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- PDB-4phs: Selenomethionine substituted structure of domain of unknown funct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phs
タイトルSelenomethionine substituted structure of domain of unknown function 1792 (DUF1792)
要素Putative glycosyltransferase (GalT1)
キーワードTRANSFERASE / streptococcal adhesin / glycosyltransferase / and DUF1792
機能・相同性Glycosyltransferase GT-D fold / Glycosyltransferase GT-D fold / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / nucleotide binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative glycosyltransferase (GalT1)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Zhang, H. / Wu, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE017954-07 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The highly conserved domain of unknown function 1792 has a distinct glycosyltransferase fold.
著者: Zhang, H. / Zhu, F. / Yang, T. / Ding, L. / Zhou, M. / Li, J. / Haslam, S.M. / Dell, A. / Erlandsen, H. / Wu, H.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22015年10月14日Group: Data collection
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative glycosyltransferase (GalT1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7372
ポリマ－32,3331
非ポリマー4041
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.069, 44.596, 78.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative glycosyltransferase (GalT1)


分子量: 32333.148 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
株: FW213 / 遺伝子: galT1, Spaf_1933
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: I1ZPA1
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris, PEG 1500, NaAcetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97142, 0.97907, 0.97877
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971421
20.979071
30.978771
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 34221 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 33.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.54→29.13 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.27 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1988 5.81 %
Rwork0.202 --
obs0.205 34221 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 0 25 234 2523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2713156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.017875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5403-1.57880.34051410.26942232X-RAY DIFFRACTION98
1.5788-1.62150.33721310.25282285X-RAY DIFFRACTION99
1.6215-1.66920.29921480.24082286X-RAY DIFFRACTION99
1.6692-1.72310.27131450.23082280X-RAY DIFFRACTION100
1.7231-1.78470.29091320.2352299X-RAY DIFFRACTION100
1.7847-1.85610.31831380.23242292X-RAY DIFFRACTION100
1.8561-1.94060.27621530.22792284X-RAY DIFFRACTION100
1.9406-2.04290.28111440.21852297X-RAY DIFFRACTION100
2.0429-2.17080.30741340.21432309X-RAY DIFFRACTION100
2.1708-2.33840.26221360.21192328X-RAY DIFFRACTION100
2.3384-2.57360.25541470.20632307X-RAY DIFFRACTION100
2.5736-2.94570.23331530.19922312X-RAY DIFFRACTION100
2.9457-3.710.19951360.17962347X-RAY DIFFRACTION100
3.71-29.13740.18931500.16092375X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.8741 Å / Origin y: 2.5594 Å / Origin z: 18.615 Å
111213212223313233
T0.0347 Å20.0032 Å2-0.0046 Å2-0.0479 Å20.0099 Å2--0.0356 Å2
L0.3023 °20.2308 °2-0.2529 °2-0.2651 °2-0.1659 °2--0.2535 °2
S-0.0091 Å °0.0621 Å °-0.0263 Å °-0.0053 Å °0.0322 Å °-0.0122 Å °-0.0178 Å °-0.0839 Å °0.0334 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A AND RESID -4:272)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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