PDB-4ppd: PduA K26A, crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ppd

タイトル

PduA K26A, crystal form 2

要素

Propanediol utilization protein PduA

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / BMC shell protein / Pdu / propanediol / mutagenesis / carboxysome

機能・相同性

機能・相同性情報

propanediol degradation polyhedral organelle / 1,2-propanediol catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Alanine scanning mutagenesis identifies an asparagine-arginine-lysine triad essential to assembly of the shell of the pdu microcompartment.
著者: Sinha, S. / Cheng, S. / Sung, Y.W. / McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.

履歴

登録	2014年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ppd.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ppd.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ppd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ppd_validation.pdf.gz	497.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ppd_full_validation.pdf.gz	503.2 KB	表示
XML形式データ	4ppd_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	4ppd_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4ppd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4ppd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p2sC 3ngkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rbv-1 4rbu-1 4qif-2 5l38-2 3s3t-1 4p2s-2 4qie-2 3i6p-d 4qig-1 4qie-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (7) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Propanediol utilization protein PduA

B: Propanediol utilization protein PduA

C: Propanediol utilization protein PduA

D: Propanediol utilization protein PduA

E: Propanediol utilization protein PduA

F: Propanediol utilization protein PduA

G: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

73.5 kDa, 7 ポリマー
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1

A: Propanediol utilization protein PduA

B: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA

B: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA

B: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Propanediol utilization protein PduA

D: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

C: Propanediol utilization protein PduA

D: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

C: Propanediol utilization protein PduA

D: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 6 ポリマー
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3

E: Propanediol utilization protein PduA

F: Propanediol utilization protein PduA

G: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

E: Propanediol utilization protein PduA

F: Propanediol utilization protein PduA

G: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	235.340, 235.340, 235.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-101- SO4
2	1	C-101- SO4

#1: タンパク質	Propanediol utilization protein PduA 分子量: 10374.936 Da / 分子数: 7 / 変異: K26A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: pduA, STM2038 / プラスミド: pTA925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P0A1C7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 125 mM cesium sulfate, 1.8 M ammonium sulfate, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→83.205 Å / Num. all: 42127 / Num. obs: 42125 / % possible obs: 99.995 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 52.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 32.82

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46	1.067	4.24	63866	3092	3092	100
2.46-2.53	0.847	5.32	61189	3063	3063	100
2.53-2.6	0.717	6.31	57118	2914	2914	100
2.6-2.68	0.563	7.9	61536	2867	2867	100
2.68-2.77	0.451	9.86	58787	2755	2755	100
2.77-2.87	0.354	12.12	56112	2666	2666	100
2.87-2.98	0.267	15.69	53641	2583	2583	100
2.98-3.1	0.212	18.93	49383	2501	2501	100
3.1-3.24	0.151	25.11	47393	2375	2375	100
3.24-3.39	0.104	34.78	49074	2283	2283	100
3.39-3.58	0.076	44.97	45908	2163	2163	100
3.58-3.8	0.062	53.16	43054	2072	2072	100
3.8-4.06	0.051	60.15	37880	1929	1929	100
4.06-4.38	0.043	70.7	36271	1810	1810	100
4.38-4.8	0.038	79.02	35071	1661	1661	100
4.8-5.37	0.037	78.24	31332	1525	1525	100
5.37-6.2	0.038	72.75	24785	1329	1329	100
6.2-7.59	0.033	83.67	23768	1142	1142	100
7.59-10.73	0.026	97.33	17389	881	881	100
10.73-83.205	0.03	88.74	9045	514	514	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX	dev_1555	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NGK

3ngk

解像度: 2.4→83.205 Å / FOM work R set: 0.8305 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2191	4213	10 %	RANDOM
R_work	0.1947	-	-	-
obs	0.1972	42120	99.98 %	-
all	-	42127	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.54 Å² / B_iso mean: 62.49 Å² / B_iso min: 28.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→83.205 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4196	0	47	62	4305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4266
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.58	5804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.433	1469

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs
2.4004-2.4277	0.298	138	0.2622	1242	1380	1242
2.4277-2.4563	0.351	139	0.2538	1247	1386	1247
2.4563-2.4862	0.3199	145	0.2514	1311	1456	1311
2.4862-2.5177	0.3141	140	0.2464	1252	1392	1252
2.5177-2.5508	0.2736	137	0.2406	1240	1377	1240
2.5508-2.5858	0.3244	137	0.2485	1228	1365	1228
2.5858-2.6227	0.2899	140	0.2546	1260	1400	1260
2.6227-2.6619	0.2493	138	0.243	1239	1377	1239
2.6619-2.7035	0.2901	141	0.2396	1276	1417	1276
2.7035-2.7478	0.2706	140	0.2371	1256	1396	1256
2.7478-2.7952	0.2778	139	0.2415	1255	1394	1255
2.7952-2.846	0.2813	139	0.2328	1244	1383	1244
2.846-2.9007	0.2677	140	0.2302	1268	1408	1268
2.9007-2.96	0.283	141	0.2212	1269	1410	1269
2.96-3.0243	0.2325	142	0.2336	1278	1420	1278
3.0243-3.0947	0.2718	138	0.2341	1236	1374	1236
3.0947-3.1721	0.2671	140	0.2204	1258	1398	1258
3.1721-3.2578	0.2449	141	0.2175	1272	1413	1272
3.2578-3.3537	0.2322	138	0.2075	1247	1385	1247
3.3537-3.462	0.2476	139	0.2043	1246	1385	1246
3.462-3.5857	0.2148	140	0.1985	1264	1404	1264
3.5857-3.7293	0.2276	142	0.1974	1275	1417	1275
3.7293-3.899	0.2021	140	0.1824	1260	1400	1260
3.899-4.1045	0.189	141	0.1754	1267	1408	1267
4.1045-4.3617	0.1759	142	0.1663	1285	1427	1285
4.3617-4.6984	0.1637	139	0.149	1249	1388	1249
4.6984-5.1712	0.1668	144	0.1596	1291	1435	1291
5.1712-5.9193	0.2111	141	0.1855	1268	1409	1268
5.9193-7.457	0.1926	143	0.1868	1288	1431	1288
7.457-83.2552	0.1999	149	0.1703	1336	1485	1336

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