PDB-4pav: Structure of hypothetical protein SA1046 from S. aureus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pav

タイトル

Structure of hypothetical protein SA1046 from S. aureus.

要素

Glyoxalase family protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein

機能・相同性

2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Roll / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Battaile, K.P. / Mulichak, A. / Lam, R. / Lam, K. / Soloveychik, M. / Romanov, V. / Jones, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of hypothetical protein SA1046 from S. aureus.
著者: Battaile, K.P. / Mulichak, A. / Lam, R. / Lam, K. / Soloveychik, M. / Romanov, V. / Jones, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2014年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ

4pav-6

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyoxalase family protein

B: Glyoxalase family protein

C: Glyoxalase family protein

D: Glyoxalase family protein

E: Glyoxalase family protein

F: Glyoxalase family protein

100 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glyoxalase family protein

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glyoxalase family protein

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glyoxalase family protein

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glyoxalase family protein

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Glyoxalase family protein

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Glyoxalase family protein

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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7

A: Glyoxalase family protein

B: Glyoxalase family protein

C: Glyoxalase family protein

D: Glyoxalase family protein

E: Glyoxalase family protein

F: Glyoxalase family protein

A: Glyoxalase family protein

B: Glyoxalase family protein

C: Glyoxalase family protein

D: Glyoxalase family protein

E: Glyoxalase family protein

F: Glyoxalase family protein

ソフトウェアが定義した集合体
201 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.650, 96.650, 204.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Glyoxalase family protein 分子量: 16724.861 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0K9R6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.3M Ammonium sulphate, 0.1M citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→204.12 Å / Num. obs: 49078 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 20.5 % / B_iso Wilson estimate: 58.12 Å² / Net I/σ(I): 36.7

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.3→33.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9355 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9164 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU R_free Blow DPI: 0.18 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.184

