ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0071精密化 iMOSFLMデータ削減 SCALA3.3.16データスケーリング PHENIX位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 3D30解像度 : 2.05→40.08 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.949 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.923 / WRfactor Rfree : 0.2165 / WRfactor Rwork : 0.1872 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / FOM work R set : 0.8217 / SU B : 10.072 / SU ML : 0.134 / SU R Cruickshank DPI : 0.197 / SU Rfree : 0.1642 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.197 / ESU R Free : 0.164 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2239 1034 5.1 % RANDOM Rwork 0.1933 19316 - - obs 0.195 20350 96.39 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.7 Å / 減衰半径 : 0.7 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 127.11 Å2 / Biso mean : 36.5693 Å2 / Biso min : 15.85 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.71 Å2 0 Å2 0.84 Å2 2- - -3.48 Å2 0 Å2 3- - - 4.81 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.05→40.08 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2181 0 2 146 2329
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.01 0.019 2231 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.003 0.02 1986 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.355 1.936 3028 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.849 3 4615 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.685 5 294 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.019 25.161 93 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.029 15 349 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg16.425 15 11 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.08 0.2 325 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.021 2596 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 481 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it2.583 1.856 1188 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other2.57 1.854 1187 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it4.072 2.766 1478
LS精密化 シェル 解像度 : 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.332 83 - Rwork 0.291 1414 - all - 1497 - obs - - 96.02 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.6239 1.2008 -0.7075 3.3182 -4.436 10.3424 0.2635 0.1862 0.2637 0.3043 0.5178 0.6857 0.1249 -0.4814 -0.7813 0.5424 0.0081 -0.0733 0.5331 0.0998 0.1995 29.101 3.996 29.788 2 3.3404 0.3486 1.0313 2.5619 0.0969 2.4056 0.0304 -0.1286 0.1611 0.1545 -0.0551 0.0209 -0.1342 -0.0463 0.0247 0.1322 0.0047 -0.0186 0.0773 0.0001 0.0132 24.513 6.301 7.891 3 3.9298 0.5372 -1.3276 1.9659 0.1724 2.3102 0.0766 -0.1121 -0.1681 0.153 -0.0541 0.0637 0.1383 0.0218 -0.0226 0.1319 0.0047 -0.0323 0.0383 -0.0016 0.0237 1.659 25.884 7.961
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A24 - 39 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A48 - 189 3 X-RAY DIFFRACTION 3 B48 - 189