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万見
- PDB-4p3p: Structural Basis for Full-Spectrum Inhibition of Threonyl-tRNA Sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3p
タイトルStructural Basis for Full-Spectrum Inhibition of Threonyl-tRNA Synthetase by Borrelidin 3
要素Threonine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / synthetase / inhibitor / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding ...tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / tRNA binding / response to antibiotic / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / TGS domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / TGS domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CR / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fang, P. / Yu, X. / Chen, K. / Chen, X. / Guo, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100136 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106134 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for full-spectrum inhibition of translational functions on a tRNA synthetase.
著者: Fang, P. / Yu, X. / Jeong, S.J. / Mirando, A. / Chen, K. / Chen, X. / Kim, S. / Francklyn, C.S. / Guo, M.
履歴
登録2014年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine--tRNA ligase
B: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,42611
ポリマ－95,8552
非ポリマー1,5719
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.534, 107.640, 109.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS


分子量: 47927.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 242-642 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thrS, b1719, JW1709 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8M3, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-2CR / (1R,2R)-2-[(2S,4E,6E,8R,9S,11R,13S,15S,16S)-7-cyano-8,16-dihydroxy-9,11,13,15-tetramethyl-18-oxooxacyclooctadeca-4,6-dien-2-yl]cyclopentanecarboxylic acid / Borrelidin


分子量: 489.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H43NO6 / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 66250 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 0.97 / Net I/av σ(I): 15.5 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 435281
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.186.50.7565830.99699.8
2.18-2.266.50.60365861.03899.7
2.26-2.376.50.49265780.99799.7
2.37-2.496.60.38966040.97699.6
2.49-2.656.40.29665910.98199.5
2.65-2.855.90.21463971.01196.2
2.85-3.1470.15266310.99599.5
3.14-3.5970.0966800.97599.7
3.59-4.526.70.05467450.91899.6
4.52-506.50.0468550.82997.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化解像度: 2.1→35.795 Å / FOM work R set: 0.8493 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 3225 5.05 %
Rwork0.1995 60677 -
obs0.2005 63902 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.78 Å2 / Biso mean: 25.62 Å2 / Biso min: 8.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→35.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6497 0 102 626 7225
Biso mean--23.44 34.6 -
残基数----802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.229139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6532588
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.11790.2107800.26021493157354
2.1179-2.1510.26751110.25982146225778
2.151-2.18630.33611210.25322416253789
2.1863-2.22390.30251420.25582547268993
2.2239-2.26440.29881380.24682637277596
2.2644-2.30790.28891440.24822693283798
2.3079-2.3550.24621600.24692682284299
2.355-2.40620.28031370.24712734287199
2.4062-2.46220.30251580.24522712287099
2.4622-2.52370.25421400.23912735287599
2.5237-2.5920.25171500.23562738288899
2.592-2.66820.26831570.229427162873100
2.6682-2.75430.2351430.22922673281697
2.7543-2.85270.27361480.22072603275195
2.8527-2.96690.22951360.214627692905100
2.9669-3.10180.23821520.206627422894100
3.1018-3.26530.23381370.198327982935100
3.2653-3.46970.20611390.184927662905100
3.4697-3.73730.21211410.173227852926100
3.7373-4.11290.17041530.161228022955100
4.1129-4.70690.14121340.14252806294099
4.7069-5.92590.16661510.16992704285595
5.9259-35.80070.18211530.185829803133100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.8741 Å / Origin y: 30.3729 Å / Origin z: 20.8211 Å
111213212223313233
T0.0783 Å2-0.0189 Å20.0073 Å2-0.0657 Å20.0017 Å2--0.0603 Å2
L0.4426 °2-0.0423 °2-0.0399 °2-0.5341 °20.0408 °2--0.3618 °2
S0.0047 Å °-0.0142 Å °0.0101 Å °0.0895 Å °-0.0269 Å °0.0247 Å °0.0033 Å °0.0065 Å °0.0112 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA242 - 642
2X-RAY DIFFRACTION1allA650
3X-RAY DIFFRACTION1allD1
4X-RAY DIFFRACTION1allB242 - 642
5X-RAY DIFFRACTION1allB650
6X-RAY DIFFRACTION1allE1
7X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 666
8X-RAY DIFFRACTION1allG1
9X-RAY DIFFRACTION1allH1
10X-RAY DIFFRACTION1allI1
11X-RAY DIFFRACTION1allJ1
12X-RAY DIFFRACTION1allK1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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