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万見
- PDB-4p76: Cellular response to a crystal-forming protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p76
タイトルCellular response to a crystal-forming protein
要素Photoconvertible fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Photoconvertible fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Favia favus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tsutsui, H. / Jinno, Y. / Shoda, K. / Tomita, A. / Matsuda, M. / Yamashita, E. / Katayama, H. / Nakagawa, A. / Miyawaki, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: A diffraction-quality protein crystal processed as an autophagic cargo
著者: Tsutsui, H. / Jinno, Y. / Shoda, K. / Tomita, A. / Matsuda, M. / Yamashita, E. / Katayama, H. / Nakagawa, A. / Miyawaki, A.
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoconvertible fluorescent protein
B: Photoconvertible fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6923
ポリマ－51,6692
非ポリマー231
水77543
1
A: Photoconvertible fluorescent protein
B: Photoconvertible fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Photoconvertible fluorescent protein
B: Photoconvertible fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3846
ポリマ－103,3384
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.862, 84.426, 118.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLYGLYAA3 - 1143 - 112
21SERSERGLYGLYBB3 - 1143 - 112
12PHEPHEARGARGAA118 - 225116 - 223
22PHEPHEPROPROBB118 - 224116 - 222

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.988041, -0.154171, 0.002376), (-0.154153, 0.988027, 0.006332), (-0.003324, 0.00589, -0.999977)6.35911, 0.24793, 59.15041

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要素

#1: タンパク質 Photoconvertible fluorescent protein


分子量: 25834.398 Da / 分子数: 2 / 変異: Q198S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Favia favus (無脊椎動物) / 遺伝子: KikGR / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q53UG8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 11052 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→40.354 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 15.092 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 539 4.7 %RANDOM
Rwork0.17445 ---
obs0.17784 11052 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0 Å20 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→40.354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 1 43 3609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.9634940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5185438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23424.335173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16615622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7791517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0261.7951768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7742.6872204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.761.8991889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.38314.6425355
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
881loose positional0.085
866tight thermal1.520.5
881loose thermal2.0210
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 35 -
Rwork0.257 805 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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