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- PDB-4p8e: Structure of ribB complexed with substrate (Ru5P) and metal ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p8e
タイトルStructure of ribB complexed with substrate (Ru5P) and metal ions
要素3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
キーワードLYASE / ribB / riboflvain / ligand / complex / crystal / Ru5P / Zn
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / DHBP synthase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBULOSE-5-PHOSPHATE / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Islam, Z. / Kumar, A. / Singh, S. / Salmon, L. / Karthikeyan, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIRBSC104, BSC210 インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Competitive Inhibition of 3,4-Dihydroxy-2-butanone-4-phosphate Synthase from Vibrio cholerae.
著者: Islam, Z. / Kumar, A. / Singh, S. / Salmon, L. / Karthikeyan, S.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Structure summary
改定 1.32015年5月13日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
B: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,95922
ポリマ－51,3482
非ポリマー1,61120
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-299 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.079, 77.090, 97.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase


分子量: 25674.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: ribB, VC_A1060 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9KKP2, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase
#2: 糖 ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: PEG3350, Na2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月26日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→20 Å / Num. obs: 25330 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.16 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G58

1g58


解像度: 2.04→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 4.62 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23216 1287 5.1 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.17844 24042 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0 Å20 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 0 70 277 3612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193357
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.9914538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72137545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2885431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82324.932146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1715575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0131526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8312.1431730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8262.1421729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3663.2072159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3663.2082160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0472.3381627
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0472.3381627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7423.4362380
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.57517.6894019
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.57417.6974020
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.092 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 86 -
Rwork0.233 1527 -
obs--87.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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