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- PDB-4ozl: GlnK2 from Haloferax mediterranei complexed with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozl
タイトルGlnK2 from Haloferax mediterranei complexed with AMP
要素Nitrogen regulatory protein P-II
キーワードSIGNALING PROTEIN / GlnK / PII / GlnB / signaling / Haloferax mediterranei / halophile / archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein PII / P-II protein family profile. / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits ...Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein PII / P-II protein family profile. / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Nitrogen regulatory protein GlnK2
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4942 Å
データ登録者Palanca, C. / Pedro-Roig, L. / Llacer, J.L. / Camacho, M. / Bonete, M.J. / Rubio, V.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish governmentBFU2011_30407 スペイン
Spanish governmentBIO2008_00082 スペイン
Valencian governmentPrometeo 2009/51 スペイン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: The structure of a PII signaling protein from a halophilic archaeon reveals novel traits and high-salt adaptations.
著者: Palanca, C. / Pedro-Roig, L. / Llacer, J.L. / Camacho, M. / Bonete, M.J. / Rubio, V.
履歴
登録2014年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / refine_hist / struct_keywords / symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen regulatory protein P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5624
ポリマ－15,0231
非ポリマー5393
水1,09961
1
A: Nitrogen regulatory protein P-II
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,68712
ポリマ－45,0693
非ポリマー1,6189
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.090, 89.090, 95.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

21A-202-

SO4

31A-203-

SO4

41A-328-

HOH

51A-333-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrogen regulatory protein P-II / PII family protein glnK2


分子量: 15022.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌)
株: ATCC 33500 / DSM 1411 / JCM 8866 / NBRC 14739 / NCIMB 2177 / R-4
遺伝子: glnK2, HFX_0092, C439_09930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8ZYW1
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2 M ammonium sulphate, 0.1 M NaCitrate, 0.2 M Na/K Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9618 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9618 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→59.96 Å / Num. obs: 23723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Net I/σ(I): 37.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4942→59.956 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1842 1217 5.13 %
Rwork0.1614 --
obs0.1625 23722 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.134 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4563 Å2-0 Å20 Å2
2---2.4563 Å20 Å2
3---4.9125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4942→59.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数746 0 33 61 840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1621155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.752317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4942-1.5540.27851410.22732477X-RAY DIFFRACTION100
1.554-1.62470.21861410.19142455X-RAY DIFFRACTION100
1.6247-1.71040.22281290.16882481X-RAY DIFFRACTION100
1.7104-1.81760.18261460.14382471X-RAY DIFFRACTION100
1.8176-1.95790.16191360.12352487X-RAY DIFFRACTION100
1.9579-2.15490.15241370.13312490X-RAY DIFFRACTION100
2.1549-2.46680.18341270.15042501X-RAY DIFFRACTION100
2.4668-3.10790.19771320.18212524X-RAY DIFFRACTION100
3.1079-60.0040.17581280.16342619X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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