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- PDB-4ppd: PduA K26A, crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ppd
タイトルPduA K26A, crystal form 2
要素Propanediol utilization protein PduA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BMC shell protein / Pdu / propanediol / mutagenesis / carboxysome
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein PduA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Alanine scanning mutagenesis identifies an asparagine-arginine-lysine triad essential to assembly of the shell of the pdu microcompartment.
著者: Sinha, S. / Cheng, S. / Sung, Y.W. / McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
D: Propanediol utilization protein PduA
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
G: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,48116
ポリマ－72,6257
非ポリマー8579
水1,11762
1
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,10215
ポリマ－62,2506
非ポリマー8539
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11080 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area21150 Å2
手法PISA
2
C: Propanediol utilization protein PduA
D: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

C: Propanediol utilization protein PduA
D: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

C: Propanediol utilization protein PduA
D: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,11415
ポリマ－62,2506
非ポリマー8659
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation48_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area10660 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
3
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
G: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
G: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,81812
ポリマ－62,2506
非ポリマー5686
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area10240 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.340, 235.340, 235.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-101-

SO4

21C-101-

SO4

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要素

#1: タンパク質
Propanediol utilization protein PduA


分子量: 10374.936 Da / 分子数: 7 / 変異: K26A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: pduA, STM2038 / プラスミド: pTA925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P0A1C7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 125 mM cesium sulfate, 1.8 M ammonium sulfate, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→83.205 Å / Num. all: 42127 / Num. obs: 42125 / % possible obs: 99.995 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 52.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 32.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.4-2.461.0674.246386630923092100
2.46-2.530.8475.326118930633063100
2.53-2.60.7176.315711829142914100
2.6-2.680.5637.96153628672867100
2.68-2.770.4519.865878727552755100
2.77-2.870.35412.125611226662666100
2.87-2.980.26715.695364125832583100
2.98-3.10.21218.934938325012501100
3.1-3.240.15125.114739323752375100
3.24-3.390.10434.784907422832283100
3.39-3.580.07644.974590821632163100
3.58-3.80.06253.164305420722072100
3.8-4.060.05160.153788019291929100
4.06-4.380.04370.73627118101810100
4.38-4.80.03879.023507116611661100
4.8-5.370.03778.243133215251525100
5.37-6.20.03872.752478513291329100
6.2-7.590.03383.672376811421142100
7.59-10.730.02697.3317389881881100
10.73-83.2050.0388.74904551451499.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIXdev_1555精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NGK

3ngk


解像度: 2.4→83.205 Å / FOM work R set: 0.8305 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 4213 10 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1972 42120 99.98 %-
all-42127 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.54 Å2 / Biso mean: 62.49 Å2 / Biso min: 28.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→83.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4196 0 47 62 4305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.585804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4331469
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.4004-2.42770.2981380.2622124213801242
2.4277-2.45630.3511390.2538124713861247
2.4563-2.48620.31991450.2514131114561311
2.4862-2.51770.31411400.2464125213921252
2.5177-2.55080.27361370.2406124013771240
2.5508-2.58580.32441370.2485122813651228
2.5858-2.62270.28991400.2546126014001260
2.6227-2.66190.24931380.243123913771239
2.6619-2.70350.29011410.2396127614171276
2.7035-2.74780.27061400.2371125613961256
2.7478-2.79520.27781390.2415125513941255
2.7952-2.8460.28131390.2328124413831244
2.846-2.90070.26771400.2302126814081268
2.9007-2.960.2831410.2212126914101269
2.96-3.02430.23251420.2336127814201278
3.0243-3.09470.27181380.2341123613741236
3.0947-3.17210.26711400.2204125813981258
3.1721-3.25780.24491410.2175127214131272
3.2578-3.35370.23221380.2075124713851247
3.3537-3.4620.24761390.2043124613851246
3.462-3.58570.21481400.1985126414041264
3.5857-3.72930.22761420.1974127514171275
3.7293-3.8990.20211400.1824126014001260
3.899-4.10450.1891410.1754126714081267
4.1045-4.36170.17591420.1663128514271285
4.3617-4.69840.16371390.149124913881249
4.6984-5.17120.16681440.1596129114351291
5.1712-5.91930.21111410.1855126814091268
5.9193-7.4570.19261430.1868128814311288
7.457-83.25520.19991490.1703133614851336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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