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- PDB-4ozr: Crystal structure of the ligand binding domains of the Bovicola o... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ozr | ||||||
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Title | Crystal structure of the ligand binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor EcR/USP heterodimer (methylene lactam crystal) | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Ecdysone receptor / USP / methylene lactam / heterodimer / ligand binding domain | ||||||
Function / homology | ![]() ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. ...Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. / Lovrecz, G.O. / Graham, L.D. / Hill, R.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Unprecedented conformational flexibility revealed in the ligand-binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor (EcR) and ultraspiracle (USP) subunits. Authors: Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. / Lovrecz, G.O. / Graham, L.D. / Hill, R.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 175.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 437.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22935.762 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 281-514 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Phum_PHUM467460 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 22074.666 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 222-415 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Phum_PHUM164330 / Production host: ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT, 0.02% azide, 0.37 mM methylene lactam PH range: 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 21, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9536 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→69.3 Å / Num. obs: 13311 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 2.5 % / Net I/σ(I): 9.1 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→68.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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