[日本語] English
万見
- PDB-4pbo: Crystal structure of zebrafish short-chain pentraxin protein with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pbo
タイトルCrystal structure of zebrafish short-chain pentraxin protein without calcium ions
要素C-reactive protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / acute phase protein / pentraxin
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol binding / acute-phase response / defense response to virus / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-reactive protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Chen, R. / Qi, J.X. / George, F.G. / Xia, C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures for short-chain pentraxin from zebrafish demonstrate a cyclic trimer with new recognition and effector faces.
著者: Chen, R. / Qi, J. / Yuan, H. / Wu, Y. / Hu, W. / Xia, C.
履歴
登録2014年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-reactive protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5601
ポリマ－23,5601
非ポリマー00
水4,197233
1
A: C-reactive protein

A: C-reactive protein

A: C-reactive protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6813
ポリマ－70,6813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.745, 114.745, 61.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-376-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 C-reactive protein


分子量: 23560.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: crp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9D324
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.52 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085M HEPES, 1.7% v/v polyethylene glycol 400, 1.7M ammonium sulphate, 15% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.98048 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98048 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26 Å / Num. obs: 32265 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 7.111 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.5_2) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.701→26 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1554 5.04 %
Rwork0.1735 --
obs0.1742 30815 93.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.902 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.0515 Å20 Å20 Å2
2---11.0515 Å2-0 Å2
3---22.1029 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 0 233 1897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061706
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0332322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.693599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.701-1.75540.18941150.18272276X-RAY DIFFRACTION80
1.7554-1.81820.19961210.17652474X-RAY DIFFRACTION86
1.8182-1.89090.20341390.17342535X-RAY DIFFRACTION90
1.8909-1.9770.17421460.16122637X-RAY DIFFRACTION93
1.977-2.08120.19891410.15642672X-RAY DIFFRACTION95
2.0812-2.21150.18441380.16282814X-RAY DIFFRACTION98
2.2115-2.38210.20421480.16672781X-RAY DIFFRACTION98
2.3821-2.62160.18821810.16922770X-RAY DIFFRACTION99
2.6216-3.00050.18631420.17072846X-RAY DIFFRACTION99
3.0005-3.77850.16861570.16022804X-RAY DIFFRACTION99
3.7785-26.00350.17771260.18012652X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.8936 Å / Origin y: -20.1554 Å / Origin z: -22.2289 Å
111213212223313233
T0.2428 Å2-0.0006 Å2-0.0242 Å2-0.2228 Å2-0.0053 Å2--0.2246 Å2
L0.85 °20.5679 °2-0.1221 °2-0.8266 °2-0.1542 °2--0.3021 °2
S-0.0295 Å °0.034 Å °-0.2051 Å °0.0235 Å °0.0388 Å °-0.0671 Å °0.0004 Å °0.0119 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る