PDB-4pbp: crystal structure of zebrafish short-chain pentraxin protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pbp

タイトル

crystal structure of zebrafish short-chain pentraxin protein

要素

C-reactive protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / acute phase protein / pentraxin

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol binding / acute-phase response / defense response to virus / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.648 Å

データ登録者

Chen, R. / Qi, J.X. / George, F.G. / Xia, C.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures for short-chain pentraxin from zebrafish demonstrate a cyclic trimer with new recognition and effector faces.
著者: Chen, R. / Qi, J. / Yuan, H. / Wu, Y. / Hu, W. / Xia, C.

履歴

登録	2014年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_conn / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pbp.cif.gz	293.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pbp.ent.gz	237.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pbp_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pbp_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	4pbp_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	4pbp_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/4pbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/4pbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pboSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pbo-1 2h1i-4 5tzo-d 2h1i-d 5ap8-d 6tj2-d 3tc2-d 4m22-d 2esl-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-reactive protein

B: C-reactive protein

C: C-reactive protein

ヘテロ分子

72.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.623, 153.623, 62.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	C-reactive protein 分子量: 23967.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: crp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9D324
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.085M HEPES sodium, 8.5% v/v 2-Propanol, 17% w/v Polyethylene glycol 4000, 15% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.648→50 Å / Num. obs: 100591 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 18.836

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PBO

4pbo

解像度: 1.648→39.137 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.171	5025	5 %
R_work	0.153	-	-
obs	0.1539	100588	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.648→39.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5009	0	24	812	5845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.395	7061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.761	1863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	775
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.648-1.6664	0.2176	180	0.1795	2962	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6664-1.686	0.2098	189	0.1677	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.7065	0.2281	164	0.1644	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7065-1.7281	0.1991	168	0.1659	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7281-1.7509	0.1805	159	0.1603	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7509-1.7748	0.199	155	0.1612	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7748-1.8002	0.1932	163	0.1613	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8002-1.8271	0.1863	177	0.1582	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8271-1.8556	0.1869	179	0.1558	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8556-1.886	0.1907	140	0.1535	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.886-1.9186	0.1681	161	0.1518	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9186-1.9534	0.1772	171	0.1491	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9534-1.991	0.1917	151	0.1452	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.991-2.0317	0.1794	145	0.1505	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0317-2.0758	0.182	168	0.1509	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0758-2.1241	0.1762	177	0.1457	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1241-2.1772	0.1538	175	0.1449	3171	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1772-2.2361	0.1869	164	0.1466	3211	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2361-2.3019	0.1753	180	0.1576	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3019-2.3762	0.1805	169	0.1578	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3762-2.4611	0.1724	183	0.1586	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.5596	0.1745	143	0.1617	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5596-2.6761	0.2156	157	0.1625	3224	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6761-2.8171	0.18	152	0.1599	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8171-2.9936	0.1736	175	0.1552	3183	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9936-3.2246	0.15	170	0.1575	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2246-3.5489	0.1575	167	0.1493	3208	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5489-4.062	0.1536	190	0.1336	3185	X-RAY DIFFRACTION	99
4.062-5.1159	0.1269	174	0.1317	3196	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1159-39.1477	0.173	179	0.1782	3207	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.9299 Å / Origin y: -61.4688 Å / Origin z: 11.1661 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2035 Å²	-0.0094 Å²	-0.0002 Å²	-	0.2054 Å²	-0.0017 Å²	-	-	0.2029 Å²
L	0.291 °²	0.0602 °²	0.0608 °²	-	0.1642 °²	0.0291 °²	-	-	0.171 °²
S	-0.0035 Å °	-0.0033 Å °	0.0076 Å °	0.0129 Å °	-0.0124 Å °	0.0076 Å °	-0.0342 Å °	-0.0015 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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