A. / Wilce, M.C. / Prescott, M.
履歴
登録2014年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monomeric Azami Green
B: Monomeric Azami Green
C: Monomeric Azami Green
D: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0174
ポリマ－113,0174
非ポリマー00
水10,467581
1
A: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2541
ポリマ－28,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2541
ポリマ－28,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2541
ポリマ－28,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2541
ポリマ－28,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Monomeric Azami Green
B: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5082
ポリマ－56,5082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18010 Å2
手法PISA
6
C: Monomeric Azami Green
D: Monomeric Azami Green


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5082
ポリマ－56,5082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.980, 81.330, 73.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A2 - 220
2112B2 - 220
3112C2 - 220
4112D2 - 220

-
要素

#1: タンパク質
Monomeric Azami Green


分子量: 28254.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue DE3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.52 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / % possible obs: 98.6 % / Biso Wilson estimate: 30.82 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ECGP123 WITHOUT CHROMOPHORE, WATERS AND SUBSTITUTIONS

解像度: 2→38.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9382 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9038 / SU B: 7.428 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 2752 5 %RANDOM
Rwork0.1938 ---
obs0.197 55026 98.73 %-
all-55029 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2556 Å20 Å20.7219 Å2
2--2.1586 Å20 Å2
3----3.4142 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.301 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7062 0 0 581 7643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.139888HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2582SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1048HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7338HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 205 5.01 %
Rwork0.2204 3890 -
all0.2219 4095 -
obs--98.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1145-0.1103-0.01331.18910.07230.64070.05890.24840.1039-0.1391-0.0355-0.25810.00260.0897-0.0234-0.0244-0.01850.052-0.04530.0107-0.05521.67664.002931.4218
23.03111.0569-0.02812.8862-0.10220.6285-0.04580.1995-0.1567-0.28410.01950.07340.0282-0.04210.0263-0.0288-0.0102-0.0094-0.1044-0.0261-0.0804-7.5967-6.233331.3089
32.59460.3866-0.08321.16190.021.1199-0.0964-0.1812-0.00820.27690.090.13260.0151-0.10330.00640.12110.06480.05280.05070.032-0.0834-10.7926-2.223663.2499
42.681-0.31290.36270.7645-0.23061.2789-0.087-0.3394-0.07220.16560.0968-0.1495-0.01890.0674-0.00980.08730.0547-0.04390.035-0.0103-0.054820.7994-1.447363.5929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 460
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 428
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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