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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pef | ||||||
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タイトル | Dbr1 in complex with sulfate | ||||||
![]() | RNA lariat debranching enzyme, putative | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUCLEASE / PHOSPHODIESTERASE / METALLOHYDROLASE / METALLOPHOSPHOESTERASE / LARIAT RNA / METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA lariat debranching enzyme activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA splicing, via spliceosome / manganese ion binding / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Montemayor, E.J. / Katolik, A. / Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Schuermann, J.P. / Combs, D.J. / Johnsson, R. / Holloway, S.P. / Stevens, S.W. / Damha, M.J. / Hart, P.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of lariat RNA recognition by the intron debranching enzyme Dbr1. 著者: Montemayor, E.J. / Katolik, A. / Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Schuermann, J.P. / Combs, D.J. / Johnsson, R. / Holloway, S.P. / Stevens, S.W. / Damha, M.J. / Hart, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 385.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 314.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 512.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41914.004 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: EHI_062730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M bis-tris, 25% PEG 3350, 8.5% glycerol, 1.0 mM adenosine-2',5'-diphosphate, 2.0 mM manganese sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2863 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→47.98 Å / Num. obs: 154682 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MAD-derived model 解像度: 1.96→43.183 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→43.183 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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