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- PDB-4pmd: Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmd
タイトルCrystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / GH10 family / xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者An, J. / Feng, Y. / Wu, G.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose
著者: An, J. / Wu, G. / Feng, Y.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5922
ポリマ－40,3101
非ポリマー2821
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area14500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.319, 80.817, 115.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 40309.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
株: ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320 / 遺伝子: Athe_0185 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: B9MMA5, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 3350,0.1 M Tris-HCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 43766 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.997 / Net I/av σ(I): 27.563 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 634627
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.7614.50.1984267197.8
1.76-1.8314.60.15643030.99798.6
1.83-1.9114.70.15442770.99298.5
1.91-2.0214.70.11543291.00298.4
2.02-2.1414.70.10742891.00699.1
2.14-2.3114.70.09743820.9999.3
2.31-2.5414.70.08143730.99299.1
2.54-2.9114.60.08244070.99599.5
2.91-3.6614.30.08244940.99999.7
3.66-5013.50.0674645198.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKLデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→40.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.911 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 2204 5 %RANDOM
Rwork0.1919 41497 --
obs0.1929 43701 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.34 Å2 / Biso mean: 15.289 Å2 / Biso min: 2.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å2-0 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→40.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2770 0 19 141 2930
Biso mean--15.03 18.04 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.953880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.91736291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2745330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17823.8150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.81515523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9911521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2441.3631317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2441.3611316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9332.0361645
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 145 -
Rwork0.214 3034 -
all-3179 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09380.08830.20530.55410.34140.51020.0222-0.00690.04140.126-0.09610.01590.0834-0.0740.07390.1021-0.02150.00490.1072-0.02050.0985-10.2064-11.261418.5259
20.09970.04530.26120.45530.19590.7134-0.0008-0.00080.0230.0568-0.0465-0.0219-0.0017-0.04310.04730.083-0.0064-0.0040.0947-0.01470.1028-6.7316-9.653812.8552
32.3986-1.13365.47661.3996-2.092712.7965-0.0298-0.03210.12050.1135-0.0826-0.333-0.0526-0.12370.11240.0327-0.0315-0.00610.03280.00910.1254-4.0298-6.026618.893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2A501 - 641
3X-RAY DIFFRACTION3A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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