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- PDB-4pd2: Crystal structure of a complex between a C248GH LlFpg mutant and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pd2
タイトルCrystal structure of a complex between a C248GH LlFpg mutant and a THF containing DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*(3DR)P*TP*TP*TP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
  • Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードHydrolase/DNA / DNA GLYCOSYLASE / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Coste, F. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Zinc finger oxidation of Fpg/Nei DNA glycosylases by 2-thioxanthine: biochemical and X-ray structural characterization.
著者: Biela, A. / Coste, F. / Culard, F. / Guerin, M. / Goffinont, S. / Gasteiger, K. / Ciesla, J. / Winczura, A. / Kazimierczuk, Z. / Gasparutto, D. / Carell, T. / Tudek, B. / Castaing, B.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*(3DR)P*TP*TP*TP*CP*TP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6844
ポリマ－39,6193
非ポリマー651
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.456, 91.456, 140.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-684-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Fapy-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase MutM / AP lyase MutM


分子量: 31208.271 Da / 分子数: 1 / 変異: C248GH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
遺伝子: mutM, fpg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42371, DNA-formamidopyrimidine glycosylase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*(3DR)P*TP*TP*TP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4054.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4355.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, SODIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.56 Å / Num. obs: 70733 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.705 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PM5

1pm5


解像度: 1.65→45.728 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1789 6837 5.07 %Random selection
Rwork0.1525 ---
obs0.1538 134864 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 557 1 368 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.683949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.181122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.66880.3532150.30274355X-RAY DIFFRACTION100
1.6688-1.68840.27042460.28214309X-RAY DIFFRACTION100
1.6884-1.7090.29982430.25234307X-RAY DIFFRACTION100
1.709-1.73060.27952210.24384292X-RAY DIFFRACTION100
1.7306-1.75340.26082100.23884340X-RAY DIFFRACTION99
1.7534-1.77740.2572460.2414275X-RAY DIFFRACTION99
1.7774-1.80280.23822420.23274322X-RAY DIFFRACTION99
1.8028-1.82970.22882430.21884317X-RAY DIFFRACTION99
1.8297-1.85830.21692270.20034303X-RAY DIFFRACTION99
1.8583-1.88880.19092300.18284268X-RAY DIFFRACTION99
1.8888-1.92140.22062310.17374285X-RAY DIFFRACTION99
1.9214-1.95630.18962360.15994314X-RAY DIFFRACTION99
1.9563-1.99390.18572080.15764318X-RAY DIFFRACTION99
1.9939-2.03460.17032500.1524297X-RAY DIFFRACTION99
2.0346-2.07890.1862380.16224256X-RAY DIFFRACTION99
2.0789-2.12720.17812470.15754284X-RAY DIFFRACTION99
2.1272-2.18040.19712240.1484268X-RAY DIFFRACTION99
2.1804-2.23940.16222270.14164281X-RAY DIFFRACTION99
2.2394-2.30530.19882240.14884250X-RAY DIFFRACTION99
2.3053-2.37970.17092080.15474303X-RAY DIFFRACTION99
2.3797-2.46470.19631990.15284284X-RAY DIFFRACTION98
2.4647-2.56340.20262270.15944252X-RAY DIFFRACTION98
2.5634-2.680.20272470.17014247X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.82130.22292260.17424221X-RAY DIFFRACTION98
2.8213-2.9980.18821920.16994263X-RAY DIFFRACTION98
2.998-3.22950.18462450.15084200X-RAY DIFFRACTION97
3.2295-3.55440.17332580.12974162X-RAY DIFFRACTION97
3.5544-4.06840.13742210.12224187X-RAY DIFFRACTION96
4.0684-5.12470.12382240.10414133X-RAY DIFFRACTION96
5.1247-45.74550.13981820.1384134X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2683-0.1606-0.02720.0994-0.04080.2265-0.12950.0763-0.2656-0.14820.0765-0.26650.04510.2008-0.00020.21580.01620.03020.2188-0.00070.3196-2.15541.3795-15.4925
20.1180.05190.00840.09990.00940.2821-0.0274-0.2307-0.13180.2152-0.02090.2452-0.0109-0.19070.00030.19970.0090.00830.30320.01430.2701-18.56388.7216-6.3029
30.2012-0.12030.16220.1673-0.19220.193-0.06510.1518-0.2324-0.21360.09580.17910.0869-0.17930.00350.1853-0.0402-0.01450.22410.00860.3194-16.14451.8708-15.6597
40.5261-0.3636-0.44340.38130.06770.635-0.03820.0358-0.231-0.05330.0043-0.18390.1185-0.0389-00.1704-0.0316-0.01720.2105-0.01060.1977-9.90566.514-14.3485
50.02370.021-0.03860.0178-0.03550.05720.0262-0.0399-0.11720.32160.00910.2798-0.00030.0426-0.00010.2740.0032-0.01610.24870.04010.2613-9.69915.79540.8444
60.8721-0.0292-0.39280.69320.06980.27450.02030.0747-0.1557-0.0111-0.0078-0.00670.0173-0.090100.1778-0.0073-0.0190.246-0.01440.2038-10.55619.9377-17.9621
7-0.00910.00780.01370.09080.14290.2164-0.11920.1595-0.0843-0.2980.02790.0491-0.0893-0.1937-00.2746-0.06-0.01480.3147-0.02370.23122.204418.8452-38.8139
80.59920.48620.29210.47840.02680.9297-0.0496-0.00510.0331-0.04040.0654-0.0461-0.13230.132100.1857-0.02840.00840.2438-0.02990.21118.368821.5146-29.2645
90.1078-0.0574-0.00530.0497-0.03290.0451-0.10620.0358-0.47950.0913-0.0151-0.11550.14640.163-0.00050.2157-0.00160.0210.30060.00520.34479.57726.6561-21.7156
100.00450.00510.00550.00290.00530.0057-0.2106-0.0542-0.18940.1854-0.0907-0.087-0.41270.1282-0.00050.55350.0341-0.03580.75740.03930.49635.58786.086-6.7878
110.18250.08050.13590.02780.05870.11420.0819-0.3332-0.27270.2438-0.0669-0.18450.06970.23270.00030.199-0.0242-0.02310.3620.01620.311418.524516.1052-16.1441
120.32170.23130.15430.23660.02350.14010.0025-0.01740.00950.02660.0079-0.0213-0.19430.19720.00120.1765-0.05410.00460.2916-0.02840.224217.201826.9417-20.7348
130.0058-0.00330.00740.92590.05410.00490.0325-0.30620.1543-0.1921-0.0267-0.4161-0.36890.0144-0.09170.2724-0.0467-0.03680.4062-0.13320.2783.01629.7597-4.9365
140.03170.0251-0.07310.0569-0.06470.08630.33140.3007-0.0892-0.4032-0.42721.481-0.27980.2393-00.34510.0214-0.02060.30870.01410.4849-9.995731.986-19.1125
150.01120.0313-0.01370.1448-0.00550.02530.0957-0.1324-0.2096-0.2215-0.03530.0077-0.33520.4154-0.00040.5848-0.0484-0.15180.38350.06660.354-4.343235.1787-22.7498
160.44420.0160.68861.209-0.81421.70810.2349-0.39390.04940.50040.1697-0.1308-0.73270.12520.64040.3467-0.0727-0.02620.3102-0.0970.2404-0.469226.087-2.203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:20)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 21:38)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 39:56)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 57:83)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 84:97)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 98:137)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 138:152)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 153:205)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 206:217)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 218:229)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 230:247)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 248:272)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 1:8)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 9:14)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 15:20)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 21:28)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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