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	2439	4.98 %	RANDOM
R_work	0.2013	-	-	-
obs	0.2025	48983	98.25 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.2973 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.2973 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.5946 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.377 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→33.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5989	0	0	106	6095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6099	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.18	8226	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2158	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		222	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		847	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6099	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.04
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.04
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		766	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6624	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	159	5.24 %
R_work	0.2195	2877	-
all	0.2203	3036	-
obs	-	-	98.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4983	-0.7481	0.8073	1.7274	-0.2591	0.9179	0.3707	-0.6477	0.1971	0.3979	-0.1897	0.0839	-0.4153	0.0281	-0.181	-0.0884	-0.0299	-0.0095	0.1163	-0.1081	-0.2323	-53.6585	45.9059	58.8522
2	0.3828	5.0813	-1.2164	8.473	0.7112	0	0.2082	-0.3257	0.4597	0.1719	-0.1349	0.2518	-0.1414	-0.132	-0.0733	0.1237	0.0705	0.0187	0.3067	-0.1463	-0.0389	-58.1234	52.2045	66.8667
3	2.7818	0.1352	1.137	6.9539	0.5747	5.9582	0.1493	-0.2648	0.2017	0.1109	-0.1545	0.0371	-0.2739	-0.5185	0.0052	-0.2697	0.0318	0.0375	0.0675	-0.036	-0.2163	-61.8495	43.4632	56.4851
4	3.7794	-0.7874	3.2129	3.3702	-1.1296	4.8148	0.1311	-0.3714	-0.4442	0.3721	0.1133	0.1944	0.4169	-0.347	-0.2445	-0.0245	-0.0835	-0.0356	0.1259	0.0267	-0.2385	-55.4793	29.5952	69.9278
5	1.1143	-0.4422	-0.2176	2.9387	0.8093	0.0002	0.093	0.1248	0.3605	-0.1975	-0.3007	-0.2789	0.0723	0.0583	0.2077	0.0205	0.0083	0.0221	0.0135	0.0716	-0.023	-34.2249	49.6544	93.7643
6	0.4303	2.8574	0.3134	11.9624	-1.9805	0	-0.2916	0.0184	0.105	0.173	0.055	-0.527	-0.3421	0.3841	0.2366	0.1488	-0.0981	-0.0319	0.0434	0.0686	0.0874	-23.3045	49.5783	95.8818
7	5.5758	2.3289	-1.6331	4.5662	-1.8473	3.7609	-0.0622	-0.3526	0.1329	0.2182	-0.021	-0.1776	-0.1542	-0.0934	0.0832	-0.0286	-0.0183	-0.0399	-0.1261	0.0503	-0.2029	-35.3908	47.8079	102.411
8	1.256	-0.2078	-0.516	2.6237	0.7553	5.0346	0.1082	0.1177	-0.0971	-0.0331	-0.1531	0.1562	0.2742	-0.4461	0.045	-0.0156	-0.0622	-0.0214	-0.0615	0.0384	-0.1698	-38.9321	30.4666	92.4713
9	3.5602	1.7811	0.4449	2.4475	0.0578	4.6132	-0.0979	0.3392	-0.4012	-0.4243	0.0231	0.0087	0.2946	-0.0508	0.0748	0.0274	0.1594	-0.0087	-0.0234	-0.0631	-0.0977	-17.923	26.963	59.275
10	-1.0417	3.696	-1.1591	8.8886	-3.0633	2.7396	-0.042	0.0697	0.127	-0.318	0.3515	-0.1543	-0.166	0.0786	-0.3095	0.1411	0.0753	0.0387	0.2628	-0.069	-0.0542	-18.5697	31.9364	51.6632
11	7.9383	2.6926	-3.8462	5.9358	-1.6802	11.8655	-0.1329	0.4438	-0.9135	-0.1276	0.4089	-0.5925	0.4166	0.4992	-0.276	-0.0776	0.1738	0.0624	-0.25	-0.1527	-0.1302	-12.3399	23.8593	60.3481
12	7.6789	-0.0547	-4.0358	0.8987	0.541	5.622	-0.0922	0.1765	-0.957	-0.0099	-0.0019	-0.1962	1.1082	-0.2341	0.0941	0.1101	0.0132	-0.0685	-0.2533	-0.0517	-0.1093	-29.8989	18.6943	69.1553
13	1.961	1.3546	1.2502	3.0712	0.9754	5.7164	0.0049	0.1206	-0.2284	0.2636	-0.3581	0.4516	-0.4062	-0.8872	0.3532	-0.0644	0.1981	-0.0038	-0.0854	-0.1257	0.0031	-51.5646	73.5607	72.5614
14	1.3111	-0.9469	-0.2529	0.1758	-7.1025	1.69	-0.0058	-0.2712	-0.2613	0.2228	0.0773	0.1667	0.1909	-0.2319	-0.0715	-0.0694	0.1257	0.0087	0.1385	-0.0635	0.0484	-52.7373	67.6451	79.3521
15	3.5901	-0.2472	1.2206	7.4366	-2.1984	10.8239	0.1328	-0.1842	0.3456	0.1004	-0.2923	0.0921	0.0135	-0.5846	0.1595	-0.1253	0.2654	-0.0558	-0.1257	-0.0874	-0.0779	-50.675	75.3074	70.8664
16	0.5903	-2.2555	0.2511	7.2788	4.8184	8.0463	-0.0999	0.2298	0.1959	-0.6402	-0.357	0.506	-0.6821	-1.0528	0.4569	-0.0992	0.2122	-0.1281	0.0207	-0.0958	-0.0177	-54.3813	73.1156	55.2844
17	0.838	-0.4698	-0.3597	1.438	0.2086	1.9296	0.0744	-0.0734	-0.1561	0.0651	-0.0031	-0.0855	0.2809	0.3172	-0.0713	-0.2663	0.0023	-0.0561	-0.057	-0.0474	-0.2902	-47.8019	34.0397	51.5144
18	5.2908	-3.2967	4.5254	-4.4524	-4.5428	3.3899	-0.0784	-0.1289	-0.2318	0.3617	0.0069	-0.2115	0.6046	0.2875	0.0714	0.3468	0.1255	0.0101	0.2104	-0.0275	-0.0686	-39.9504	29.5176	52.7934
19	5.8872	-1.5832	1.2509	3.6335	-0.16	4.8103	-0.0012	-0.0025	-0.2083	0.2962	-0.0584	0.0465	0.5571	0.0553	0.0596	-0.0948	-0.0337	-0.0705	-0.0482	-0.0331	-0.2793	-53.4719	30.8676	52.9447
20	2.7762	1.6494	0.1788	3.5268	-0.6678	2.0663	0.1098	-0.0583	0.2605	-0.0251	-0.0497	0.2289	-0.1032	-0.1925	-0.0602	-0.144	0.0086	-0.0066	0.0475	-0.0484	-0.1498	-52.4552	48.4367	42.8672
21	3.9606	-1.9893	-0.9134	4.443	0.3522	1.1564	0.2478	0.2302	0.1881	-0.2729	-0.1588	0.1374	-0.1912	-0.4735	-0.0891	-0.0393	0.0327	-0.0346	0.0279	0.0715	-0.1683	-44.3034	45.514	89.298
22	5.3274	-2.7067	1.454	-0.2603	4.7339	2.9858	0.1269	0.3622	-0.0427	-0.3601	-0.145	0.3007	-0.0998	-0.7687	0.0181	0.0355	0.036	-0.0322	0.195	0.0395	0.0064	-53.9995	48.0613	85.0268
23	2.7202	0.795	1.1966	4.0576	-0.0226	4.477	0.0952	-0.03	-0.077	-0.0192	0.0977	0.3884	-0.0384	-0.5122	-0.1929	-0.1706	0.0089	0.0376	-0.0248	0.0235	-0.1572	-48.9809	43.8322	96.6864
24	1.5128	2.3415	-0.3024	3.8221	-0.8957	2.1473	0.0627	-0.2821	0.5689	0.4038	-0.0654	0.5405	-0.4768	-0.3002	0.0027	0.0355	0.0973	0.0489	-0.0891	0.0149	-0.0042	-42.1434	62.8553	98.2287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|-6 - 24}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|25 - 37}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|38 - 71}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|72 - 125}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|-6 - 24}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|25 - 37}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|38 - 71}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|72 - 125}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|-1 - 24}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|25 - 37}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|38 - 71}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|72 - 125}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{D\|-1 - 24}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{D\|25 - 38}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|39 - 71}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|72 - 125}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{E\|1 - 24}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{E\|25 - 37}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{E\|38 - 71}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{E\|72 - 125}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{F\|-6 - 24}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{F\|25 - 38}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{F\|39 - 71}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{F\|72 - 125}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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