PDB-4pnj: Recombinant Sperm Whale P6 Myoglobin Solved with Single Pulse Fre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pnj

タイトル

Recombinant Sperm Whale P6 Myoglobin Solved with Single Pulse Free Electron Laser Data

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Myoglobin / Femtosecond X-ray Crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

Model details

Structure solved from data obtained from 739 crystals

データ登録者

Cohen, A. / Gonzalez, A. / Lam, W. / Lyubimov, A. / Sauter, N. / Tsai, Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Brunger, A. / Soltis, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Goniometer-based femtosecond crystallography with X-ray free electron lasers.
著者: Cohen, A.E. / Soltis, S.M. / Gonzalez, A. / Aguila, L. / Alonso-Mori, R. / Barnes, C.O. / Baxter, E.L. / Brehmer, W. / Brewster, A.S. / Brunger, A.T. / Calero, G. / Chang, J.F. / Chollet, M. ...

履歴

登録	2014年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月1日	Group: Other
改定 1.4	2015年11月18日	Group: Data collection
改定 1.5	2017年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.6	2018年11月28日	Group: Data collection カテゴリ: diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction ...diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction / pdbx_serial_crystallography_measurement / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery_fixed_target Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.7	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pnj.cif.gz	124 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pnj.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/4pnj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vxaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mwc-2 2w6y-d 1do4-d 1cik-d 2spn-d 5ut8-d 1ltw-d 1m6m-1 1mlo-d 3h57-d 4h0b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.309, 90.309, 45.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-207- SO4
2	1	A-427- HOH
3	1	A-429- HOH
4	1	A-508- HOH

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17366.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.2 - 2.8M (NH4)2SO4 in 20mM TrisHCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP 詳細: The data was assembled from still diffraction patterns collected from 739 crystals at the LCLS beamline XPP, using 50fs pulses 波長: 1.31 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月7日
放射	モノクロメーター: None (SASE pulse) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.31 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→39.15 Å / Num. obs: 43767 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 25.1 % / B_iso Wilson estimate: 15.24 Å² / Net I/σ(I): 33.94
反射シェル	解像度: 1.36→1.37 Å / % possible obs: 52 % / 冗長度: 1.57 % / % possible all: 52
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 50 µm² / Photons per pulse: 1 Tphotons/pulse / Pulse duration: 30 fsec. / Pulse photon energy: 9.5 keV
Serial crystallography sample delivery fixed target	Motion control: DCSS / Sample holding: polycarbonate grid Sample solvent: 8% NaCl, 0.1M Sodium Acetage pH 4.0, 100mM Gadoteridol Support base: goniometer
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 932 / Frames indexed: 739 / Frames total: 932

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
cctbx.xfel		データ削減
MOLREP	11.0.05	位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VXA

1vxa

解像度: 1.36→39.105 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.15 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	2585	5.91 %
R_work	0.1586	41144	-
obs	0.1603	43729	95.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.79 Å² / B_iso mean: 20.7716 Å² / B_iso min: 11.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.36→39.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1222	0	113	364	1699
B_iso mean	-	-	18.76	31.71	-
残基数	-	-	-	-	154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.432	2008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.506	540

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.36-1.3821	0.389	83	0.3849	1310	1393	55
1.3821-1.4103	0.3713	118	0.351	1810	1928	76
1.4103-1.441	0.3481	131	0.3065	2185	2316	92
1.441-1.4745	0.2773	148	0.2524	2322	2470	99
1.4745-1.5114	0.2431	151	0.2091	2392	2543	100
1.5114-1.5522	0.231	151	0.1982	2384	2535	100
1.5522-1.5979	0.1852	147	0.1784	2366	2513	100
1.5979-1.6495	0.197	150	0.1716	2360	2510	100
1.6495-1.7085	0.1793	152	0.1615	2382	2534	100
1.7085-1.7769	0.1974	147	0.1603	2385	2532	100
1.7769-1.8577	0.1803	152	0.1571	2376	2528	100
1.8577-1.9557	0.1802	145	0.1531	2373	2518	100
1.9557-2.0782	0.1873	156	0.1453	2396	2552	100
2.0782-2.2386	0.1464	147	0.135	2401	2548	100
2.2386-2.4639	0.1584	149	0.1323	2406	2555	100
2.4639-2.8203	0.1941	154	0.1427	2390	2544	100
2.8203-3.5529	0.1817	150	0.1465	2415	2565	100
3.5529-39.1212	0.1741	154	0.1491	2491	2645	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0619	-0.0657	-0.0046	0.0645	0.0089	0.1533	-0.017	-0.0769	-0.0623	0.0894	0.059	-0.0405	0.0769	0.1261	0	0.1539	0.0006	0.0067	0.1647	-0.0062	0.1375	-10.7653	99.4416	4.5983
2	0.0664	-0.0134	-0.0366	0.0174	0.0468	0.084	0.0418	0.2233	-0.1183	0.1091	0.0416	-0.0857	0.0875	0.1119	0	0.1318	0.0017	-0.0022	0.1477	-0.0115	0.1486	-14.0256	100.1609	-14.5982
3	0.0952	-0.0242	-0.0498	0.0897	0.0262	0.1109	0.0786	0.1639	0.0398	-0.1611	-0.043	0.039	-0.0124	-0.2563	-0.0001	0.1712	0.0147	-0.006	0.2399	-0.0138	0.1569	-24.553	102.7245	-21.1408
4	0.0187	0.0075	0.0014	0.0211	0.0239	0.029	0.142	0.0338	-0.1515	-0.0449	-0.0929	-0.1071	0.1298	0.3565	-0.0002	0.1902	0.0321	0.0174	0.2639	0.021	0.141	-13.0682	103.0289	-23.8537
5	0.1014	-0.0275	0.0756	0.0604	-0.0173	0.0531	-0.0297	0.0611	0.0291	-0.0412	0.026	-0.0167	0.0294	0.0268	0	0.126	-0.0016	0.0049	0.1525	0.0051	0.1381	-15.9148	109.022	-8.4933
6	0.0772	-0.0581	-0.0317	0.1493	0.0649	0.0223	-0.0346	-0.0686	0.037	0.0943	-0.0324	0.0634	0.051	-0.084	-0	0.1442	0.0072	0.0038	0.1535	-0.0066	0.1606	-26.9419	108.458	1.8428
7	0.0021	-0.0037	-0.0086	0.0114	0.0139	0.0274	0.1247	0.266	-0.0633	-0.2843	-0.0109	0.258	-0.1255	-0.3876	-0.0001	0.199	0.0134	0.0017	0.2487	-0.0127	0.2033	-32.1797	105.5351	-11.147
8	0.0931	-0.0849	-0.1296	0.0798	0.1089	0.2996	0.0156	-0.0358	-0.1169	-0.0192	-0.0326	0.0297	0.0618	-0.0223	0	0.1387	-0.0007	0.0079	0.1419	-0.005	0.1624	-15.1958	94.0864	-7.5776
9	0.0981	0.0303	-0.1066	0.0847	0.0096	0.1414	-0.0494	-0.0905	-0.2354	0.1151	0.0391	0.2041	0.0444	-0.095	-0.0001	0.1435	0.0099	0.0173	0.1476	0.0015	0.183	-26.8706	98.0523	1.0034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 35 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 51 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 58 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 78 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 95 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 96 through 100 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 101 through 124 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 125 through 153 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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