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- PDB-4pjh: Structure of human MR1-Ac-6-FP in complex with human MAIT B-G8 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pjh
タイトルStructure of human MR1-Ac-6-FP in complex with human MAIT B-G8 TCR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • TCR-alpha
  • TCR-beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / MR1 / TCR / Immune complex / Ac-6-FP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30W / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2014
タイトル: A molecular basis underpinning the T cell receptor heterogeneity of mucosal-associated invariant T cells.
著者: Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / McWilliam, H.E. / Reantragoon, R. / Chen, Z. / Gherardin, N.A. / Beddoe, T. / Liu, L. / Patel, O. / Meehan, B. / Fairlie, D.P. ...著者: Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / McWilliam, H.E. / Reantragoon, R. / Chen, Z. / Gherardin, N.A. / Beddoe, T. / Liu, L. / Patel, O. / Meehan, B. / Fairlie, D.P. / Villadangos, J.A. / Godfrey, D.I. / Kjer-Nielsen, L. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2014年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
E: TCR-alpha
F: TCR-beta
G: TCR-alpha
H: TCR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,72618
ポリマ－187,8008
非ポリマー92710
水27,7611541
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
E: TCR-alpha
F: TCR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,38610
ポリマ－93,9004
非ポリマー4866
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
G: TCR-alpha
H: TCR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3408
ポリマ－93,9004
非ポリマー4404
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)217.736, 71.481, 143.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-292 / 変異: C262S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TCR-alpha


分子量: 22893.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 TCR-beta


分子量: 27415.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 1551分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-30W / N-(6-formyl-4-oxo-3,4-dihydropteridin-2-yl)acetamide / Acetyl 6-formylpterin / 2-(アセチルアミノ)-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-カルボアルデヒド


分子量: 233.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N5O3
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Bis-tris propane, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 144612 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29.39 Å2 / Net I/σ(I): 10

