PDB-4piu: CRYSTAL STRUCTURE OF BANANA LECTIN H84T MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4piu

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF BANANA LECTIN H84T MUTANT

要素

Ripening-associated protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / JACALIN-LIKE LECTIN DOMAIN / LECTIN

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Musa acuminata (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Engineering a Therapeutic Lectin by Uncoupling Mitogenicity from Antiviral Activity.
著者: Swanson, M.D. / Boudreaux, D.M. / Salmon, L. / Chugh, J. / Winter, H.C. / Meagher, J.L. / Andre, S. / Murphy, P.V. / Oscarson, S. / Roy, R. / King, S. / Kaplan, M.H. / Goldstein, I.J. / ...

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4piu.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4piu.ent.gz	98.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4piu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4piu_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4piu_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	4piu_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4piu_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4piu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4piu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pifC 4pikC 4pitC 2bmyS 2bmz 2bn0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kmv-7 7kmv-6 5gvy-d 7kmv-1 7kmv-4 4r5y-1 7kmv-3 6v2u-1 4pqx-1 4pqx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ripening-associated protein

B: Ripening-associated protein

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.108, 63.221, 95.709
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Ripening-associated protein / lectin 分子量: 14724.607 Da / 分子数: 2 / 変異: H84T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musa acuminata (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22321
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG8000, 0.05 M POTASSIUM PHOSPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38133 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.472 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHASER		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BMY

