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- PDB-4pme: Human transthyretin (TTR) complexed with ferulic acid and curcumin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pme
タイトルHuman transthyretin (TTR) complexed with ferulic acid and curcumin.
要素Transthyretin
キーワードThyroid hormone-binding protein / Human transthyretin (TTR) complexes / solubilization of hydrophobic ligands / curcumin degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CUR / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.264 Å
データ登録者Stura, E.A. / Ciccone, L.
引用ジャーナル: N Biotechnol / 年: 2014
タイトル: Transthyretin complexes with curcumin and bromo-estradiol: evaluation of solubilizing multicomponent mixtures.
著者: Ciccone, L. / Tepshi, L. / Nencetti, S. / Stura, E.A.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.country / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.country / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7657
ポリマ－25,9232
非ポリマー8425
水5,008278
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,53014
ポリマ－51,8464
非ポリマー1,68410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.990, 84.670, 64.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

21B-301-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12961.576 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-145 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766

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非ポリマー , 5種, 283分子

#2: 化合物 ChemComp-CUR / (1Z,4Z,6E)-5-hydroxy-1,7-bis(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)hepta-1,4,6-trien-3-one / Curcumin, enol form / (1Z,4Z,6E)-1,7-ビス(4-ヒドロキシ-3-メトキシフェニル)-5-ヒドロキシ-1,4,6-ヘプタトリエン(以下略)


分子量: 368.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein: 5 mg/ml dialysed in 0.1 M NaCl, 0.05 M NaAc, pH 5.5 with 5 milli-M curcumin. precipitant:: 45% MPEG 2,000, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5. Cryoprotectant: 40% mixed (25% dioxane, ...詳細: protein: 5 mg/ml dialysed in 0.1 M NaCl, 0.05 M NaAc, pH 5.5 with 5 milli-M curcumin. precipitant:: 45% MPEG 2,000, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5. Cryoprotectant: 40% mixed (25% dioxane, 25% DMSO, 12.5% ethylene glycol, 12.5% 1,2-propanediol, 12.5% glycerol, 12.5% 2,3-butanediol), 50% (25% MPEG 5000, 0.1 M mixed (Na acetate, ADA, Bicine buffer: 40% pH 4.0 / 60% pH 9.0)
PH範囲: 7.0-7.5 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日 / 詳細: bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: horizontally diffracting Si (111) monochromator and Pt coated mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry for focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→42.335 Å / Num. all: 63275 / Num. obs: 63061 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.84 % / Biso Wilson estimate: 18.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 18.58
反射 シェル解像度: 1.26→1.34 Å / 冗長度: 8.53 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
REFMAC精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
ADSCMxCUBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PM1

4pm1


解像度: 1.264→42.335 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2066 3153 5 %Random
Rwork0.1809 ---
obs0.1822 63057 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.264→42.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1803 0 60 278 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1783315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.681887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 5 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2644-1.28330.32491260.3207240494
1.2833-1.30330.34591370.31772592100
1.3033-1.32470.33651330.30582539100
1.3247-1.34750.31391370.30152596100
1.3475-1.3720.30681350.28682567100
1.372-1.39840.32031370.27612601100
1.3984-1.4270.33151350.27562562100
1.427-1.4580.271360.25572583100
1.458-1.49190.25071360.23782601100
1.4919-1.52920.26521360.22762565100
1.5292-1.57060.23131370.21072603100
1.5706-1.61680.22941360.20032584100
1.6168-1.6690.23051370.19612609100
1.669-1.72860.23951370.19632606100
1.7286-1.79790.23071370.19812611100
1.7979-1.87970.23391380.18672604100
1.8797-1.97880.20241370.17022610100
1.9788-2.10280.1871370.16812614100
2.1028-2.26510.17981400.16672646100
2.2651-2.4930.2031390.17172638100
2.493-2.85370.221400.17952659100
2.8537-3.59510.17711410.15712692100
3.5951-42.35870.17731490.15632818100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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