PDB-4pef: Dbr1 in complex with sulfate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pef

タイトル

Dbr1 in complex with sulfate

要素

RNA lariat debranching enzyme, putative

キーワード

HYDROLASE / NUCLEASE / PHOSPHODIESTERASE / METALLOHYDROLASE / METALLOPHOSPHOESTERASE / LARIAT RNA / METALLOENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA lariat debranching enzyme activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA splicing, via spliceosome / manganese ion binding / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Montemayor, E.J. / Katolik, A. / Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Schuermann, J.P. / Combs, D.J. / Johnsson, R. / Holloway, S.P. / Stevens, S.W. / Damha, M.J. / Hart, P.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of lariat RNA recognition by the intron debranching enzyme Dbr1.
著者: Montemayor, E.J. / Katolik, A. / Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Schuermann, J.P. / Combs, D.J. / Johnsson, R. / Holloway, S.P. / Stevens, S.W. / Damha, M.J. / Hart, P.J.

履歴

登録	2014年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pef.cif.gz	385.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pef.ent.gz	314.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pef_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pef_full_validation.pdf.gz	512.1 KB	表示
XML形式データ	4pef_validation.xml.gz	72.9 KB	表示
CIF形式データ	4pef_validation.cif.gz	104.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4pef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4pef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pegC 4pehC 4peiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4peh-5 5k78-5 3q8g-d 5k73-2 4peg-1 5uki-d 5k78-2 5k73-3 5k78-4 5k71-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RNA lariat debranching enzyme, putative

B: RNA lariat debranching enzyme, putative

C: RNA lariat debranching enzyme, putative

D: RNA lariat debranching enzyme, putative

E: RNA lariat debranching enzyme, putative

ヘテロ分子

211 kDa, 5 ポリマー
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1

A: RNA lariat debranching enzyme, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA lariat debranching enzyme, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: RNA lariat debranching enzyme, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: RNA lariat debranching enzyme, putative

ヘテロ分子

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42.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: RNA lariat debranching enzyme, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.217, 141.694, 213.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA lariat debranching enzyme, putative 分子量: 41914.004 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_062730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C4M1P9
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M bis-tris, 25% PEG 3350, 8.5% glycerol, 1.0 mM adenosine-2',5'-diphosphate, 2.0 mM manganese sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2863 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→47.98 Å / Num. obs: 154682 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.5 Å² / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MAD-derived model

解像度: 1.96→43.183 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2319	7762	5.02 %	random
R_work	0.1911	-	-	-
obs	0.1932	154587	96.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→43.183 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14285	0	73	1104	15462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14829
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.135	20062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.474	5498
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	2101
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.9823	0.3747	210	0.3117	3799	X-RAY DIFFRACTION	76
1.9823-2.0056	0.3473	268	0.2785	4738	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0056-2.0301	0.3324	288	0.2582	4824	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0301-2.0558	0.3048	250	0.2487	4795	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0558-2.0828	0.2973	262	0.2395	4812	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0828-2.1113	0.2736	251	0.2376	4826	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1113-2.1415	0.315	254	0.2339	4828	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1415-2.1735	0.2833	239	0.2303	4879	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1735-2.2074	0.2758	225	0.2189	4874	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2074-2.2436	0.2641	284	0.2151	4828	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2436-2.2823	0.2728	246	0.2122	4908	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2823-2.3238	0.2793	259	0.2128	4838	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3238-2.3685	0.2582	269	0.2116	4895	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3685-2.4168	0.2564	246	0.2087	4898	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4168-2.4694	0.2892	274	0.2185	4858	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4694-2.5268	0.2647	245	0.2166	4959	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5268-2.59	0.2325	266	0.1985	4899	X-RAY DIFFRACTION	98
2.59-2.66	0.2336	255	0.2003	4937	X-RAY DIFFRACTION	98
2.66-2.7383	0.2659	241	0.2123	4937	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7383-2.8267	0.2581	285	0.2071	4949	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8267-2.9277	0.2447	285	0.1976	4945	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9277-3.0449	0.2485	250	0.1937	4996	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0449-3.1834	0.2202	257	0.1984	4982	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1834-3.3512	0.2159	246	0.1875	4974	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3512-3.561	0.2175	260	0.1836	4998	X-RAY DIFFRACTION	98
3.561-3.8358	0.2076	262	0.1812	5024	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8358-4.2215	0.2044	280	0.1631	5035	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2215-4.8317	0.1628	272	0.1383	5071	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8317-6.0847	0.1938	251	0.1534	5171	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0847-43.1935	0.1775	282	0.1617	5348	X-RAY DIFFRACTION	99

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