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- PDB-4p1m: The structure of Escherichia coli ZapA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1m
タイトルThe structure of Escherichia coli ZapA
要素Cell division protein ZapA
キーワードCELL CYCLE / Cell division / FtsZ filament bundling / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


septin ring assembly / cell septum / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cell division / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cell division protein ZapA protomer, N-terminal domain / Cell division protein ZapA, eubacteria / Cell division protein ZapA, N-terminal / Cell division protein ZapA-like / Cell division protein ZapA-like superfamily / Cell division protein ZapA / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein ZapA / Cell division protein ZapA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kimber, M.S. / Roach, E.J. / Khursigara, C.M.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)327280 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)371639 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure and Site-directed Mutational Analysis Reveals Key Residues Involved in Escherichia coli ZapA Function.
著者: Roach, E.J. / Kimber, M.S. / Khursigara, C.M.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein ZapA
B: Cell division protein ZapA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5473
ポリマ－28,5122
非ポリマー351
水2,126118
1
A: Cell division protein ZapA
B: Cell division protein ZapA
ヘテロ分子

A: Cell division protein ZapA
B: Cell division protein ZapA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0956
ポリマ－57,0244
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area16760 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.100, 54.100, 328.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-321-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein ZapA / Z ring-associated protein ZapA


分子量: 14255.937 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: zapA / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1JQN5, UniProt: P0ADS2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % / 解説: Hexagonal bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, sodium citrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 22080 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W2E

1w2e


解像度: 1.95→46.381 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1104 5 %random
Rwork0.2241 ---
obs0.2263 22067 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 1 118 1845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9962354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.978694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.03880.32881330.26982515X-RAY DIFFRACTION100
2.0388-2.14630.32411330.24122540X-RAY DIFFRACTION100
2.1463-2.28070.2981340.23082549X-RAY DIFFRACTION100
2.2807-2.45680.29641370.22292598X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.7040.2731360.22292585X-RAY DIFFRACTION100
2.704-3.09520.27751370.22532596X-RAY DIFFRACTION100
3.0952-3.89940.22241410.21682695X-RAY DIFFRACTION100
3.8994-46.39450.27721530.22112885X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5538-0.1928-0.23742.89050.07571.6331-0.0328-0.5944-0.081-0.36720.22010.1711-0.0243-0.23160.06710.1992-0.0788-0.01610.50440.06850.32221.024920.9437181.389
2-0.0359-0.05210.07420.01170.40570.8353-0.0532-0.0703-0.106-0.0041-0.1612-0.0582-0.41340.2193-0.00350.3172-0.00240.00980.38030.06490.308717.002323.8654146.7112
33.59630.58710.83613.4387-1.30322.0083-0.048-0.67570.1197-0.39470.1259-0.23040.2928-0.1545-0.1950.1855-0.0456-0.04590.39080.02070.256919.997719.8393181.645
4-0.0842-0.1306-0.32530.1815-0.36390.7204-0.1727-0.11580.0145-0.1066-0.1836-0.0367-0.0166-0.26080.00090.3038-0.02710.01540.37720.00440.29634.47624.2518146.2708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 1:49))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 50:109)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 1:49)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 50:109)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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