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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ppj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Phanta, a weakly fluorescent photochromic GFP-like protein. ON state | ||||||
要素 | Monomeric Azami Green | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / GFP / chromophore / chromoprotein / photoswitching | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Don Paul, C. / Traore, D.A.K. / Devenish, R.J. / Close, D. / Bell, T. / Bradbury, A. / Wilce, M.C.J. / Prescott, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: X-Ray Crystal Structure and Properties of Phanta, a Weakly Fluorescent Photochromic GFP-Like Protein. 著者: Don Paul, C. / Traore, D.A. / Olsen, S. / Devenish, R.J. / Close, D.W. / Bell, T.D. / Bradbury, A. / Wilce, M.C. / Prescott, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ppj.cif.gz | 369.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ppj.ent.gz | 306.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ppj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ppj_validation.pdf.gz | 465.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ppj_full_validation.pdf.gz | 483 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ppj_validation.xml.gz | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ppj_validation.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4ppj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4ppj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28247.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue DE3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.15M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→79.37 Å / % possible obs: 98.5 % / Biso Wilson estimate: 54.98 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ECGP123 WITHOUT CHROMOPHORE, WATERS AND SUBSTITUTIONS 解像度: 2.3→30.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9355 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8859 / SU B: 23.352 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.944 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.71 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.382 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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