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9466 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9352 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1976 7250 5.02 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.17 144558 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4648 Å20 Å2-0.78 Å2
2---9.5847 Å20 Å2
3---7.1199 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.234 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12525 0 1601 1541 15667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112935HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg117604HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5757SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes319HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1916HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12935HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1646SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15438SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 525 4.94 %
Rwork0.1895 10104 -
all0.1916 10629 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62760.3033-0.07240.85070.02031.1323-0.0395-0.04840.0651-0.0338-0.0034-0.01470.06360.16460.0429-0.12940.0103-0.0114-0.04030.035-0.1298-45.162628.576919.8748
22.10170.3568-0.6830.40870.230.9076-0.0815-0.0789-0.11120.0445-0.0481-0.05260.16170.24020.1297-0.00250.0355-0.01080.09690.0316-0.0153-41.983424.394623.7052
35.6237-1.1732-2.42750.73110.56251.4740.0913-0.01730.2025-0.0404-0.0271-0.24510.05440.2868-0.0641-0.16310.05250.00490.05580.0371-0.0844-30.099927.01237.2722
46.8844-1.51043.21312.9147-1.00066.1391-0.2305-0.29491.09960.0710.0983-0.25980.08640.46140.1322-0.18610.0613-0.0023-0.0257-0.04380.1532-20.431728.30341.0083
52.55922.52780.50652.71440.84780.1258-0.0146-0.00690.0780.0446-0.044-0.0497-0.02520.14310.0586-0.37250.031-0.12490.0694-0.11420.3581-9.61331.04692.7659
61.74670.1402-0.90971.3635-0.27381.4936-0.02450.12730.0571-0.0648-0.0646-0.01820.1554-0.07180.08910.0081-0.0302-0.0002-0.04160.011-0.0644-59.178227.53170.9684
72.02210.8184-2.31590.8945-0.75373.56710.0884-0.07490.1584-0.03820.02310.12680.11320.0342-0.1115-0.0252-0.00060.0315-0.0890.0056-0.0554-49.947227.0342-2.0729
84.0786-1.17863.07971.4338-1.31483.94040.49810.3132-0.3969-0.1597-0.1509-0.11990.68440.6419-0.34720.02280.1569-0.0005-0.0901-0.0277-0.096-27.041420.249-6.9103
92.8988-1.4564-1.51775.10553.23086.50410.01280.2862-0.298-0.22970.21120.05270.320.1153-0.22410.00670.0527-0.0063-0.2276-0.0402-0.1577-38.430521.792-19.1049
101.5718-0.45020.40631.37220.00250.654-0.0484-0.0558-0.02840.00650.01970.023-0.0284-0.00830.0287-0.07460.04290.0190.0006-0.0211-0.100113.03821.136156.2481
113.4806-1.27281.49572.4901-1.96751.9418-0.02510.36020.2475-0.2083-0.1407-0.06790.08110.16730.1657-0.03020.06430.03570.0439-0.0285-0.079515.653422.750547.961
123.3953-1.23880.5180.72010.06930.391-0.0716-0.14210.0821-0.02750.0633-0.0696-0.0417-0.08440.0083-0.01080.0490.00990.1109-0.0263-0.014514.518821.720159.0857
132.3696-0.6521-0.80340.95620.1755.7850.00070.3941-0.18860.097-0.1136-0.02240.3108-0.26760.113-0.065-0.02050.0214-0.066-0.0885-0.107736.495110.154175.8612
143.384-1.0496-1.07934.0617-0.20531.86490.00490.2715-0.58580.2911-0.01140.03850.50860.09220.00650.1462-0.04880.0491-0.0401-0.12280.072839.2254-0.130178.5757
151.7698-0.25720.67081.849-1.22272.0752-0.1167-0.38060.09860.10220.0212-0.0159-0.2938-0.3020.0955-0.09020.1117-0.00680.1759-0.0692-0.14882.219230.705675.1749
16-0.2342-0.11331.53861.5761-1.96814.43790.0567-0.06470.0326-0.1152-0.01080.1853-0.0365-0.3453-0.0459-0.10040.08490.01440.0918-0.0299-0.11049.665425.767477.0541
172.5471-0.4125-1.14950.81210.5132.48060.11910.3548-0.0413-0.0544-0.0306-0.0836-0.1065-0.1984-0.0884-0.06110.02490.0099-0.0284-0.0393-0.096434.9417.953183.3678
183.22630.0768-0.98372.27890.27512.68110.04740.5745-0.0341-0.0508-0.04480.1643-0.0562-0.4685-0.0026-0.0640.0326-0.01370.0012-0.0676-0.139330.596417.643580.8889
194.66781.0894-2.2340.05450.06661.56080.16650.31440.0103-0.0207-0.0361-0.0481-0.1609-0.2362-0.13040.01530.03280.00160.0197-0.00710.002728.013724.463592.3682
200.78630.0592-0.2131.52920.08731.17930.00730.0910.0326-0.0498-0.03160.1279-0.0761-0.03110.0243-0.0165-0.01160.0122-0.0349-0.0321-0.0196-78.125727.298322.1773
210.93890.1828-0.10942.2939-0.03380.86840.0462-0.0391-0.0750.2052-0.0719-0.05940.08710.1190.0257-0.0048-0.01190.0142-0.0517-0.0223-0.0753-70.075320.52532.2699
222.69031.0651-1.74061.6595-0.89822.2115-0.0415-0.2179-0.0777-0.00560.04510.17910.0106-0.0757-0.0036-0.05390.02130.0489-0.06410.0129-0.0306-94.558337.827751.0538
232.6472-0.62750.02062.4857-0.38772.8998-0.0586-0.3039-0.22390.15990.08610.23990.1394-0.0327-0.02740.00940.02790.0705-0.05270.01620.0208-93.245131.701252.1518
240.9740.09780.49262.33550.56790.19040.0391-0.3753-0.12390.208-0.05670.18850.104-0.08550.0176-0.00520.01390.06150.07780.0384-0.016-92.968937.535156.5163
251.9908-0.6183-0.54562.30180.89221.64320.00250.29960.0321-0.2732-0.13920.4023-0.1898-0.34690.1367-0.07190.0151-0.0271-0.069-0.0235-0.0053-100.916129.171632.5611
261.66740.01810.04541.2196-0.22141.2396-0.0689-0.37350.16720.0670.13130.05610.0509-0.1161-0.0623-0.11210.0719-0.01420.0918-0.0415-0.0763-12.757141.759354.0599
271.64930.3913-0.25522.2490.38430.82020.0018-0.07980.2091-0.15950.0263-0.2113-0.01690.076-0.0281-0.06410.0189-0.00740.0034-0.0264-0.0305-0.567444.803343.4943
283.9339-0.85021.94320.5822-0.55071.42010.0408-0.07180.0557-0.05650.04090.08960.144-0.1636-0.0817-0.03680.0012-0.04080.02390.0293-0.061-24.140633.08136.3183
292.8015-0.42661.06251.20220.44933.0035-0.13180.18920.524-0.1731-0.0461-0.0958-0.48430.19790.1779-0.0981-0.0514-0.0742-0.01190.1118-0.0258-30.677144.100623.7103
305.63530.53831.05621.71860.33742.1855-0.1904-0.5010.9296-0.0739-0.02130.4537-0.2669-0.47770.2117-0.21950.0924-0.0694-0.021-0.07610.0496-31.82254.044143.8461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{E|2 - 52}
2X-RAY DIFFRACTION2{E|53 - 91}
3X-RAY DIFFRACTION3{E|92 - 135}
4X-RAY DIFFRACTION4{E|136 - 187}
5X-RAY DIFFRACTION5{E|188 - 199}
6X-RAY DIFFRACTION6{F|3 - 93}
7X-RAY DIFFRACTION7{F|94 - 121}
8X-RAY DIFFRACTION8{F|122 - 212}
9X-RAY DIFFRACTION9{F|213 - 241}
10X-RAY DIFFRACTION10{G|2 - 52}
11X-RAY DIFFRACTION11{G|53 - 75}
12X-RAY DIFFRACTION12{G|76 - 108}
13X-RAY DIFFRACTION13{G|109 - 175}
14X-RAY DIFFRACTION14{G|176 - 199}
15X-RAY DIFFRACTION15{H|3 - 86}
16X-RAY DIFFRACTION16{H|87 - 121}
17X-RAY DIFFRACTION17{H|122 - 159}
18X-RAY DIFFRACTION18{H|160 - 199}
19X-RAY DIFFRACTION19{H|200 - 241}
20X-RAY DIFFRACTION20{A|1 - 84}
21X-RAY DIFFRACTION21{A|85 - 171}
22X-RAY DIFFRACTION22{A|172 - 216}
23X-RAY DIFFRACTION23{A|217 - 237}
24X-RAY DIFFRACTION24{A|238 - 269}
25X-RAY DIFFRACTION25{B|0 - 98}
26X-RAY DIFFRACTION26{C|1 - 84}
27X-RAY DIFFRACTION27{C|85 - 158}
28X-RAY DIFFRACTION28{C|159 - 196}
29X-RAY DIFFRACTION29{C|197 - 269}
30X-RAY DIFFRACTION30{D|0 - 97}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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