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- PDB-4pk5: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pk5
タイトルCrystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with Amg-1
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / indoleamine 2 / 3-dioxygenagse 1 / induced fit / structure based drug discovery / imidazothiazole / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ... indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / positive regulation of type 2 immune response / L-tryptophan catabolic process / negative regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PKJ / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Kohno, T. / Tojo, S. / Ishii, T.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures and Structure-Activity Relationships of Imidazothiazole Derivatives as IDO1 Inhibitors.
著者: Tojo, S. / Kohno, T. / Tanaka, T. / Kamioka, S. / Ota, Y. / Ishii, T. / Kamimoto, K. / Asano, S. / Isobe, Y.
履歴
登録2014年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1936
ポリマ－95,1112
非ポリマー2,0824
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.799, 90.414, 131.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 47555.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PKJ / N-(1,3-benzodioxol-5-yl)-2-{[5-(4-methylphenyl)[1,3]thiazolo[2,3-c][1,2,4]triazol-3-yl]sulfanyl}acetamide / Amg-1


分子量: 424.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16N4O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10% polyethylene glycol 20000, 2% Dioxane, 100 mM Bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→74.56 Å / Num. obs: 25711 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.79→74.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 14.574 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.37 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25642 1255 4.9 %RANDOM
Rwork0.18499 ---
obs0.18849 24404 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.03 Å20 Å2-0 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→74.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5912 0 144 8 6064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72528438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3735742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67324.148270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.526151068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9821532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2795.5962980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7158.3773718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8355.9543235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.10246.4489635
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.789→2.861 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 80 -
Rwork0.325 1579 -
obs--87.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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