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万見
- PDB-4p74: PheRS in complex with compound 3a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p74
タイトルPheRS in complex with compound 3a
要素
  • Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
  • Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / Phenylalanine tRNA synthetase / PheRS / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative tRNA binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2U9 / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The role of a novel auxiliary pocket in bacterial phenylalanyl-tRNA synthetase druggability.
著者: Abibi, A. / Ferguson, A.D. / Fleming, P.R. / Gao, N. / Hajec, L.I. / Hu, J. / Laganas, V.A. / McKinney, D.C. / McLeod, S.M. / Prince, D.B. / Shapiro, A.B. / Buurman, E.T.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,7606
ポリマ－250,0274
非ポリマー7332
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24390 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area82030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.060, 219.260, 107.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 86902.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pheT, PA2739 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0A4, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 38111.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pheS, PA2740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0A3, phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-2U9 / N-[(3S)-1,1-dioxidotetrahydrothiophen-3-yl]-2-[(4-methylphenoxy)methyl]-1,3-thiazole-4-carboxamide


分子量: 366.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H18N2O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 18% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate tri-basic (pH 6.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→61 Å / Num. obs: 69943 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 66.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4p71

4p71


解像度: 2.7→60.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9327 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9178 / SU R Cruickshank DPI: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.652 / SU Rfree Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.282
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 3525 5.05 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1849 69824 99.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8231 Å20 Å2-0.1113 Å2
2--14.8825 Å20 Å2
3----11.0595 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.365 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→60.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16059 0 48 81 16188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116445HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.222316HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5744SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes425HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2455HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16445HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2063SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18477SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3097 240 4.66 %
Rwork0.2273 4908 -
all0.231 5148 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3333-0.3430.08310.64540.09320.0202-0.0562-0.0452-0.00850.02690.05-0.0673-0.0154-0.0170.00620.21450.00420.01480.08280.01740.214351.141633.685528.6573
20.35230.18670.11040.57510.23520.29830.0516-0.0821-0.03250.1592-0.0309-0.00490.0169-0.0668-0.02070.15890.0017-0.00390.04090.030.196550.6142-32.112221.5939
32.0914-0.370.53270.82760.13690.57070.007-0.07450.05870.09450.10160.0863-0.1121-0.0676-0.10860.23770.01730.0597-0.06140.01510.270650.933319.419925.6742
41.81320.51350.46460.95320.43210.85440.0413-0.0149-0.0580.1128-0.0307-0.05940.0914-0.0695-0.01060.24690.00910.01620.0072-0.01130.247950.8843-17.652923.2367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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