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万見
- PDB-4pl9: Structure of the catalytic domain of ETR1 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pl9
タイトルStructure of the catalytic domain of ETR1 from Arabidopsis thaliana
要素Ethylene receptor 1
キーワードTRANSFERASE / ETR1 / Histidine Kinase / ethylene receptor / Cadmium / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


ethylene receptor activity / regulation of seedling development / detection of ethylene stimulus / ethylene binding / seed dormancy process / defense response by callose deposition in cell wall / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to gibberellin / response to insect ...ethylene receptor activity / regulation of seedling development / detection of ethylene stimulus / ethylene binding / seed dormancy process / defense response by callose deposition in cell wall / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to gibberellin / response to insect / phloem or xylem histogenesis / cytokinin metabolic process / response to ethylene / regulation of stomatal movement / response to auxin / protein histidine kinase activity / response to abscisic acid / hydrogen peroxide biosynthetic process / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / response to salt stress / response to molecule of bacterial origin / defense response / response to heat / defense response to bacterium / cell division / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ethylene receptor / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Ethylene receptor / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Heat Shock Protein 90 / GAF domain / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Ethylene receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Panneerselvam, S. / Mueller-Dieckmann, J.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Structural model of the cytosolic domain of the plant ethylene receptor 1 (ETR1).
著者: Hubert Mayerhofer / Saravanan Panneerselvam / Heidi Kaljunen / Anne Tuukkanen / Haydyn D T Mertens / Jochen Mueller-Dieckmann /
要旨: Ethylene initiates important aspects of plant growth and development through disulfide-linked receptor dimers located in the endoplasmic reticulum. The receptors feature a small transmembrane, ...Ethylene initiates important aspects of plant growth and development through disulfide-linked receptor dimers located in the endoplasmic reticulum. The receptors feature a small transmembrane, ethylene binding domain followed by a large cytosolic domain, which serves as a scaffold for the assembly of large molecular weight complexes of different ethylene receptors and other cellular participants of the ethylene signaling pathway. Here we report the crystallographic structures of the ethylene receptor 1 (ETR1) catalytic ATP-binding and the ethylene response sensor 1 dimerization histidine phosphotransfer (DHp) domains and the solution structure of the entire cytosolic domain of ETR1, all from Arabidopsis thaliana. The isolated dimeric ethylene response sensor 1 DHp domain is asymmetric, the result of different helical bending angles close to the conserved His residue. The structures of the catalytic ATP-binding, DHp, and receiver domains of ethylene receptors and of a homologous, but dissimilar, GAF domain were refined against experimental small angle x-ray scattering data, leading to a structural model of the entire cytosolic domain of the ethylene receptor 1. The model illustrates that the cytosolic domain is shaped like a dumbbell and that the receiver domain is flexible and assumes a position different from those observed in prokaryotic histidine kinases. Furthermore the cytosolic domain of ETR1 plays a key role, interacting with all other receptors and several participants of the ethylene signaling pathway. Our model, therefore, provides the first step toward a detailed understanding of the molecular mechanics of this important signal transduction process in plants.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethylene receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,57015
ポリマ－19,8121
非ポリマー1,75814
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.260, 83.120, 91.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

ACT

21A-614-

ACT

31A-701-

HOH

41A-728-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ethylene receptor 1 / AtETR1 / Protein ETHYLENE RESPONSE 1 / Protein ETR1


分子量: 19811.918 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 407-589 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ETR1, At1g66340, T27F4.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49333, histidine kinase

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非ポリマー , 5種, 113分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Cadmimum sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.0M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42 Å / Num. obs: 23386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.98 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→41.56 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1816 1169 5 %Random selection
Rwork0.1465 ---
obs0.1483 23377 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1154 0 43 99 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3191733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.243469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.98640.21011440.13592748X-RAY DIFFRACTION100
1.9864-2.09120.1891450.12672762X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.22220.15441430.12042715X-RAY DIFFRACTION100
2.2222-2.39370.1851450.12132754X-RAY DIFFRACTION100
2.3937-2.63460.19821450.13222755X-RAY DIFFRACTION100
2.6346-3.01570.20181470.15172788X-RAY DIFFRACTION100
3.0157-3.79910.18911470.15332790X-RAY DIFFRACTION100
3.7991-41.56990.16631530.15632896X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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