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- PDB-4pby: Structure of the human RbAp48-MTA1(656-686) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pby
タイトルStructure of the human RbAp48-MTA1(656-686) complex
要素
  • Histone-binding protein RBBP4
  • Metastasis-associated protein MTA1
キーワードCELL CYCLE / RbAp48 / MTA1 / NuRD / sub-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events ...CAF-1 complex / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / positive regulation of protein autoubiquitination / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / response to ionizing radiation / ATPase complex / negative regulation of gene expression, epigenetic / entrainment of circadian clock by photoperiod / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / locomotor rhythm / Transcriptional Regulation by E2F6 / SUMOylation of transcription factors / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / G0 and Early G1 / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / negative regulation of cell migration / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / brain development / PKMTs methylate histone lysines / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / nuclear envelope / double-strand break repair / nucleosome assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / microtubule / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metastasis-associated protein MTA1, R1 domain / Mesoderm induction early response protein/metastasis-associated protein / MTA R1 domain / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / ELM2 domain ...Metastasis-associated protein MTA1, R1 domain / Mesoderm induction early response protein/metastasis-associated protein / MTA R1 domain / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Homeobox-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Histone-binding protein RBBP4 / Metastasis-associated protein MTA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Murthy, A. / Lejon, S. / Alqarni, S.S.M. / Silva, A.P.G. / Watson, A.A. / Mackay, J.P. / Laue, E.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Insight into the architecture of the NuRD complex: Structure of the RbAp48-MTA1 sub-complex.
著者: Alqarni, S.S. / Murthy, A. / Zhang, W. / Przewloka, M.R. / Silva, A.P. / Watson, A.A. / Lejon, S. / Pei, X.Y. / Smits, A.H. / Kloet, S.L. / Wang, H. / Shepherd, N.E. / Stokes, P.H. / Blobel, ...著者: Alqarni, S.S. / Murthy, A. / Zhang, W. / Przewloka, M.R. / Silva, A.P. / Watson, A.A. / Lejon, S. / Pei, X.Y. / Smits, A.H. / Kloet, S.L. / Wang, H. / Shepherd, N.E. / Stokes, P.H. / Blobel, G.A. / Vermeulen, M. / Glover, D.M. / Mackay, J.P. / Laue, E.D.
履歴
登録2014年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-binding protein RBBP4
B: Histone-binding protein RBBP4
C: Metastasis-associated protein MTA1
D: Metastasis-associated protein MTA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9625
ポリマ－102,9024
非ポリマー601
水4,522251
1
A: Histone-binding protein RBBP4
C: Metastasis-associated protein MTA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5113
ポリマ－51,4512
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
2
B: Histone-binding protein RBBP4
D: Metastasis-associated protein MTA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4512
ポリマ－51,4512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.560, 59.480, 104.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 47709.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48 / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#2: タンパク質・ペプチド Metastasis-associated protein MTA1 / MTA1


分子量: 3741.347 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 639-669 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13330
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEGMME 550, 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9809 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→52.31 Å / Num. obs: 35120 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RbAp48

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 9.318 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.481 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1746 5 %RANDOM
Rwork0.1785 33113 --
obs0.1809 34859 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.29 Å2 / Biso mean: 25.706 Å2 / Biso min: 3.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å21.11 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6487 0 4 251 6742
Biso mean--22.42 19.78 -
残基数----812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9329115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.378314158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8285815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47225.03332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.153151103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2881528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9212.483251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9212.483250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3083.7064057
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 124 -
Rwork0.253 2389 -
all-2513 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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