2bmy

解像度: 1.6→25.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.568 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	1905	5 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.153	38064	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2045	0	73	283	2401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.978	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.847	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.726	23.418	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.057	15	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.805	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.895	1.5	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.528	2	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.335	3	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.577	4.5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.65 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	153	-
R_work	0.172	2537	-
obs	-	-	96.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4123	1.7589	1.2255	10.6536	1.3444	0.7431	0.0335	-0.2489	0.1351	0.3246	-0.0981	0.1096	0.0021	-0.1308	0.0645	0.0858	0.0125	0.0148	0.0942	-0.0054	0.0737	-12.915	26.272	-8.508
2	0.6221	0.3494	0.2265	1.6482	0.5	0.9788	-0.0085	-0.1066	0.0395	0.1114	-0.0194	0.128	-0.0552	-0.0768	0.0279	0.0631	0.0097	0.017	0.1119	0.0076	0.0923	-12.764	18.588	-3.802
3	0.5215	0.9494	0.7712	1.4676	1.2405	0.9933	0.0078	-0.0227	-0.0284	0.1353	0.0349	0.0204	0.0715	-0.0135	-0.0427	0.0887	0.012	-0.0038	0.0877	-0.0065	0.0767	-5.833	12.61	-0.717
4	15.6584	7.3732	11.9096	5.8731	6.5489	8.7157	0.236	-0.5909	0.2542	0.4246	-0.3808	0.2303	0.154	-0.5025	0.1448	0.1495	-0.0164	0.0398	0.1076	-0.0067	0.0376	-8.764	13.421	4.322
5	1.6025	2.2915	0.4497	5.7564	2.0097	-0.5933	-0.0968	-0.321	-0.3768	0.1997	0.2462	-0.4617	0.0501	0.0242	-0.1494	0.0924	0.0159	-0.0262	0.1576	0.0321	0.0797	-5.509	4.158	-4.132
6	1.7289	8.1926	-3.2611	18.7882	-6.9913	10.9655	0.262	-0.4011	-0.392	1.066	-1.0749	-1.7532	-0.7884	0.7842	0.8128	0.0528	-0.048	-0.1221	0.1778	0.0229	0.2629	6.403	18.21	-4.165
7	2.2073	1.0599	0.5413	1.3767	0.4899	0.7217	-0.056	0.031	-0.0895	-0.0766	0.0811	-0.0396	-0.0541	-0.034	-0.0251	0.0502	-0.0043	-0.0012	0.0818	0.0025	0.0835	-9.683	10.868	-14.15
8	1.1794	0.3165	0.8697	2.0878	-0.065	0.6843	0.0064	-0.0111	-0.0342	-0.0685	0.0596	-0.1392	-0.054	-0.0047	-0.066	0.0508	-0.0044	0.02	0.0974	-0.021	0.0762	-4.161	10.29	-16.187
9	1.7266	1.1612	-0.4483	2.3316	-0.6916	1.0809	-0.0469	-0.0688	-0.0331	0.0331	0.0002	0.0352	-0.0056	-0.0189	0.0468	0.0692	0.0147	0.0033	0.0909	0.0016	0.0765	-9.095	19.334	-8.553
10	2.5022	4.0759	-0.295	8.9898	0.13	0.6265	0.0599	-0.1331	-0.1483	0.176	-0.03	-0.3023	-0.0616	0.0003	-0.0299	0.0697	0.008	-0.0102	0.0904	0.005	0.076	-9.419	20.008	-7.38
11	0.7342	0.4313	1.3889	5.3733	5.4442	8.9261	0.0506	-0.0153	0.1047	0.0392	0.1386	-0.2367	-0.1167	0.2681	-0.1892	0.0594	-0.0105	-0.005	0.0868	-0.0057	0.0695	-2.979	30.317	-16.835
12	2.0553	-0.0187	-0.8702	3.939	2.3282	3.1156	0.0232	-0.0839	0.0611	0.1167	0.0221	0.03	-0.0895	0.1915	-0.0453	0.061	0.0046	-0.0095	0.0791	0.0078	0.0949	-1.002	34.454	-25.89
13	1.0582	0.3072	-0.0703	2.4308	0.4065	1.3962	0.0936	0.0047	0.1634	0.1105	-0.1084	-0.0141	-0.0441	-0.1039	0.0148	0.0351	-0.0016	0.0002	0.0894	-0.0078	0.0879	-12.693	36.302	-30.955
14	3.5229	1.977	0.5618	16.2489	18.2286	18.5009	0.8906	-0.8576	0.8202	0.0402	-0.3966	-0.6551	-0.1377	-0.0111	-0.4941	0.2158	-0.1904	0.1709	0.1973	-0.1613	0.2862	-9.287	48.573	-23.196
15	0.9364	0.4645	-0.5597	2.3434	0.4009	-0.2053	0.0957	0.1368	0.2366	-0.0079	-0.0377	0.0133	-0.0568	-0.0889	-0.0579	0.0759	0.0202	0.01	0.1309	0.0174	0.1058	-10.983	37.412	-34.854
16	1.4768	-0.5083	-0.1055	1.1955	-0.3986	1.2355	-0.0629	-0.0848	0.0688	0.1276	0.0424	0.0293	-0.1089	-0.1423	0.0204	0.088	0.0106	0.0019	0.1242	-0.0105	0.0936	-17.835	33.184	-22.65
17	2.2058	-0.921	-1.4203	1.8597	1.1835	3.6139	-0.0587	0.1426	-0.0814	0.0263	-0.0661	0.0641	0.1365	-0.1548	0.1247	0.0559	-0.0047	-0.0016	0.0808	0.001	0.0778	-12.989	26.354	-29.736
18	1.4584	-0.813	-0.5857	1.261	0.1274	2.142	0.0071	0.0505	-0.0236	0.009	-0.021	0.0269	0.0809	-0.2257	0.0139	0.0457	-0.0164	0.0001	0.0852	-0.0068	0.0888	-16.633	24.603	-26.667
19	1.5598	0.0484	-1.5032	0.4613	-0.0811	2.2918	0.0128	0.0381	0.0394	-0.0047	0.0208	-0.0149	-0.0506	-0.0705	-0.0336	0.0764	0.0009	-0.0021	0.095	0.0035	0.0833	-7.391	32.548	-22.981
20	0.8392	-0.071	-0.7516	1.1993	1.6157	7.8204	0.0094	0.0359	0.0286	0.0792	-0.0848	0.0128	-0.0315	-0.2903	0.0755	0.0614	0.0022	0.001	0.0917	0.0004	0.0837	-7.698	31.763	-22.183

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	56 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	66 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	73 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	98 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	114 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	131 - 143
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 11
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	12 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	24 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	42 - 51
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	52 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	65 - 81
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	82 - 98
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	99 - 116
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	117 - 130
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	131 - 142

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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