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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p05 | ||||||
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タイトル | Bacterial arylsulfate sulfotransferase (ASST) H436N mutant with 4-nitrophenyl sulfate (PNS) in the active site | ||||||
要素 | Arylsulfate sulfotransferase AssT | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / sulfotransferase / beta propeller / active site mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aryl-sulfate sulfotransferase / arylsulfate sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli CFT073 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Malojcic, G. / Owen, R.L. / Glockshuber, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014 タイトル: Structural and mechanistic insights into the PAPS-independent sulfotransfer catalyzed by bacterial aryl sulfotransferase and the role of the DsbL/Dsbl system in its folding. 著者: Malojcic, G. / Owen, R.L. / Glockshuber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p05.cif.gz | 246 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p05.ent.gz | 195.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p05.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4p05_validation.pdf.gz | 464.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4p05_full_validation.pdf.gz | 476.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4p05_validation.xml.gz | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4p05_validation.cif.gz | 68.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p05 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | Gel filtration confirms the dimerization of the protein in solution |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63822.594 Da / 分子数: 2 / 変異: H463N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 遺伝子: assT, LF82_506 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E2QE64, UniProt: A0A0D6H805*PLUS, aryl-sulfate sulfotransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Sitting drop vapor diffusion method by equilibrating 1.5 ?l of protein solution (22 mg/ml, in 20 mM 4-morpholinepropanesulfonic acid/NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl) with 0.5 ?l of reservoir ...詳細: Sitting drop vapor diffusion method by equilibrating 1.5 ?l of protein solution (22 mg/ml, in 20 mM 4-morpholinepropanesulfonic acid/NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl) with 0.5 ?l of reservoir solution consisting of 1.8 M Li2SO4 and 100 mM cacodylic acid/NaOH pH 6.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→53 Å / Num. obs: 115846 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ELQ 解像度: 2.05→50.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.553 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.368 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→50.95 Å
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拘束条件 |
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