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- PDB-4pkf: Benzylsuccinate synthase alpha-beta-gamma complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pkf
タイトルBenzylsuccinate synthase alpha-beta-gamma complex
要素
  • TutD
  • TutF
  • TutG
キーワードLYASE / radical / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A - #20 / Benzylsuccinate synthase beta subunit / : / Benzylsuccinate synthase beta subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site ...High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A - #20 / Benzylsuccinate synthase beta subunit / : / Benzylsuccinate synthase beta subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / TutF / TutD / TutG
類似検索 - 構成要素
生物種Thauera aromatica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Funk, M.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)0645960 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structures of benzylsuccinate synthase elucidate roles of accessory subunits in glycyl radical enzyme activation and activity.
著者: Funk, M.A. / Judd, E.T. / Marsh, E.N. / Elliott, S.J. / Drennan, C.L.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TutD
B: TutG
C: TutF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9498
ポリマ－115,2863
非ポリマー6635
水15,061836
1
A: TutD
B: TutG
C: TutF
ヘテロ分子

A: TutD
B: TutG
C: TutF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,89916
ポリマ－230,5726
非ポリマー1,32710
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area15840 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area60380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.424, 120.421, 136.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

HOH

21A-1097-

HOH

31A-1115-

HOH

41A-1149-

HOH

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 TutD / benzylsuccinate synthase alpha chain


分子量: 99117.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutD / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: O68395, benzylsuccinate synthase
#2: タンパク質 TutG / benzylsuccinate synthase beta chain


分子量: 9303.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutG / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: O68396, benzylsuccinate synthase
#3: タンパク質 TutF / benzylsuccinate synthase gamma chain


分子量: 6865.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutF / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: O68394, benzylsuccinate synthase

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非ポリマー , 4種, 841分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % / 解説: yellow-brown rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 2:1 protein (~8 mg/mL in 50 mM Tris, pH 7.6, 15% glycerol, 200 mM sodium chloride) to well solution (25% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM NH4 ammonium acetate, diffraction-quality ...詳細: 2:1 protein (~8 mg/mL in 50 mM Tris, pH 7.6, 15% glycerol, 200 mM sodium chloride) to well solution (25% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM NH4 ammonium acetate, diffraction-quality crystals typically appeared after 1-2 weeks

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月30日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 62251 / Num. obs: 62251 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.002→49.532 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 3111 5 %random
Rwork0.1288 ---
obs0.1313 62244 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→49.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7675 0 27 836 8538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31810724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3552993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.002-2.03320.23971220.16142262X-RAY DIFFRACTION84
2.0332-2.06650.20451450.13982548X-RAY DIFFRACTION95
2.0665-2.10210.19261470.12472655X-RAY DIFFRACTION99
2.1021-2.14030.20451370.12942703X-RAY DIFFRACTION100
2.1403-2.18150.21061570.12852658X-RAY DIFFRACTION100
2.1815-2.2260.1991480.12872672X-RAY DIFFRACTION100
2.226-2.27440.19191430.12552705X-RAY DIFFRACTION100
2.2744-2.32740.19821230.12342697X-RAY DIFFRACTION100
2.3274-2.38560.18911320.12692676X-RAY DIFFRACTION100
2.3856-2.450.18391350.12752702X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.52210.21581400.13212718X-RAY DIFFRACTION100
2.5221-2.60350.19481440.14392678X-RAY DIFFRACTION100
2.6035-2.69660.21671000.13952750X-RAY DIFFRACTION100
2.6966-2.80460.19191370.14112708X-RAY DIFFRACTION100
2.8046-2.93220.19051570.13732700X-RAY DIFFRACTION100
2.9322-3.08670.20121470.14112714X-RAY DIFFRACTION100
3.0867-3.28010.17351500.13352710X-RAY DIFFRACTION100
3.2801-3.53330.16891740.12992709X-RAY DIFFRACTION100
3.5333-3.88870.16391480.12132730X-RAY DIFFRACTION100
3.8887-4.45110.13611380.10852762X-RAY DIFFRACTION100
4.4511-5.60670.14171330.11852789X-RAY DIFFRACTION100
5.6067-49.5470.16341540.13512887X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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