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- PDB-4pge: MHC Class I in complex with modified Sendai virus nucleoprotein p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pge
タイトルMHC Class I in complex with modified Sendai virus nucleoprotein peptide FAPGNYPAW
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • Sendai virus nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / IMMUNE RESPONSE / IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / defense response to bacterium / ribonucleoprotein complex / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Sendai virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Celie, P. / Joosten, R.P. / Perrakis, A. / Neefjes, J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: The first step of peptide selection in antigen presentation by MHC class I molecules.
著者: Garstka, M.A. / Fish, A. / Celie, P.H. / Joosten, R.P. / Janssen, G.M. / Berlin, I. / Hoppes, R. / Stadnik, M. / Janssen, L. / Ovaa, H. / van Veelen, P.A. / Perrakis, A. / Neefjes, J.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32015年2月11日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Sendai virus nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,60411
ポリマ－47,8153
非ポリマー7898
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.933, 136.665, 45.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is the same as asymmetric unit

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 34956.996 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain, UNP residues 22-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Sendai virus nucleoprotein


分子量: 1022.112 Da / 分子数: 1 / 断片: peptide 324-332 / Mutation: L332W / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase Peptide Synthesis / 由来: (合成) Sendai virus (ウイルス) / 参照: UniProt: O57286*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 112分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium/potassium phosphate buffer 1.9M, MPD 1%, glycerol (cryoprotection)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→73.948 Å / Num. all: 37692 / Num. obs: 37692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.17 Å2 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.106 / Net I/av σ(I): 6.584 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 144680
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.113.90.6231.22091954080.3610.6232.3100
2.11-2.243.90.4351.71986751290.2520.4353.1100
2.24-2.393.90.3262.31878148620.1880.3264.1100
2.39-2.583.90.2433.11751045160.140.2435.2100
2.58-2.833.90.164.71619541940.0920.167.3100
2.83-3.163.90.1047.11453237660.060.10410.799.9
3.16-3.653.80.06610.41289833700.0380.06616.699.9
3.65-4.473.70.04613.91068528740.0270.04622.499.8
4.47-6.323.80.03517.5859722680.0210.03523.299.8
6.32-42.943.60.02818.3469613050.0170.02821.198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
XDSデータスケーリング
REFMACrefmac_5.7.0032精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vab

2vab


解像度: 2→42.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Matrix type: sparse / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.183 / SU B: 7.807 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 1885 5 %RANDOM
Rwork0.2009 35766 --
obs0.2026 37651 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.42 Å2 / Biso mean: 28.105 Å2 / Biso min: 14.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→42.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3126 0 52 104 3282
Biso mean--43.18 27.95 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0531.9534489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6813.0026994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8815389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.57823.353170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3415537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6221527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5222.0641535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5222.0641534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4433.0851916
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.2831290.267261327421000.259
2.052-2.1080.291170.253254226591000.24
2.108-2.1690.2811540.248245026041000.234
2.169-2.2360.2431290.227238925181000.211
2.236-2.3090.2921230.22233624591000.202
2.309-2.390.2851200.232228524051000.21
2.39-2.480.231100.2162176228799.9560.195
2.48-2.5810.2621150.222096221299.9550.195
2.581-2.6960.2151090.207201321221000.182
2.696-2.8270.2461080.21196620741000.189
2.827-2.980.2581020.211807191099.9480.187
2.98-3.1610.198930.1941753185099.7840.175
3.161-3.3780.204950.1981654175299.8290.181
3.378-3.6480.2241010.1891514161699.9380.174
3.648-3.9960.232660.1751444151399.8020.168
3.996-4.4660.196600.1521303137099.4890.15
4.466-5.1530.193340.1531195123199.8380.151
5.153-6.3040.246450.19998105199.2390.184
6.304-8.8830.201570.19576883598.8020.189
8.883-73.9480.227180.22646450894.8820.241
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51750.1131-0.14580.2925-0.06370.0813-0.02440.0303-0.069-0.0173-0.00910.029-0.01850.00670.03350.0501-0.0034-0.00490.0238-0.01330.045942.152918.5756-0.4018
21.2975-0.4759-0.88820.3878-0.02041.2258-0.08280.02210.05010.03480.0507-0.03060.0509-0.07650.03220.01620.0046-0.00890.050.00310.061929.461729.44337.0325
30.44140.5347-0.95720.9621-1.57532.6261-0.08660.009-0.0611-0.017-0.1733-0.17030.07420.22470.25990.0694-0.0434-0.01120.1110.05630.038458.243925.4264-5.4092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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