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- PDB-4p2s: Alanine Scanning Mutagenesis Identifies an Asparagine-Arginine-Ly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p2s
タイトルAlanine Scanning Mutagenesis Identifies an Asparagine-Arginine-Lysine Triad Essential to Assembly of the Shell of the Pdu Microcompartment
要素Putative propanediol utilization protein PduA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Microcompartment / 1 / 2-propanediol / Carboxysome / B12
機能・相同性BMC (bacterial microcompartment) domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Saintpaul str. SARA26 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sinha, S. / Cheng, S. / Sung, Y.W. / McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of HealthAI081146 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Alanine Scanning Mutagenesis Identifies an Asparagine-Arginine-Lysine Triad Essential to Assembly of the Shell of the Pdu Microcompartment.
著者: Sinha, S. / Cheng, S. / Sung, Y.W. / McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.
履歴
登録2014年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative propanediol utilization protein PduA
B: Putative propanediol utilization protein PduA
C: Putative propanediol utilization protein PduA
D: Putative propanediol utilization protein PduA
E: Putative propanediol utilization protein PduA
F: Putative propanediol utilization protein PduA
G: Putative propanediol utilization protein PduA
H: Putative propanediol utilization protein PduA
I: Putative propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,80222
ポリマ－94,5559
非ポリマー1,24713
水4,684260
1
A: Putative propanediol utilization protein PduA
B: Putative propanediol utilization protein PduA
C: Putative propanediol utilization protein PduA
D: Putative propanediol utilization protein PduA
E: Putative propanediol utilization protein PduA
F: Putative propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,91215
ポリマ－63,0376
非ポリマー8759
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
2
G: Putative propanediol utilization protein PduA
H: Putative propanediol utilization protein PduA
I: Putative propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

G: Putative propanediol utilization protein PduA
H: Putative propanediol utilization protein PduA
I: Putative propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,78114
ポリマ－63,0376
非ポリマー7458
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area12440 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.156, 105.402, 67.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-101-

GOL

-
要素

#1: タンパク質
Putative propanediol utilization protein PduA / PduA


分子量: 10506.132 Da / 分子数: 9 / 変異: K26A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic gene
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Saintpaul str. SARA26 (サルモネラ菌)
遺伝子: SES26_19178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: V1FW89
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.2 M ammonium sulfate and 0.2 M potassium formate. Crystals took about 3-7 days to develop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→100 Å / Num. all: 89887 / Num. obs: 89887 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.952 / Net I/av σ(I): 15.69 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 372311
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-2.0140.52390410.93197.2
2.01-2.0940.3888710.90295.5
2.09-2.184.30.27391090.91297.9
2.18-2.34.10.21390810.97597.8
2.3-2.444.10.15290390.97997.3
2.44-2.634.20.11589001.03395.4
2.63-2.94.30.09191530.98498.3
2.9-3.324.10.07388870.91995.4
3.32-4.184.20.05690600.93296.6
4.18-1004.10.05387460.94592.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å67.03 Å
Translation3 Å67.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER2.5.1位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGK

3ngk


解像度: 1.94→67.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9434 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9413 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 4519 5.03 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1944 89773 95.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 225.53 Å2 / Biso mean: 47.7 Å2 / Biso min: 14.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5961 Å20 Å2-2.5529 Å2
2---1.8183 Å20 Å2
3---5.4144 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→67.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5568 0 81 260 5909
Biso mean--67.42 47.49 -
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2002SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes863HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5786HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion814SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6959SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5786HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7850HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.2
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 287 4.9 %
Rwork0.2679 5572 -
all0.2683 5859 -
obs--95.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35131.43280.02413.2663-0.63571.81890.1193-0.0530.07290.0775-0.17870.4995-0.0804-0.17420.0594-0.065-0.002-0.011-0.0614-0.05220.018119.4508-11.682667.0813
22.56891.1106-0.6932.9033-1.54274.269-0.13280.3217-0.1488-0.22540.1870.08450.0638-0.5182-0.0542-0.0335-0.0424-0.0325-0.0299-0.0341-0.095124.247-1.718448.4899
31.24030.60461.59211.990.84927.7476-0.01130.0186-0.0175-0.431-0.0275-0.01630.0319-0.44590.03880.0031-0.04070.0094-0.0356-0.0208-0.1335.719116.766348.522
41.35651.6982-0.63913.4608-0.25971.9834-0.07150.02210.1837-0.23570.03310.1901-0.101-0.15020.0384-0.0538-0.0136-0.0155-0.0183-0.007-0.036541.463925.94266.78
52.0531.173-1.07213.2352-0.98454.15370.1955-0.15090.02010.43-0.2105-0.0077-0.3978-0.020.0150.0163-0.0805-0.0006-0.0339-0.0037-0.138835.066216.809285.6302
60.460.45380.55692.95712.9855.71060.0664-0.19610.01080.2302-0.36980.3355-0.1317-0.30520.3034-0.0024-0.0710.0292-0.0581-0.0444-0.064824.3881-1.968985.8077
72.76210.4275-2.00740.828-0.84765.8626-0.1179-0.5348-0.03470.10840.1326-0.05720.3093-0.0612-0.0147-0.1758-0.00430.01890.02890.0050.01625.3588-36.883285.5729
84.4243-0.04520.67740.2612-0.11651.6538-0.0393-0.2019-0.5463-0.01380.03570.08820.1662-0.04270.0037-0.1285-0.02070.015-0.0853-0.0330.112816.5166-36.236267.3761
96.6069-1.35630.68041.52540.38463.91910.08610.5138-0.1017-0.05310.0506-0.04730.22610.3883-0.1367-0.1998-0.0029-0.00660.0304-0.0513-0.01455.0373-36.613548.289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C4 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E4 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F3 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G4 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H2 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I4 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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