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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p07 | ||||||
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タイトル | Bacterial aryl sulfotransferase (ASST) soaked with human urine | ||||||
![]() | Arylsulfate sulfotransferase AssT | ||||||
![]() | TRANSFERASE / sulfotransferase / beta propeller / active site mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() aryl-sulfate sulfotransferase / arylsulfate sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malojcic, G. / Owen, R.L. / Glockshuber, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insights into the PAPS-independent sulfotransfer catalyzed by bacterial aryl sulfotransferase and the role of the DsbL/Dsbl system in its folding. 著者: Malojcic, G. / Owen, R.L. / Glockshuber, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | Gel filtration confirms the dimerization of the protein in solution |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63846.641 Da / 分子数: 2 / 変異: H463N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: E2QE64, UniProt: A0A0D6H805*PLUS, aryl-sulfate sulfotransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Sitting drop vapor diffusion method by equilibrating 1.5 ?l of protein solution (22 mg/ml, in 20 mM 4-morpholinepropanesulfonic acid/NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl) with 0.5 ?l of reservoir ...詳細: Sitting drop vapor diffusion method by equilibrating 1.5 ?l of protein solution (22 mg/ml, in 20 mM 4-morpholinepropanesulfonic acid/NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl) with 0.5 ?l of reservoir solution consisting of 1.8 M Li2SO4 and 100 mM cacodylic acid/NaOH pH 6.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→48.4 Å / Num. obs: 58584 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.66 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.035 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ELQ 解像度: 2.59→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.447 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.59→48.4 Å
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拘束条件 |
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