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万見
- PDB-4ozr: Crystal structure of the ligand binding domains of the Bovicola o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozr
タイトルCrystal structure of the ligand binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor EcR/USP heterodimer (methylene lactam crystal)
要素
  • Ecdysone receptor
  • Retinoid X receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Ecdysone receptor / USP / methylene lactam / heterodimer / ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoid X receptor, putative / Ecdysone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pediculus humanus subsp. corporis (キモノジラミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. ...Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. / Lovrecz, G.O. / Graham, L.D. / Hill, R.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Unprecedented conformational flexibility revealed in the ligand-binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor (EcR) and ultraspiracle (USP) subunits.
著者: Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. / Lovrecz, G.O. / Graham, L.D. / Hill, R.J.
履歴
登録2014年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Ecdysone receptor
U: Retinoid X receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0102
ポリマ－45,0102
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
2
E: Ecdysone receptor
U: Retinoid X receptor

E: Ecdysone receptor
U: Retinoid X receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0214
ポリマ－90,0214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8550 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area38650 Å2
手法PISA
3
E: Ecdysone receptor

U: Retinoid X receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0102
ポリマ－45,0102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.671, 42.430, 86.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ecdysone receptor


分子量: 22935.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 281-514 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pediculus humanus subsp. corporis (キモノジラミ)
遺伝子: Phum_PHUM467460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0VVT4
#2: タンパク質 Retinoid X receptor


分子量: 22074.666 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 222-415 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pediculus humanus subsp. corporis (キモノジラミ)
遺伝子: Phum_PHUM164330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0VFQ5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT, 0.02% azide, 0.37 mM methylene lactam
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→69.3 Å / Num. obs: 13311 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 9.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→68.03 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 678 5.1 %
Rwork0.2239 --
obs0.2256 13290 95.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→68.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 0 91 3190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1344304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.971199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.90850.33461380.26312524X-RAY DIFFRACTION97
2.9085-3.20120.32791320.25242544X-RAY DIFFRACTION97
3.2012-3.66440.26671430.22472506X-RAY DIFFRACTION96
3.6644-4.61660.21171200.18692528X-RAY DIFFRACTION95
4.6166-68.05190.24711450.2352510X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7659-0.37242.72875.99230.94326.27050.35740.8187-0.2194-0.8938-0.3718-0.49960.81640.55180.33560.4470.00240.16270.37750.02930.29431.9787-10.08514.9693
20.4023-0.6216-1.75366.52444.36937.125-0.13781.50951.2337-1.5448-0.36430.665-2.2963-1.15121.11021.09330.1095-0.08521.26270.27280.954-15.0576.79521.2168
36.0180.08442.35428.7073-2.61316.1064-0.7884-0.24651.3866-0.601-0.62760.7353-0.5609-0.25271.40440.95030.0513-0.33320.78460.09430.9969-22.050412.8579.8806
45.2012-1.4580.56495.6507-0.6136.68590.15190.53640.77070.0237-0.20250.0171-0.4819-0.51050.04590.23690.04230.00690.50090.04260.3102-11.07540.880213.0259
55.6565-0.2365-0.05284.6380.83955.34760.0250.17310.29310.160.2252-0.1988-0.29360.1651-0.0920.28790.0154-0.01880.3470.05740.1645-0.9459-3.62617.3538
63.0970.2234-0.83721.4611.17291.2671-0.63731.0326-1.11280.24990.6779-0.13590.98210.8521-0.4910.8914-0.1374-0.29320.6836-0.05870.743215.9427-3.197514.9111
74.0992-1.59830.8491.47710.50821.53460.10780.51960.59060.156-0.0803-0.143-0.6511-0.7398-0.05140.42880.10660.03380.50760.13160.3155-12.21316.726923.4812
83.71960.5181-0.83532.8422-1.53583.58630.2646-1.0932-0.20090.3458-0.3418-0.0388-0.00490.27910.27540.2172-0.01720.00740.4224-0.02910.36245.41744.699950.067
95.07971.58020.02143.20270.52413.34250.1138-0.5148-0.22820.7445-0.03020.4076-0.0263-0.4534-0.06440.3113-0.01930.080.39350.06310.3319-3.5034-2.230944.6044
103.2926-0.2463-0.14961.65550.1573.46750.0573-0.04480.0352-0.176-0.01940.08210.0689-0.0318-0.02050.2001-0.0408-0.01860.1901-0.0060.24165.0843-2.896333.3832
114.559-3.736-2.10965.83450.29982.5047-0.2323-0.0347-0.89660.25560.1421.14270.05370.00480.11240.189-0.0168-0.02940.2859-0.02250.37942.2243-8.571329.4643
121.298-0.045-1.25062.7551.56658.0306-0.1706-0.66640.00810.7559-0.6342-0.4965-1.61580.26060.14540.3742-0.0677-0.05211.10560.03680.5267-13.7865-0.896355.7526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 282 through 301 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 302 through 328 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 329 through 334 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 335 through 409 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 410 through 467 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 468 through 475 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 476 through 509 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'U' and (resid 194 through 226 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'U' and (resid 227 through 273 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'U' and (resid 274 through 339 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'U' and (resid 340 through 364 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'U' and (resid 365 through 389 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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