PDB-4p0o: Cleaved Serpin 42Da

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p0o

タイトル

Cleaved Serpin 42Da

要素

Serine protease inhibitor 4, isoform B

キーワード

Hydrolase inhibitor / Serpin 4 / Serpin 42Da / Serine protease inhibtior / neuroserpin

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of peptide hormone processing / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Glucocorticoid biosynthesis / Peptide ligand-binding receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Prednisone ADME / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Cargo concentration in the ER / Post-translational protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ellisdon, A.M. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: High resolution structure of cleaved Serpin 42 Da from Drosophila melanogaster.
著者: Ellisdon, A.M. / Zhang, Q. / Henstridge, M.A. / Johnson, T.K. / Warr, C.G. / Law, R.H. / Whisstock, J.C.

履歴

登録	2014年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Data collection
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p0o.cif.gz	168.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p0o.ent.gz	133 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p0o_validation.pdf.gz	410.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p0o_full_validation.pdf.gz	411.3 KB	表示
XML形式データ	4p0o_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	4p0o_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p0fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tmv-1 3f5n-3 5om5-d 3cvm-2 3cvm-1 3caa-d 6hgn-d 4ic0-2 2zv6-3 4ic0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (7) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Serine protease inhibitor 4, isoform B

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.220, 109.770, 140.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-481- HOH
2	1	A-484- HOH

#1: タンパク質	Serine protease inhibitor 4, isoform B / Serpin 4 分子量: 44309.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-424 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Spn42Da, sp4, Spn4, CG9453, Dmel_CG9453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7K8Y5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M ammonium phosphate monobasic, 20 % (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 62423 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.128 / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.935 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.935 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1593) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→37.057 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1852	3137	5.03 %
R_work	0.1648	-	-
obs	0.1658	62323	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2946	0	0	377	3323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	4067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.374	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8281	0.3003	128	0.296	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8281-1.8581	0.3028	139	0.2844	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8581-1.8901	0.2525	129	0.2542	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8901-1.9245	0.2714	135	0.2278	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9245-1.9615	0.2005	133	0.2095	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9615-2.0016	0.2038	151	0.2003	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0016-2.0451	0.227	144	0.1914	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0451-2.0926	0.192	155	0.1859	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0926-2.145	0.191	133	0.1825	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.145-2.203	0.1829	137	0.1697	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.203-2.2678	0.1998	141	0.1653	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.341	0.1755	129	0.1597	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.341-2.4246	0.1919	159	0.1657	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4246-2.5217	0.197	162	0.1673	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5217-2.6364	0.1886	145	0.1669	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6364-2.7754	0.1565	164	0.1658	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7754-2.9492	0.23	132	0.1683	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9492-3.1768	0.1795	147	0.1637	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1768-3.4962	0.178	139	0.1568	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4962-4.0016	0.16	134	0.1305	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0016-5.0396	0.1316	135	0.1264	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0396-37.065	0.1984	166	0.1688	2856	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.816	-0.3194	0.3317	3.532	-2.0063	1.9162	-0.0303	0.0004	0.1763	-0.0744	0.1313	0.099	-0.2303	0.0033	-0.0157	0.1793	-0.0071	-0.015	0.1377	-0.0033	0.246	-39.9893	-8.2324	-17.7184
2	3.2237	0.9961	-0.2182	2.3989	-0.4752	0.7302	-0.0363	-0.1466	0.1775	0.073	-0.0011	-0.0611	0.0366	0.1714	0.0386	0.1801	0.0169	0.0118	0.1776	-0.0491	0.1511	-30.6757	-11.2158	-13.534
3	6.4294	0.5524	-1.4436	1.6394	0.0676	2.6467	-0.1043	-0.4018	-0.0335	0.1817	0.0354	-0.2384	0.2062	0.3805	0.0515	0.2637	0.0922	-0.0186	0.2595	0.0086	0.1669	-23.1241	-21.6375	-8.2308
4	2.7191	-0.5547	-0.7945	1.4347	0.3715	2.4204	-0.0347	0.1133	-0.2913	-0.1232	-0.0169	-0.1961	0.4206	0.2958	0.0489	0.3397	0.0875	0.0502	0.2184	-0.0166	0.2041	-24.4946	-29.1342	-19.1388
5	1.941	-0.1034	0.2495	0.8862	-0.1315	1.4509	-0.0059	-0.1038	-0.1311	-0.191	0.0541	0.2049	0.3282	-0.254	-0.0429	0.2985	-0.0697	-0.0233	0.1191	-0.0271	0.1941	-50.2555	-25.4788	-21.4803
6	1.4443	-0.1093	0.3023	3.0542	-0.0375	3.0166	0.0448	-0.0784	-0.103	0.0204	0.0705	0.2398	0.2473	-0.2907	-0.0922	0.1417	-0.0899	-0.0538	0.2411	0.0302	0.2379	-62.1046	-18.2136	-20.3263
7	1.6174	0.1469	0.593	3.1432	-0.8719	3.7829	-0.059	0.0039	0.1364	-0.2011	0.0059	0.2317	-0.0047	-0.0995	0.0613	0.1604	-0.0338	-0.0182	0.1769	-0.0053	0.1668	-53.961	-11.226	-18.8754
8	4.1748	0.925	0.2458	1.9535	0.2789	0.7808	-0.1506	0.3118	-0.204	-0.145	0.0456	0.2176	0.2582	-0.3273	0.1405	0.2838	-0.0239	-0.0491	0.2042	0.0432	0.1339	-53.7553	-21.4817	-21.3538
9	3.1469	0.448	0.2765	1.1658	0.0886	1.0363	-0.0356	0.1404	-0.0662	-0.1549	0.0359	-0.2626	0.1137	0.2498	0.0197	0.2452	0.0202	0.0453	0.2324	-0.0306	0.1882	-27.0725	-16.4392	-21.7787
10	4.4254	0.4933	1.6185	2.0033	0.0214	1.084	-0.0121	0.0196	-0.1919	-0.1443	0.0659	0.201	0.1484	-0.2418	-0.073	0.2238	-0.0402	-0.0267	0.1858	-0.0048	0.1677	-52.2538	-17.5425	-21.2291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 5:27)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 28:85)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 86:114)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 115:159)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 160:194)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 195:215)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 216:261)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 262:280)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 281:340)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 341:381)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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