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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ppf | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis RecA citrate bound low temperature structure IIA-N | ||||||
![]() | Protein RecA, 1st part, 2nd part | ||||||
![]() | HYDROLASE / HOMOLOGOUS RECOMBINATION / DNA REPAIR / ATPASE / RECOMBINASE / DNA BINDING PROTEIN / PLOOP CONTAINING NTPASE FOLD / ATP BINDING / HYDROLYSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() UV protection / DNA strand invasion / intein-mediated protein splicing / intron homing / DNA strand exchange activity / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...UV protection / DNA strand invasion / intein-mediated protein splicing / intron homing / DNA strand exchange activity / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA repair / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Patil, N.K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies on Mycobacterium tuberculosis RecA: Molecular plasticity and interspecies variability 著者: Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Nautiyal, A. / Patil, K.N. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Functionally important movements in RecA molecules and filaments: studies involving mutation and environmental changes 著者: Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Crystallographic identification of an ordered C-terminal domain and a second nucleotide-binding site in RecA: new insights into allostery 著者: Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #3: ![]() タイトル: Crystal structures of Mycobacterium smegmatis RecA and its nucleotide complexes 著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #4: ![]() タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #5: ![]() タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis RecA and its complex with ADP-AlF(4): implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M.M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4oqfC ![]() 4po1C ![]() 4po8C ![]() 4po9C ![]() 4poaC ![]() 4ppgC ![]() 4ppnC ![]() 4ppqC ![]() 4pqfC ![]() 4pqrC ![]() 4pqyC ![]() 4pr0C ![]() 4psaC ![]() 4pskC ![]() 4psvC ![]() 4ptlC ![]() 1g19S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37222.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MT2806, MTV002.02c, recA, Rv2737c / プラスミド: PEJ135 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5U4, UniProt: P9WHJ3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FLC / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE PROTEIN IS EXPRESSED AS A 790 AMINO ACID RESIDUE PRECURSOR (UNIPROT P0A5U4). ONCE IT IS ...THE PROTEIN IS EXPRESSED AS A 790 AMINO ACID RESIDUE PRECURSOR (UNIPROT P0A5U4). ONCE IT IS RELEASED INTO THE CELL, THE CHAIN MTU RECA INTEIN (RESIDUES 252-691) IS CLEAVED OFF, CHAINS 1ST PART (RESIDUES 1-251) AND 2ND PART (RESIDUES 692-790) JOIN TOGETHER TO FORM THE MATURE PROTEIN. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 15% PEG 3350, 10% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日 / 詳細: Bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.34 Å / Num. obs: 19963 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2835 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1G19 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.043 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.901 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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