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- PDB-4phl: TbrPDEB1-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phl
タイトルTbrPDEB1-inhibitor complex
要素Class 1 phosphodiesterase PDEB1
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / phosphodiesterase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / axoneme / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cell morphogenesis / signal transduction / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / GUANIDINE / Chem-PIL / Phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Choy, M.S. / Bland, N. / Peti, W. / Page, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TbrPDEB1-inhibitor complex
著者: Bland, N. / Choy, M.S. / Pollastri, M. / Campbell, R. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class 1 phosphodiesterase PDEB1
B: Class 1 phosphodiesterase PDEB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,32711
ポリマ－78,1872
非ポリマー1,1399
水8,233457
1
A: Class 1 phosphodiesterase PDEB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7166
ポリマ－39,0941
非ポリマー6225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Class 1 phosphodiesterase PDEB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6115
ポリマ－39,0941
非ポリマー5174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.195, 119.265, 68.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1127-

HOH

21B-1107-

HOH

31B-1141-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Class 1 phosphodiesterase PDEB1


分子量: 39093.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PDEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WQX9

-
非ポリマー , 7種, 466分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PIL / 3-(CYCLOPENTYLOXY)-N-(3,5-DICHLOROPYRIDIN-4-YL)-4-METHOXYBENZAMIDE / PICLAMILAST / RP-73401


分子量: 381.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18Cl2N2O3 / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES, 0.2 M guanidine, 0.4 M sodium formate and 16% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 59427 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 71.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4I15

4i15


解像度: 1.95→30.962 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1924 3003 5.06 %Random
Rwork0.1597 ---
obs0.1614 59394 96.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5188 0 67 457 5712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1377324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7831974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.98110.25211170.20651943X-RAY DIFFRACTION71
1.9811-2.01530.25251140.1872189X-RAY DIFFRACTION80
2.0153-2.05190.19941260.1742454X-RAY DIFFRACTION88
2.0519-2.09140.2181330.16942676X-RAY DIFFRACTION97
2.0914-2.13410.20651450.16092763X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.18040.21341620.16252757X-RAY DIFFRACTION100
2.1804-2.23120.23111490.16362754X-RAY DIFFRACTION100
2.2312-2.28690.18141510.16222735X-RAY DIFFRACTION100
2.2869-2.34870.22451550.16372788X-RAY DIFFRACTION100
2.3487-2.41780.20771350.16752768X-RAY DIFFRACTION100
2.4178-2.49580.17691300.16882792X-RAY DIFFRACTION100
2.4958-2.5850.19731690.17052743X-RAY DIFFRACTION100
2.585-2.68840.20551340.17062768X-RAY DIFFRACTION100
2.6884-2.81070.22691380.16832790X-RAY DIFFRACTION100
2.8107-2.95880.21591540.19022758X-RAY DIFFRACTION100
2.9588-3.1440.19651480.18212769X-RAY DIFFRACTION100
3.144-3.38650.24621460.17552784X-RAY DIFFRACTION100
3.3865-3.72680.17711540.14832758X-RAY DIFFRACTION100
3.7268-4.26490.17021270.14472818X-RAY DIFFRACTION100
4.2649-5.36870.15651660.1332755X-RAY DIFFRACTION100
5.3687-30.96620.1541500.14272829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7052-0.2607-0.41041.0220.79081.7731-0.05420.0258-0.0195-0.02270.06480.06550.08410.0633-0.00040.1638-0.0114-0.01130.20220.02560.153125.929437.211731.6512
20.6718-0.2731-0.08361.4691-0.00381.0494-0.0250.0008-0.0250.1105-0.00580.1207-0.0492-0.1197-0.00220.14740.00370.00720.14880.02360.17698.000361.401463.5174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 587 through 916 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 587 through 918 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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