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- PDB-4p8i: Tgl - a bacterial spore coat transglutaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p8i
タイトルTgl - a bacterial spore coat transglutaminase
要素Protein-glutamine gamma-glutamyltransferaseタンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / protein cross-linking / bacterial spore coat / NlpC/P60 endopeptidases / papain (パパイン)
機能・相同性タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, bacteria / タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Brito, J.A. / Placido, D. / Fernandes, C. / Lousa, D. / Isidro, A. / Soares, C.M. / Pohl, J. / Carrondo, M.A. / Henriques, A.O. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, 3件
組織認可番号国
Fundao para a Cincia e a TecnologiaPOCI/BIA-BCM/60855/2004 ポルトガル
Fundao para a Cincia e a TecnologiaPOCTI/BCI/48647/2002 ポルトガル
Fundao para a Cincia e a TecnologiaPTDC/SAU-NEU/103720/2008 ポルトガル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of an Ancient Bacterial Transglutaminase Sheds Light on the Minimal Requirements for Protein Cross-Linking.
著者: Fernandes, C.G. / Placido, D. / Lousa, D. / Brito, J.A. / Isidro, A. / Soares, C.M. / Pohl, J. / Carrondo, M.A. / Archer, M. / Henriques, A.O.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list ...citation / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
B: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8269
ポリマ－60,1412
非ポリマー6857
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.940, 97.940, 66.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ / Transglutaminase / TGase


分子量: 30070.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: tgl, yugV, yuxF, BSU31270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P40746, タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ

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非ポリマー , 5種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 41% (w/V) PEG 400, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M sodum citrate
PH範囲: 4-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.85 Å / Num. obs: 47409 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 29.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS31-12-2013データスケーリング
SHARP2.8.2位相決定
BUSTER-TNT2.1精密化
PHENIX1.8.4-dev1565精密化
精密化解像度: 1.85→47.85 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 --
Rwork0.158 --
obs-47409 88.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 45 239 4236
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0425-2.95330.60566.2425-1.82228.04990.1822-0.8603-1.61821.04990.17770.49371.5835-0.6315-0.22190.813-0.1346-0.07650.53640.27030.678327.54448.037562.8976
22.49340.6512-0.74152.3456-0.2811.8630.0811-0.25960.0050.3032-0.0519-0.3005-0.0054-0.0384-0.01090.2108-0.0096-0.09340.23490.03860.288736.257329.930150.3389
37.2019-5.69244.37177.2255-4.78745.75120.17080.61620.70830.1569-0.1881-0.0403-0.5467-0.5360.20040.26280.05520.06920.49520.09020.295817.355335.088447.5187
44.6298-0.7053-0.93253.31070.98462.3481-0.0094-0.18580.04560.45920.00160.15370.1251-0.37780.01110.2267-0.04680.02830.34650.03750.155319.910629.018452.3785
52.4064-0.9005-0.09390.3560.10142.2394-0.47580.2659-0.2501-1.0820.40470.78451.6209-1.02560.01921.034-0.2212-0.1870.48220.05990.561118.387-0.901931.3293
69.1048-3.53650.70015.45761.36152.605-0.21890.1828-0.1862-0.75310.23060.28980.2454-0.0707-0.02060.6632-0.0722-0.11060.1994-0.02110.374925.99841.998131.3245
78.06457.1237-4.7748.3281-4.83013.959-0.47970.5988-0.013-0.96230.39750.11930.3905-0.36960.12540.5936-0.064-0.16360.2513-0.04490.327929.74313.037325.2817
85.42831.92813.27256.09240.92948.5759-0.11080.15550.227-0.74010.2457-0.3669-0.08130.3147-0.11330.245-0.01050.03880.139900.355344.886432.973127.0734
92.2225-1.3538-1.42539.22035.11073.05660.01430.30750.3853-0.9013-0.13740.7695-0.2102-0.42830.15920.4073-0.0177-0.12920.27680.07380.403232.547733.664125.1092
101.48950.8344-0.44134.11520.40381.9612-0.09180.0592-0.1065-0.37510.1992-0.18250.24090.0057-0.12330.2893-0.0183-0.05790.1948-0.01110.338337.23819.656332.1326
114.88734.81733.95256.55851.64077.0058-0.02160.11820.3815-0.17520.5071-1.4573-0.1890.9689-0.39350.5604-0.02940.15810.4332-0.24031.054751.38615.687331.7083
124.3549-0.6183-1.81881.5332-1.4012.7977-0.0737-0.2087-0.0263-0.60010.1987-1.59580.47980.7494-0.12990.63960.10510.17550.4067-0.18151.039753.01078.621129.2657
133.2397-3.9169-4.83467.75314.5377.7350.13010.3566-0.0784-0.2585-0.10120.5036-0.1101-0.8296-0.1280.3871-0.0556-0.09240.28230.0620.383726.215515.351236.6727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3A169 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A194 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 20
6X-RAY DIFFRACTION6B21 - 41
7X-RAY DIFFRACTION7B42 - 65
8X-RAY DIFFRACTION8B66 - 89
9X-RAY DIFFRACTION9B90 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10B108 - 178
11X-RAY DIFFRACTION11B179 - 193
12X-RAY DIFFRACTION12B194 - 230
13X-RAY DIFFRACTION13B231 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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