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- PDB-4p55: Crystal structure of DNA binding domain of K11 from KSHV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p55
タイトルCrystal structure of DNA binding domain of K11 from KSHV
要素Viral IRF2-like protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / interferon regulatory factor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / transcription cis-regulatory region binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral IRF2-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 type P (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Hu, H.D. / Gao, Z.Q. / Lan, K. / Dong, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)10979005 and 31200552 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of DNA binding domain of K11 from KSHV
著者: Hu, H.D. / Gao, Z.Q. / Lan, K. / Dong, Y.H.
履歴
登録2014年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viral IRF2-like protein
B: Viral IRF2-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1912
ポリマ－26,1912
非ポリマー00
水1,53185
1
A: Viral IRF2-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0951
ポリマ－13,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Viral IRF2-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0951
ポリマ－13,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.467, 48.467, 195.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Viral IRF2-like protein / vIRF-2


分子量: 13095.466 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 type P (ヘルペスウイルス)
株: isolate GK18 / 遺伝子: vIRF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2HR71
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.04 M Citric acid, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.8), 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 9881 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 29.55
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.504→41.035 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 472 4.8 %Random selection
Rwork0.2104 ---
obs0.2123 9827 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.504→41.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1699 0 0 85 1784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2572344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.64660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.504-2.86640.32941540.24633042X-RAY DIFFRACTION100
2.8664-3.61110.29131510.22873050X-RAY DIFFRACTION100
3.6111-41.04010.20761670.193263X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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